最新宏病毒组研究研究进展本期美格导读为大家播报最新环境微生物领域研究进展，研究内容涉及肠道病毒组、呼吸道病毒组、人体病毒组、海洋病毒组、尿病
毒组等领域。CellReports标题：Stabilityofthehumangutviromeandeffect
ofgluten-freediet译名：人体肠道病毒体的稳定性和无谷蛋白饮食的影响作者：SanzhimaGarmaeva
等时间：2021.5.18影响因子：8.109人类肠道微生物群由细菌、古细菌、真核生物和病毒组成。肠道病毒的研究相对较少。文章纵向
分析了11名健康成年人肠道病毒体组成的稳定性、变异和无谷蛋白饮食的影响。利用病毒富集和基于从头组装的方法，展示了肠道病毒体的定量动
力学，包括dsDNA、ssDNA、dsRNA和ssRNA病毒。研究观察到高度不同的个体病毒群落，平均携带2143个病毒基因组。与以
前的报告相比，单个病毒组的研究中，Siphoviridae科主导微病毒科，同时单个病毒组在科的水平上是稳定的，但在属和种水平上却有
很大的差异。最后，文章验证了特定饮食对人类肠道病毒组的影响取决于最初的病毒多样性和组成——换句话说，饮食干预对更多样化的病毒组影响
较小。推荐语：文章研究者通过将自身病毒组数据库与独立数据库相结合，使得病毒的识别率提高了9.6%。该研究突出了生成参考肠道病毒组以
改进病毒分配，并获得最全面的人类肠道病毒组组成和动态图的价值。TrendsinMicrobiology标题：Cross-cor
relationofvirome-bacteriome-host-metabolometostudyrespirator
yhealth译名：呼吸系统健康的病毒组-细菌组-宿主-代谢组的互相关研究作者：AndreaIorio等时间：2021.5.
26影响因子：13.546通过非监督的“多组学”方法探索病毒组-细菌组-宿主代谢组的数据，阐明呼吸道疾病中微生物组-宿主之间的关系
。文章描述了气道、肠道的病毒组和细菌组的组成和功能如何有助于气道区域病原体的建立和繁殖，以及病毒-细菌组群落如何应对呼吸道疾病。一
种新的系统医学方法，包括对呼吸和肠道微生物群的表征，可能对证明呼吸系统疾病病理生理学的可能性和几率至关重要，为发现疾病严重程度的关
键细菌和病毒的病因链开辟了新的途径。推荐语：该研究表明将高通量组学技术结合在一起，允许组学数据集成到多层分析中，如微生物组、病毒组
和宿主代谢组等，将对不同病原体的诊断及针对性干预措施的提出产生重大影响。PNAS标题：Acatalogoftensoft
housandsofvirusesfromhumanmetagenomesrevealshiddenassocia
tionswithchronicdiseases译名：来自人类宏基因组的数万种病毒目录揭示与慢性疾病的隐藏关联作者：Mich
aelJ.Tisza等时间：2021.6.8影响因子：9.412尽管微生物组研究取得了显著进展，但微生物组的病毒组研究通常比
细菌组更具有挑战性。公共数据库中有成千上万人类宏基因组样本的测序结果，而且这些样本都包含了大量的病毒序列数据，但研究成果的差距仍然
存在。由于缺乏人类相关病毒全面的数据库，阻碍了探索病毒对人类健康影响。这项研究探索了数千个数据，从超过45000个独特的病毒分类群
中发现了序列，每个基因组的完整性很高，同时对大规模的公开病例进行了对照研究的重新分析，发现了2200多个病毒与疾病的隐藏关联。推
荐语：该研究表明，通过利用病毒特异性标志基因，可以大规模挖掘人类宏基因组数据以创建一个主要由以前未知的病毒序列组成的数据库，该数据
库可捕获从粪便和唾液样本中富含病毒粒子的数据集生成的大多数读数，这一进展揭示各种慢性疾病状态与特定病毒分类群之间的隐藏关联。The
ISMEJournal标题：Diversityanddistributionofvirusesinhabiting
thedeepestoceanonEarth译名：栖息在海洋最深处的病毒其多样性及分布作者：HuahuaJian等时间
：2021.5.10影响因子：9.180该研究通过分析Mariana、Yap和Kermadec海沟海水和沉积物样本中的19个微生物
宏基因组，建立了深海病毒基因组数据集(OTVGD)。这些深海病毒被预测会感染其他重要的微生物支系，包括Thaumarchaeota
和Oleibacter，研究还显示深海沟壑间和沟壑内病毒群落可能发生交换。此外，不同生境的病毒群落表现出不同的生态位依赖分布模式和
基因组特性。研究者还在hadal病毒基因组中发现了生态位特异性的辅助代谢基因，并在功能和系统发育上发现了一种新的病毒d-氨基酸氧
化酶，表明这些基因在难降解有机质的利用中发挥了重要作用。推荐语：该研究发现突出了深海病毒群落基因组、动态运动和环境驱动的多样性，并
表明这些病毒可能通过重新编码宿主的新陈代谢和调节关键微生物群落来影响深海生态系统。Viruses标题：Discriminating
betweenJCPyVandBKPyVinUrinaryViromeDataSets译名：JCPyV和BKPy
V在尿病毒数据集中的鉴别作者：RitaMormando等时间：2021.5.31影响因子：4.30多瘤病毒在人体内大量存在。多
瘤病毒JC病毒(JCPyV)和BK病毒(BKPyV)是人类泌尿道中的常见病毒。先前的研究估计JCPyV感染了
20%到80%的成年人，BKPyV感染了65%到90%的10岁个体。然而，这两种病毒编码相同的六个基因，并且在
它们的基因组中共享75%的核苷酸序列同一性.虽然之前的尿病毒组研究一再报告JCPyV的存在，但本研究期望了解JCPyV
的流行率与BKPyV的比较。本研究从尿液微生物组和病毒组研究中检索了所有公开可用的宏基因组测序读数（n=165）。虽然三分
之一的数据集与JCPyV对应，但经过进一步调查确定其中大部分实际上是BKPyV。这种区别是通过专门挖掘JCPyV和BKP
yV并考虑到整个基因组的均匀覆盖来实现的。这种方法提高了分类群调用的可行性，即使在具有显着序列相似性的病毒间也是如此。推荐语：该研究为在其他多瘤病毒(即BKPyV)中判定尿微生物组/病毒组中的JCPyV提供了深刻的见解。如果我们要准确地确定JCPyV在人群中的流行程度，并探索JCPyV在泌尿健康中扮演的角色，那么进行这种区分是至关重要的。 |
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