多重PCR引物设计示范

原文地址：多重PCR引物设计示范

原文作者：生物技术创新创业-韩健

有同行使用iCubate2.0以后不知到下一步如何做，这里试图介绍一下我们的经验。
iCubate2.0现阶段的一个局限就是没有做Sequence Alignment, 不能帮助找到靶基因的保守区。这个功能以后会加进去的，现在可以通过程序外面的一些运作来解决。下面的例子是假设我们要给一个大肠杆菌毒素基因设计引物。步骤如下：
（1）google找到相关论文。 用关键词“PCR, E coli' 来google, 就会得到如下结果，选择一篇论文。

（2）从论文中得到靶基因的信息。把靶基因片段的信息拷贝出来，再去GenBank做“钓鱼”找到靶基因的完整信息。


（3） 到了NCBI网站后选择Blast.

(4) 再选nucleotide blast.

(5) 然后把前面论文中找到的靶基因片段贴到序列框中。注意选择非人类数据库做比较。然后按Blast。这个动作的目的是通过一个引物或者探针的短序列，得到特异性靶基因的长序列。

（6）得到许多同源基因序列后选择一个比较全面的文献打开。把完整的靶基因拷贝出来，再用这个序列做下一轮的Blast, 目的是做同源基因的列比，找到保守区来设计成功率高的引物。