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研究新思路,非肿瘤疾病研究也可,赶紧看过来!

 昵称32772025 2021-08-25

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文章整体研究思路就是利用scRNA数据筛选到了疾病相关干扰素刺激基因及目标细胞群,并探究了其功能通路。再利用bulk RNA数据筛选到疾病相关干扰素刺激基因,且发现富集到与单细胞分析一致的通路。然后通过scRNA结合bulk RNA数据联合分析,筛选共有的干扰素刺激基因,并探究了其潜在的转录调控机制。最后再用简单的实验验证生信分析的结果。文章中不管是scRNA数据还是bulk RNA数据,都只用到了一些最基础的分析方法。我们团队的生信大神看完表示可做!可升级!各种升级!

我们先来看看文章中用到的基础分析结果都有哪些:

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(1)scRNA数据分析结果
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scRNA数据分析结果

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(2)Bulk RNA-seq数据分析结果
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(3)ScRNA-seq联合Bulk RNA数据分析结果
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在此基础上可进行升级的分析项很多,简单列举如下:

升级方向1:让目标细胞群的出现更加合理,可进行细胞间互作分析。

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升级方向2对目标细胞群进行更深入的数据挖掘,可以进行SCENIC分析,或者细胞发育轨迹分析

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升级方向3:基于算法完成单细胞到bulk RNA的数据转化,可以进行cibersortx分析,进而探究组织中的免疫浸润情况。

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升级方向4肿瘤方向的话,还可以基于单细胞数据筛选的目标基因,后续在bulk RNA数据中进行预后研究。

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篇幅有限,升级方案就列举到这来!怎么样,加上这些升级分析内容,文章水平是不是又能提升一个档次了?想了解更多请各位粉丝扫描下方二维码咨询详情或者预约时间莅临指导!

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