文献解读 | Idylla™和二代测序（NGS）的比较： 一种集成化EGFR基因突变检测方法

      

引言

众所周知，非小细胞肺癌（NSCLC）样本基因变异的检测必须依赖于实验室已建立和验证了相应检测技术的基础上。每一种技术有其特定的时间要求和用途，二代测序（NGS）因其可一次检测几十上百万中基因、且可检测未知基因类型而广泛应用。但是，不容忽视，在一部分报道的病例中，NGS存在无法构建文库或扩增覆盖不充分，进而导致结果无效的情况。此时，采用Idylla™高灵敏全自动实时聚合酶链式反应（PCR）技术，对NGS“无效”的病例进行快速检测是一种可行性较高的选择。  

2018年，来自欧洲肿瘤研究院和意大利费德里科大学的DeLucaC等专家在 ClinPatho发表一项《Idylla™assay and next generation sequencing: an integrated EGFR mutational testingalgorithm》研究，该研究通过对68例既往经过Ion Torrent NGS分析的DNA样本进行Idylla™EGFR检测，结果发现Idylla™ EGFR能够快速分析NGS无法检测的样本，提示Idylla™在样本量较少时，具有极高的价值。 

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图1：在全部68例DNA样本（大多数来自福尔马林固定、石蜡包埋（FFPE） 组织切片样本（厚度5~10 m），少数样本（n=17）来自细胞学样本）中，有43例样本NGS分析结果有效（其中24例样本检测出EGFR基因突变），其余25例样本（37%）则无法进行NGS分析。随后对所有DNA 样本进行Idylla™ EGFR基因突变分析，移取 3 m（l  NGS 有效样本）或  10 m（l  NGS 无效样本）重新检测病例。结果发现在43例NGS有效样本中，Idylla™均能有效分析其EGFR 基因突变状态。NGS 分析检出的基因突变，100%（24/24）得到了Idylla™的验证。

对于NGS无法进行基因突变检测的病例，Idylla™成功分析了20例（20/25；80%）病例。其中16例，Idylla™未发现EGFR 基因突变。另外4例，Idylla™ 检测出EGFR基因突变，其中包括病例27、28和30都检出19号外显子缺失，病例33检出21号外显子L858R突变。

图 2：病例 47 经 NGS 检测显示存在18号外显子 G719A（A）和 21号外显子的 L861Q 突变（B）。

Idylla™系统（C）证实了这两个突变（箭头处）

Idylla™在5例（病例59、60、61、63和68）样本中的EGFR 基因突变检测结果无效。值得注意的是，尽管病例63的DNA浓度足够（46.4 ng/μL），但是Idylla™未能成功检测该DNA样本，说明提取DNA 的量和检测有效性之间没有明确的相关性。此时对该DNA样本进一步采用基于电泳系统的微流体平台，最终发现Idylla™未能成功检测的原因是DNA高度降解。

结语

结语：Idylla™和NGS均能准确地检测出EGFR 基因突变，但在样本量不足的情况下，Idylla™价值凸显，可有效解决NGS无法检测的问题，快速检出结果，指导临床治疗决策。         

参考文献

De Luca C, Rappa AG, Gragnano G, et al. J ClinPathol. 2018  Aug;71(8):745-750.