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几乎没有两个分子是完全相同的。其组成成分的大小和组成结构都不很均一，分子量各不相同，分布在一个比较宽的范围内，腐植酸的分子量是指平均分子量。腐植酸的分子量小到几百、儿千，大到几百万。甚至同一样品，用不同方法测得的结果可相差1~2个数量级。造成这种情况的主要原因是原料的来源不同，腐植酸的提取和制备的方法不同，难以同一对比。其他原因还有腐植酸制备中的杂质很难除尽，聚氨酯地坪漆残余杂质对平均分子量的测定也带来很大的影响。另外，腐植酸是含有多种官能团的大分子物质，在水溶液中一方面会解离，另一方面又能通过氢键、桥键等形成聚合体，致使测定结果与腐植酸的真正分子量有偏离。腐植酸是一种无定形的、多种高分子物质的混合物，目前对其真实的分子结构还不了解。腐植酸通常呈黑色或棕色的胶体状态，其干燥时外形呈贝壳断口的凝胶状，密度在1.330~1.448g/cm3之间，具有很大的比表面积，在稀溶液条件下像水一样无黏性。
溶解性腐植酸能或多或少地溶解在酸、碱、盐、水和一些有机溶剂中，因而可用这些物质作为腐植酸的抽提剂。这些抽提剂一般分为碱性物质（例如NH3?H2O、Na2C03、Na4P207等）、中性盐（如NaF、Na2C204 等）、弱酸性物质（如草酸、柠檬酸、苯甲酸等）、有机溶剂（如乙醇、酮类、吡啶等）和混合溶液 (NaOH和Na4P207混合）五类。胶体性质腐植酸是一种亲水胶体，低浓度时是真溶液，没有黏度；而在高浓度时则是一种胶体溶液或称分散体系，呈现胶体性质。当加入酸类或高浓度的盐类物质时可使其产生凝聚，一般使用稀盐酸或稀硫酸，保持溶液pH在3~4之间时，此溶液经静止后就能很快析出絮状沉淀。
腐植酸的提取和制备的方法不同原文：http://www./New-185.html
酸性腐植酸分子结构中有羧基和酚羟基等基团，使其具有弱酸性。所以腐植酸可以与碳酸盐、醋酸盐等进行定量反应。腐植酸与其盐类组成的缓冲溶液可以调节土壤的酸碱度，使农作物在适宜的pH值条件下生长。离子交换性腐植酸分子上的一些官能团，如竣基一COOH上的H+可以被Na+、K+、NH4+等金属离子置换出来而生成弱酸盐，所以具有较高的离子交换容量。腐植酸的离子交换容量与pH有关，当pH从4.5提高到8.1时，腐植酸的离子交换容量从1.7mmol/g增加到5.9mmol/g。
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