|
今天给大家介绍一篇单基因纯生信的SCI文章，文章发表于frontiers in immunology，影响因子5.085，今年的影响因子应该会在7分以上。对于单基因的分析，挑选基因最为关键。小编认为容易发表的基因要符合以下几点（符合条件越多越好）： 1 在多种肿瘤中该基因高表达 2 在多种肿瘤中该基因高表达的患者预后差 3 在多种肿瘤中该基因在高分期表达较高 4 不同肿瘤中的富集分析有比较集中的几种结果 5 在一种或者多种肿瘤中与特定免疫细胞浸润相关，如巨噬细胞，CD8T细胞等 6 最好用不同的方法证明5中的结论 7 在某一种或者几种肿瘤中集中于一些免疫相关基因相关性高 8 该基因最好报道过，但是又研究较少，有一定新颖性 如果能筛选到这样的基因，再添加单基因的各种层面分析，肯定是比较容易接收的。能再加一些实验验证就更好不过了。另外，我们也推出了最新的单基因泛癌高阶套路。详见： 需要了解的话请扫描下面二维码添加微信联系。 另外还有免费的生信福利送给大家，详见： 请扫描下方二维码 COL6A6在肺腺癌中的免疫和预后影响综合分析 一、研究背景 肺癌是全球癌症相关死亡的主要原因，其发病率持续上升。非小细胞肺癌（NSCLC）占肺癌的85%，肺腺癌（LUAD）是NSCLC亚型的主要类型。肺癌5年总存活率（OS）约为15%，主要是由于诊断晚和治疗选择有限。因此，迫切需要新的治疗策略和生物标志物。胶原蛋白VI型α6链（COL6A6），一种新的胶原蛋白，被认为是肿瘤抑制剂和治疗靶点在几个肿瘤。然而，COL6A6在肺腺癌（LUAD）免疫细胞渗透和预后值中的功能作用仍不得而知。 二、流程图 三、分析解读 1、基因表达和临床数据的获取 ①通过GEPIA2分析COL6A6在LUSD中的表达（下图A） ②通过GEPIA2分析COL6A6在肿瘤组织和正常组织中的表达（下图B） ③使用HPA数据库探索了COL6A6蛋白质表达（下图C） ④COL6A6在55个LUAD细胞系中的表达（下图D） ⑤LUAD中COL6A6的基因改变和转录图谱（下图E） 2、PPI与富集分析 ①STRING绘制蛋白互作网络图（下图A） ②DAVID做GO和KEGG富集分析（下图B、C） 3、生存分析和预测因素 ①通过GEPIA2中的"生存"模块用于评估COL6A6表达与LUAD预后的相关性（下图A） ②绘制"箱线图"和"舞台图"分别执行差异表达分析，比较不同病理阶段的COL6A6表达（下图B）。 ③使用LCE网站进行COL6A6的表达和生存荟萃分析（下图C） ④COX回归分析确定预后因素（上图D，下表） 4、COL6A6表达与临床特征之间的关联 ①通过分析COL6A6表达与临床因素的关系研究了LUAD中COL6A6表达影响的潜在机制。 ②单因素logistic回归分析显示COL6A6表达与年龄，病理分期显着相关（下表） 5、GSEA富集分析 基因集富集分析（GSEA）表明，COL6A6与肿瘤免疫微环境有关。 （下图A）B细胞分化 （下图B）B细胞受体信号通路 （下图C）淋巴细胞分化 （下图D）CD4+αβT细胞激活的调节 （下图E）T Helper 17 type免疫反应 （下图F）Chemokine信号通路 （下图G）NK细胞调解细胞毒性 （下图H）T细胞受体信号通路 6、COL6A6表达与肿瘤免疫浸润之间的关系 ①利用TIMER的"gene"模块用于免疫浸润分析相关性。结果表明：上调节的COL6A6与所有评估的六个免疫细胞（B细胞、CD4 T细胞、CD8 T细胞、嗜中性粒细胞、巨噬细胞和树突状细胞）的渗透水平呈正相关（下图A） ②随着COL6A6染色体缺失，CD8 T细胞、巨噬细胞、嗜中性粒细胞和树突细胞的渗透水平显著降低（下图B） ③COL6A6表达在不同的免疫亚型之间各不相同（下图C)，COL6A6的表达在炎症亚型中最高，这表明对LUAD的预后更好。 ④CIBERSORT算法进一步确定LUAD中22种TIL的比例。在每组134个TCGA-LUAD样本中，高表达组125个样本和低表达组107个样本符合筛选标准（下图） 7、探索LUAD中COL6A6的潜在免疫调节功能 ①确定了33种免疫激动基因和17个免疫抑制基因与LUAD中的COL6A6表达显著相关联（下图A） ②基于这50个基因构建了PPI网络（下图B) ③DAVID做富集分析表明，淋巴细胞活化调节、T细胞活化调节、白细胞细胞粘附和T细胞受体信号通路与COL6A6介导免疫事件有关（下图C、D) 8、确定LUAD中与COL6A6相关的免疫调节剂的预后价值 ①鉴定了由七个基因（CD160，CD40LG，CD86，IL10，PVR，TNFSF13B和TNFSF14）组成的预后基因签名。 ②Cox回归分析和Kaplan-Meier生存曲线以评估这些基因与OS之间的关联（下图A、B） ③ROC曲线评估预后模型（下图C、D） ④风险评分，生存状态和基因表达谱的分布（下图E、F）
9、预后线型图的构建和评估 ①基于Cox回归的TCGA-LUAD数据集，建立了预测LUAD患者1年，3年和5年OS的预后列线图（下图A）。 ②计算每个患者功能得分，校准曲线进一步表明，列线图在预测LUAD患者的OS方面具有良好的性能（下图B-D）。
四、小结 在这项研究中，作者探讨了LUAD中COL6A6的预后和免疫意义。首先从TCGA下载了转录组及临床数据，然后通过多种生物信息学分析证实了COL6A6在LUAD中的潜在作用和预后价值。此外，作者还系统地评估了COL6A6与免疫细胞浸润之间的关联，以及调节COL6A6介导的免疫反应的信号通路，并使用与COL6A6相关的免疫调节剂鉴定了免疫预后标记，然后在GEO数据库的LUAD数据集中验证了其预后准确性。最后，建立了结合免疫特征和临床病理特征的列线图。结果表明：COL6A6在LUAD组织中低表达，而增加的COL6A6表达预测了良好的预后。COL6A6表达与LUAD中各种免疫细胞（如B细胞、T细胞和树突状细胞）的浸润有关。提示COL6A6可能在LUAD的肿瘤免疫微环境中发挥作用。来自COL6A6相关免疫调节器的七个基因特征是LUAD总生存期的独立预测因子。 |
|
|
