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中医学理论体系的形成，与中国古代哲学有密切的联系。尤其是《周易》的自然哲学对中医学理论的奠基之作《黄帝内经》 影响巨大，自古即有医易同源之说。 
其中的阴阳五行学说气化学说、经络学说、脏象学说、药物归经、药的升降沉浮、四气五味、五运六气学说等,都与《易经》有深厚渊源。特别是阴阳五行学说,它来源于《易经》,并在中医理论中得到了详尽的发挥。“医易同源”的原理在于易学阐述事物阴阳动静变化的道理，中医学研究、阐明人体阴阳盛衰消长的机制，两者在认识论和方法论上有共通之处，所谓“易具医之理，医得易之用”。例如，对于阴阳思想，《易经》中主要作为自然哲学范畴使用；在《黄帝内经》中，阴阳既是哲学范畴，又是医学范畴，是哲学范畴与医学范畴的巧妙统一。《内经》对《周易》的阴阳学说中蕴含的阴阳互根互用、消长转化、相协相调的思想作了更系统明确的表达，并结合医学实际作了新的发展。
《易经》自古即称为“天人之学”，列为“群经之首”。以其独特的象数和义理，以简驭繁，鉴往知来，探讨天道人事之演化兴衰。《周易》的“易”字，有至少三重含义：“简易、变易、不易”，其中主要的内涵当为“变易”。这告诉我们：大千世界，宇宙万物包括人类社会，成住坏空，生老病死，一切都在不断变化之中。正是由于“变易”才能不断推进并优化整个自然界，并使得大自然得以生生不息，生机勃勃。同样，中医很早认识到人体是在不断变化的。在疾病的诊断学上，中医更是针对疾病的变化做出了灵活的界定。比如伤寒论中，就把疾病的发展，按照病位的不同，区分出太阳、少阳、阳明、太阴、少阴、厥阴这六经。疾病基本上是按照这个顺序不断向内演化，但是又不是一成不变。
历代医家在临证实践或总结医理时往往以易言医。许多中医理论来源于《易经》，或运用易学原理加以印证阐发。中医从《周易》中吸取营养要素，将阴阳五行学说广泛地运用于医学领域，用以说明人类生命起源、生理现象、病理变化，指导着临床的诊断和防治，成为中医理论的重要组成部分，对中医学理论体系的形成和发展，起着极为深刻的影响。
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