明武宗正德九年,考中进士,朝廷任命他作临汾知县。后来被提拔为御史,掌管查实陕西茶马事务。皇帝派遣太监出任兰、靖两地茶马经营。王杲上书说边疆穷苦,年成歉收,不适合再设置官吏让老百姓受累,没有得到回答。
嘉靖三年,皇帝将要派遣太监到苏州杭州督办织造业,王杲上书劝说(不要这样做),皇帝没有采纳。过了很久,王杲提升为太仆少卿,改任大理官,第二次升为左副都御史,提拔为户部右侍郎。河南地方出现严重的粮食歉收,(皇帝)委派王杲前往赈济。王杲请求紧急调发公款,皇帝命令拿出临清仓库银五万两资助这次行动。(王杲)到后,又请求调发十五万两白银。(老百姓中)得以保全性命的人数都没有办法计算。赈济事情办完后,皇帝赏赐银币。接着,王杲以右都御史的身份总督漕运事务。先例是,修缮漕运船只(的费用),军队负责十分之三,老百姓负担十分之七。总兵官顾寰认为军队和老百姓穷困衰败,请求调发两淮地区的结余的盐银七十万两(来承担),户部尚书李如圭不同意。王杲改变作法,以两年漕运的十分之三来折合,那省下的转移搬运费用来修理运输船只,不再加重军民的困苦,得到回答可以。
过了一年,王杲担任户部尚书。皇后的父亲安平侯方锐求讨张家庄马房一块地方。王杲说这块地方面积有二千多顷,是出产法定赋税的田产,不能够答应,应当拿大恩寺属于官府掌控的土地二十顷给他。皇帝听从了他的建议。当时,国库储备上报匮乏,各处边疆请求增加军饷(的要求)没有一个月没有,全国各地水旱灾害的情况又比较多,给事中李文进提请讨论增加储备和积蓄。王杲陈列了九项措施拿出来献给皇上,随即又献上节制财用的十项措施,全被皇帝采纳。过去的成法,每年水道运粮四百万石。王杲认为粮食有余但是开支不足,(所以)遭遇天灾人祸大致上都会改用银两折抵,用来方便老百姓。一天,皇帝看见改用银两折抵的人数都超过了一半,非常吃惊,就拿这件事责问户部,王杲等人承认罪责所在。皇帝告诫从今以后必须遵守祖上的成法,不要轻易改变。
王杲掌管邦国大事,没有他不操劳的事情,皇帝极为倚重他。后来,皇帝发布诏书购买龙涎香,王杲好久都没有购进,皇帝因为这个而不高兴。给事中马锡弹劾王杲还有巡仓御史艾朴受贿,给事中历汝进说仓场尚书王炜也受贿,(几个人)一并送下监狱。王杲、艾朴发派去戍守边疆,王炜废弃为一般老百姓。
最后,在雷州戍守的地方逝世。隆庆初,给事中辛自修等人替他雪洗冤屈。皇帝发布诏书,恢复其官职,享受祭葬的待遇,赠与太子太保的头衔。