首先必须先选择要表达的重新设定关键因子,根据文献发表的有Yamanaka 及Thomson两种组合。除了这两种组合外,有许多的文献报导与重新设定细胞相关的其他重要基因。
接着选择基因传送的方式,目前最常被使用的为反转录病毒(retrovirus)、慢病毒(lentivirus) 、仙台病毒(sendai virus)及质粒载体(plasmid vectors)四种基因载体系统。
决定要重新设定的细胞种类,一般而言为容易取得的体细胞,如:纤维母细胞(fibroblast)。不同种类的细胞所能重新设定生成iPS的效率也有所差异,例如:重新设定胃上皮细胞(gastric epithelial cells)的iPS生成率为1-3%,但是B细胞只有0.01-0.1%的生成率。
建立测试关键因子表达效率的系统,例如RT-PCR及Western blotting。
测试培养条件,不同的细胞种类在经过重新设定转化成干细胞的过程中,所适合的培养条件都不尽相同。此阶段是生成iPS最关键的步骤。
当培养环境适合时,约莫2-3周后细胞会产生型态上的改变,渐渐形成聚落(colonies)。随着培养天数增加,聚落生长会越来越明显,越趋接近胚胎干细胞的生长特性,如下图: