1. 定义
InnoDB：
InnoDB：MySQL默认的事务型引擎，也是最重要和使用最广泛的存储引擎。
它被设计成为大量的短期事务，短期事务大部分情况下是正常提交的，很少被回滚。InnoDB的性能与自动崩溃恢复的特性，使得它在非事务存储需求中也很流行。除非有非常特别的原因需要使用其他的存储引擎，否则应该优先考虑InnoDB引擎。
MyISAM：
MyISAM：在MySQL 5.5 及之前的版本，MyISAM是默认引擎。
MyISAM提供的大量的特性，包括全文索引、压缩、空间函数（GIS）等，但MyISAM并不支持事务以及行级锁，而且一个毫无疑问的缺陷是崩溃后无法安全恢复。正是由于MyISAM引擎的缘故，即使MySQL支持事务已经很长时间了，在很多人的概念中MySQL还是非事务型数据库。尽管这样，它并不是一无是处的。对于只读的数据，或者表比较小，可以忍受修复操作，则依然可以使用MyISAM（但请不要默认使用MyISAM，而是应该默认使用InnoDB）
2. 区别：
- InnoDB 支持事务，MyISAM 不支持事务。这是 MySQL 将默认存储引擎从 MyISAM 变成 InnoDB 的重要原因之一；
- InnoDB 支持外键，而 MyISAM 不支持。对一个包含外键的 InnoDB 表转为 MYISAM 会失败；
- InnoDB 是聚集索引，MyISAM 是非聚集索引。聚簇索引的文件存放在主键索引的叶子节点上，因此 InnoDB 必须要有主键，通过主键索引效率很高。但是辅助索引需要两次查询，先查询到主键，然后再通过主键查询到数据。因此，主键不应该过大，因为主键太大，其他索引也都会很大。而 MyISAM 是非聚集索引，数据文件是分离的，索引保存的是数据文件的指针。主键索引和辅助索引是独立的。
- InnoDB 不保存表的具体行数，执行 select count(*) from table 时需要全表扫描。而MyISAM 用一个变量保存了整个表的行数，执行上述语句时只需要读出该变量即可，速度很快；
- InnoDB 最小的锁粒度是行锁，MyISAM 最小的锁粒度是表锁。一个更新语句会锁住整张表，导致其他查询和更新都会被阻塞，因此并发访问受限。
这也是 MySQL 将默认存储引擎从 MyISAM 变成 InnoDB 的重要原因之一；
更详细的介绍可以参考下面的网页：https://segmentfault.com/a/1190000008227211
3. 使用：
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是否要支持事务，如果要请选择 InnoDB，如果不需要可以考虑 MyISAM；
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如果表中绝大多数都只是读查询，可以考虑 MyISAM，如果既有读写也挺频繁，请使用InnoDB。
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系统奔溃后，MyISAM恢复起来更困难，能否接受，不能接受就选 InnoDB；
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MySQL5.5版本开始Innodb已经成为Mysql的默认引擎(之前是MyISAM)，说明其优势是有目共睹的。如果你不知道用什么存储引擎，那就用InnoDB，至少不会差。
