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还在靠挖掘公共数据库发表生信文章的您，最近是否也遇到了这样的情况： 生信分析内容既结合了当下研究热点，又具有一定的临床指导意义，美滋滋的投稿给杂志社，结果被审稿人秒拒——没有湿实验结果，纯生信分析结果不可信，不适合发表！ 如果您的生信分析方向刚好也是肿瘤免疫微环境，那不妨了解一下组织多色免疫荧光（mIHC）这项技术。mIHC怎么做？又能得到什么样的结果？这部分内容我们早已在之前的文章中进行过详细介绍，还不了解的同学们可以戳以下链接先复习一下。 mIHC作为近几年发展起来的一项新的病理染色技术，在肿瘤空间表型特征方面具有独特的优势，可作为发现新一代生物标志物的利器，是进行肿瘤免疫微环境验证的不二选择。如果您的研究方向刚好也是肿瘤免疫微环境生物标志物筛选，那就跟着我们一起来看看如何结合生信分析+mIHC验证全面阐释肿瘤免疫微环境，提升文章档次吧！ GARP Correlates With Tumor-Infiltrating T-Cells and Predicts the Outcome of Gastric Cancer. IF: 7.561 期刊：Frontiers in immunology 日期：2021-08-06 DOI ：10.3389/fimmu.2021.660397 作者基于TCGA和GEO数据库筛选了与高免疫浸润相关的基因GARP，并且发现GARP的表达与CD4、CD8和FOXP3的表达相关，且高免疫组的相关性强于低免疫组。作者对包含176个胃癌组织，52个正常胃粘膜组织的组织芯片（TMA）进行mIHC验证，panel为CK+FOXP3+CD3+CD8+CD4+GARP。验证结果发现，与GARP低表达组相比，GARP高表达组的CD3+T细胞浸润明显受到抑制，CD4+T细胞和FOXP3+Treg浸润明显增强，印证了生信分析的结果。结论为GARP作为Treg的表面分子，与CD4+T细胞和FOXP3+Treg细胞的浸润有关。 Metabolic Molecule PLA2G2D Is a Potential Prognostic Biomarker Correlating With Immune Cell Infiltration and the Expression of Immune Checkpoint Genes in Cervical Squamous Cell Carcinoma. IF: 6.244 期刊：Frontiers in oncology 日期：2021-10-18 DOI ：10.3389/fonc.2021.755668 作者基于TCGA数据库中的CSCC（子宫颈鳞状细胞癌）RNA-seq数据，将其分为高免疫和低免疫浸润组，进一步筛选出PLA2G2D基因，该基因是与免疫浸润和患者生存最相关的基因。根据PLA2G2D表达水平将样本分为PLA2G2D高表达组和低表达组，免疫浸润分析发现PLA2G2D高表达组中CD8+T细胞、巨噬细胞和B细胞也较高。为了对PLA2G2D表达与免疫浸润进行验证，作者使用18例CSCC患者的肿瘤FFPE样本进行mIHC验证，panel CK+CD3+CD8+CD68+ PLA2G2D。结果发现，在全区域和间质区域中，PLA2G2D高表达组CD3+T细胞、CD8+T细胞和巨噬细胞水平均高于低表达组，在肿瘤区域中CD8+T细胞也在PLA2G2D高表达组中显著升高。该结论与生信分析结论基本一致，表明PLA2G2D可以直接或间接地调控CD8+T细胞进入癌巢的招募，也揭示了PLA2G2D高表达样本中免疫浸润的空间特征。 AQP9 Is a Prognostic Factor for Kidney Cancer and a Promising Indicator for M2 TAM Polarization and CD8+ T-Cell Recruitment. IF: 6.244 期刊：Frontiers in oncology 日期：2021-11-05 DOI ：10.3389/fonc.2021.770565 基于TCGA数据库，共对537例KIRC（肾透明细胞癌）患者的数据进行分析，结合肿瘤免疫浸润评分，差异表达基因筛选，PPI网络构建等分析方法，最终确定AQP9为KIRC的一个潜在预后因子。进一步的研究表明，调节性T细胞(Tregs)、M2型巨噬细胞、M0型巨噬细胞、CD4+T细胞和中性粒细胞与AQP9的表达呈正相关，而肥大细胞、自然杀伤细胞(NK)细胞和CD8+T细胞的水平与AQP9呈负相关。对6例KIRC肿瘤组织进行mIHC验证，panel为APQ9+CD8+CD163。结果表明，当肿瘤组织中AQP9水平较高时，CD8+T细胞的浸润明显被阻断，且M2巨噬细胞数量明显增多。结合生信分析内容，表明AQP9可能与M2巨噬细胞极化和CD8+T细胞招募相关。 以上三篇文章呢，都是从免疫浸润水平出发，首先筛选出与免疫浸润显著相关且预后差异显著的分子，再对该分子进行免疫浸润细胞相关性分析，从而就可以筛选到一些与目标基因显著相关的免疫浸润细胞类型。 那如何进行湿实验的验证，就要靠mIHC来帮忙啦！只要选定感兴趣的免疫细胞类型及找到对应的标记marker，就可以在组织水平上快速进行免疫微环境验证啦。 具体怎么做呢？当然是找芯超生物！  芯超不仅拥有种类齐全的肿瘤组织样本，解决您收集样本难的烦恼，更有生存资料加持，帮您快速验证预后相关性；在mIHC实验方面，芯超病理平台已经积累了大量的mIHC实验经验，且具有完备的mIHC扫描成像系统，轻松完成抗体染色的细胞定位及定量，更具有近20年分子病理分析经验，可满足多种组合的分析方案。 最后呢，为了帮大家轻松挑选感兴趣的免疫细胞类型，小编还为大家整理了免疫微环境常用的验证靶标，方便大家根据前期生信分析结果确认验证方案： CK（cytokeratin）：细胞角蛋白，用于区分上皮细胞源肿瘤区域 CD3：总T淋巴细标志物 CD4：辅助T细胞标志物 CD8：毒性T细胞标志物（促进抗肿瘤免疫应答） FOXP3: 调节性T细胞（Treg）标志物（促进肿瘤免疫逃避） CD68: M0巨噬细胞标志物 CD86: M1型巨噬细胞标志物（促进抗肿瘤免疫应答） CD163：M2型巨噬细胞标志物（促进肿瘤免疫逃避） PD-L1：免疫检查点配体标志物（促进肿瘤免疫逃逸） PD-1：免疫检查点受体标志物（促进肿瘤免疫逃逸） 参考文献 1．Jiang S, Zhang Y, Zhang X, Lu B, Sun P, Wu Q, Ding X, Huang J. GARP Correlates With Tumor-Infiltrating T-Cells and Predicts the Outcome of Gastric Cancer. Front Immunol. 2021 Aug 6;12:660397. doi: 10.3389/fimmu.2021.660397. PMID: 34421887; PMCID: PMC8378229. 2．Liu H, Xu R, Gao C, Zhu T, Liu L, Yang Y, Zeng H, Huang Y, Wang H. Metabolic Molecule PLA2G2D Is a Potential Prognostic Biomarker Correlating With Immune Cell Infiltration and the Expression of Immune Checkpoint Genes in Cervical Squamous Cell Carcinoma. Front Oncol. 2021 Oct 18;11:755668. doi: 10.3389/fonc.2021.755668. PMID: 34733790; PMCID: PMC8558485. 3．Jing J, Sun J, Wu Y, Zhang N, Liu C, Chen S, Li W, Hong C, Xu B, Chen M. AQP9 Is a Prognostic Factor for Kidney Cancer and a Promising Indicator for M2 TAM Polarization and CD8+ T-Cell Recruitment. Front Oncol. 2021 Nov 5;11:770565. doi: 10.3389/fonc.2021.770565. PMID: 34804972; PMCID: PMC8602816. |
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