一线治疗
一线治疗方法应包括患者教育，例如正常膀胱功能、BPS/IC的情况以及它通常是一种典型的慢性疾病，需要持续动态的管理。患者还应该了解可用的治疗替代方案，单一治疗对大多数患者无效。大部分患者，可以充分控制其症状，但可能需要多种治疗方案的尝试来确定对该患者有效的方案。患者应了解，确定一个有效的疼痛缓解方案可能需要对不同的药物进行多次试用，以确定产生最佳效果的药物。此外，应告知患者，考虑到BPS/IC的慢性性质，典型的疗程中大多包括症状加重和缓解两种可能的时相。
临床经验和有限的文献表明，改变某些行为可以改善一些BPS/IC患者的症状。建议患者意识到并避免特定的行为。行为改变策略可能包括：通过调节液体摄入量来改变尿液的浓度和/或体积；对膀胱或会阴部施加局部热或冷刺激；某些已知的BPS/IC患者常见的膀胱刺激物，如咖啡或柑橘类；使用排除法来确定哪些食物或液体可能有导致症状；避免非处方药使用（如甘油磷酸钙、吡啶等）；避免热或冷刺激触发过敏点/区域致其发作；通过如冥想、想象来抑制BPS/IC发作；盆底肌肉放松以及有利于抑制冲动的膀胱功能训练。而其他一些行为等可能会使患者症状恶化，包括某些类型的运动（例如盆底肌肉锻炼）、性生活、穿过于紧身的衣服、便秘。
心理压力通常与疼痛敏感性的升高有关。临床医生和患者应认识到压力是症状恶化的诱因，并应鼓励和协助患者从压力管理或心理管理方面寻求支持。
临床医生还可适当地纳入多学科援助，以尽可能多地管理可能诱发或加重患者症状的因素。这些因素可能包括肠易激综合征(IBS)、子宫内膜异位症、反复发作的阴道炎/前庭炎、月经周期异常、恐慌、抑郁等等。
二线治疗
许多BPS/IC患者表现为盆底肌肉组织的压痛和/或束缚感，并伴有其他软组织异常。目前尚不清楚这些肌肉异常是否是疼痛的主要原因（引起相关的继发性膀胱疼痛）或本身只是BPS/IC的继发性表现。研究表明，无论其病因如何，当这种软组织异常存在时，物理治疗可以缓解症状。非常重要的是，没有证据表明针对盆底强化的物理疗法（如凯格尔运动）可以改善症状。事实上，这种类型的盆底治疗可能会使病情恶化。
适当的物理治疗技术包括解决盆底、腹部和/或髋关节的肌肉触发点，改善肌肉挛缩，松解疤痕和其他坏死性组织。在缺乏适当的专业知识的情况下，不建议以加强盆底为主要目的进行物理治疗。
疼痛管理应成为治疗方法的一个组成部分，并应在每次临床复诊时评估治疗有效性。必要时要联合麻醉医学等进行综合管理。
药物治疗的目标是找到能够显著缓解疼痛且副作用最小的药物。包括镇痛药、非甾体抗炎药、麻醉剂等各种用于治疗慢性疼痛的非麻醉性药物，以及部分可能通常用来治疗抑郁症、癫痫、心律失常等的药物。要注意其使用存在耐受性和依赖性的风险（尽管很少上瘾），许多患者可以通过止痛受益。
戊聚糖多硫酸钠（PPS）是迄今为止BPS/IC治疗方面研究最多的口服药物。有7个随机试验报告了500多名患者，认为多硫戊聚糖钠（PPS）可以作为一种选择。值得注意的是，有一些证据表明PPS对合并有Hunner病变患者的疗效较低。
膀胱内肝素、利多卡因、曲安奈德或8.4%碳酸氢钠单独或几种药物的联合灌注方案也都有研究开展尝试，但未见明确有效的优选方案推荐。
三线治疗
如果一线和二线治疗没有提供良好的症状控制和生活质量，或者患者的初始症状即提示适合采用一种更具侵入性的治疗方法，那么在麻醉下低压（60至80cmH20）进行膀胱镜检查，可进行短时间（小于10分钟）的水扩张。请注意，该做法有三个目的。首先，在扩张前，检查膀胱是否有其他潜在的症状（如结石、肿瘤）和Hunner病变。如果发现这些，那么要进行适当的处理。第二，如果没有发现膀胱内异常或溃疡，那么扩张可以继续进行，并作为一种治疗方法。当粘膜完全展开和出血变得明显时，Hunner病变也更容易识别。第三，水扩张有助于明确病因，利于区分是解剖原因还是功能性原因，并识别出因纤维化而导致膀胱功能下降的患者。
如果发现Hunner病变，则建议进行（激光、电刀）烧灼和/或注射曲安奈德。
四线治疗
一些研究报道使用BTX-A治疗有利于改善BPS/IC症状。而当患者获益开始下降时进行BTX-A再治疗方案(平均再治疗间隔5.25月)。在随访2年的患者中，大多数都表现出显著的症状改善，并在随后更长时间的随访中保持了疗效。需要注意，在重复注射时治疗剂量为200U的情况下，超过一半的患者出现排尿困难。
三项对于BTX-A联合水扩张的接受再次治疗患者的研究中，Hunner患者使用该方案没有改善。
三项研究报告了永久性植入骶部或阴部神经刺激装置的结果。但是，神经调节目前尚未被FDA批准用于BPS/IC治疗；然而，许多患者满足骶神经刺激被批准的紧急指证。虽然三项研究结论不尽相同，但都显示出接受治疗的患者膀胱容量、排尿频次、排尿量、夜尿症、疼痛和ICSI/ICPI评分等考察维度均有不同程度改善；AE（Adverse Event，不良事件）似乎很少发生。
五线治疗
有研究指出采用环孢素A (cyclosprine,CyA)3mg/kg/天/两次的治疗方案显著改善了75%的纳入研究的患者临床症状。另两项观察性研究也报告了类似的高疗效，包括91%的患者在接受治疗6周后出现显著的疼痛缓解，同时出现排尿频次减少和排尿量增加，平均治疗一年后，87%的患者报告已无疼痛症状，排尿相关参数有类似的改善。在这两项观察性研究中，AE发生率为30%至55%，包括高血压、牙龈增生、面部毛发生长。
六线治疗
应该清醒认识到虽然BPS/IC患者生活质量大幅下降，但它只是一种良性疾病。在给少数呈重度症状表现的患者实施大手术干预前应明确告知。另外手术治疗更多是改善膀胱容量，而不像保守治疗那样可能会显著改善生活质量。患者必须明白，手术不能保证疼痛症状缓解，而且即使膀胱被切除了疼痛依然可以持续存在，特别是非溃疡性BPS/IC。因此，虽然手术治疗是选择，但是在患者获益和风险/负担之间的平衡仍然存在不确定性。
置换成形术、神经去除术等其他疗法目前还有许多潜在的问题，所以对这些疗法仍存在争议。
膀胱分流术合并或不合并膀胱切除术。对于选择恰当的难治性患者，尿液分流可以缓解尿频和夜尿症，有时可以减轻疼痛。如果尿频是患者的主要问题，那么尿液分流可以提高那些经过严格甄辨的患者的生活质量，但是疼痛依然可以持续存在。一项14例接受膀胱输尿管切除术和尿液分流的患者研究报告显示10例患者术后依然有持续性盆腔疼痛。
最后，根据AUABPS/IC指南，即使有适当的治疗，许多BPS/IC患者也不能完全缓解症状。因此，很大一部分患者是临床研究试验的潜在候选人。
BPS/IC的临床研究因缺乏被广泛接受的、明确的诊断标准而受到限制。研究膀胱内BCG治疗、口服治疗（戊聚糖多硫酸盐/羟嗪）、阿米替林治疗和盆底物理治疗的初次治疗患者中，这些研究结论可以为今后使用新药物提供良好的样板。当标准的治疗方案不能完全缓解症状时，应该鼓励患者考虑参与研究试验。
而有些缺乏疗效的治疗方法和/或因为伴随有不可接受的AE或其他已知的负面后果，经过指南制定专家小组认定不应该提供，如：长时间连续使用抗生素方案（AE是典型的长期使用抗生素引起诸如胃肠道紊乱、阴道感染、恶心、头晕等）、膀胱内灌注卡介苗（疗效没有显著大于安慰剂、潜在的严重不良事件）、高压（例如大于80至100cmH20）、长时间（例如大于10分钟）水扩张（严重不良事件如膀胱破裂、膀胱间隔的概率大幅增加且获益不成比例）、长期服用糖皮质激素（相对严重的AE，例如新发糖尿病、现有糖尿病恶化、脓毒性休克肺炎、血压升高等）、长期使用透明质酸钠（风险/负担明显大于益处）。
专家小组虽然建议长期服用糖皮质激素这种疗法不要长期使用。但并不排除短期使用糖皮质激素治疗来管理症状发作。
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