  1.根据微生物所利用的能量与碳源来源分类 (1)化能异养菌 氧化还原物质获得能量,将有机碳同化为细菌物质,如枯草芽孢杆菌。该类型包括微生物的种类最多,已知绝大多数的细菌均属于此类型。 (2)光能异养菌 通过光合作用俘获太阳辐射能为能量,将有机碳同化为细菌物质,如紫色非硫细菌。这类生物很少。 (3)化能自养菌 氧化还原物质获得能量,将无机碳。(二氧化碳为主)同化为细菌物质,如氢细菌、铁细菌硝化细菌、硫化细菌。化能自养型微生物对无机物的利用有很强的专一性,一种化能自养型微生物只能氧化利用一定的无机物,如铁细菌只能氧化利用亚铁盐,硫化细菌只能氧化利用硫化氢,硝化细菌只能氧化利用无机氮化合物。 (4)光能自养菌 通过光合作用俘获太阳辐射能为能量,将无机碳(二氧化碳为主)同化为细菌物质,如红硫细菌、蓝细菌(蓝藻)。 2.通过氧化还原物质获取能量的微生物,依电子受体不同分类 (1)好氧菌 以氧气作为最终电子受体,如枯草芽孢杆菌。 (2)厌氧菌 以有机小分子或无机氧化物作为最终电子受体 以有机小分子作电子受体,如乳酸杆菌;以氮氧化物作电子受体,如脱杆菌;以铁氧化物作电子受体,如铁还原菌;以锰氧化物作电子受体,如锰还原菌;以硫氧化物作电子受体,如脱硫杆菌;以二氧化碳作电子受体,如沼气产生菌。 (3)兼性好氧菌有氧时以氧气为最终电子受体,无氧时以无机氧化物作为最终电子受体。 氧气作为电子受体的氧呼吸产能效率比无机氧化物或机物作为电子受体的厌氧呼吸产能高。所以,酵母菌在有氧的条件下绝不用作电子受体。从电子受体的角度看,产能效率的顺序是:氧呼吸>氮呼吸>锰、铁呼吸>硫呼吸碳呼吸。 微生物的“节约原则”。微生物吸收营养,用于生长(对于微生物而言,生长就是繁殖),要生长就得合成构成细胞的物质，而且每种物质需要多少数量，都能精确地控制。
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