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标准品在分子诊断中的应用

 生物学渣 2022-03-08

分子诊断的流程具有多个环节,从样品样本提取到变异检测,每个环节都存在不确定因素和不可规避的系统误差,这使得分析结果存在假阳性或假阴性的可能。因此需要标准品,来检测与校对分析体系的准确性。

分子诊断标准品应该具备以下3个特征:

1.  代表性。标准品需要与待测样品在基因遗传背景、细胞类型、组织类型和处理方式等方面高度相似,才能模拟待测样品的检测过程,以分析实验体系的精准度和判别待测样品结果。

2. 可量化。标准品需要具备突变频率阶梯性,将编辑细胞与野生型细胞以不同比例混合,用于模拟不同疾病或检测系统的检测上下限。

3. 持续稳定。标准品需要能持续且稳定生产。

在PCR检测变异的流程中,可以用标准品来验证试剂盒的提取效率、变异检测的准确度、试剂盒的灵敏度等。在核酸提取步骤中,样本经过不同的处理往往对核酸提取率有影响,比如经过福尔马林、石蜡包埋等处理等。如果存在与患者样本处理方式、材质、细胞复杂性和结构特性相似的标准品,例如FFPE标准品,则可以在提取环节中得知提取效率。如果更换提取体系时,只要使用相同的标准品,还可以比较不同提取体系的提取效率。同理,标准品在文库构建阶段和测序阶段也发挥着相同的作用,用于确定建库效率和测序质量。

生信分析位点变异情况时,由于标准品的突变位点、突变基因型和突变频率等信息都是通过人为修饰且已知,所以如果信息分析流程得出的变异检测结果与此不符,就需要调整参数,以得到准确的分析体系,同时还能准确判断患者样品的实际变异情况。

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