之前写过几篇博客,介绍植物育种数据中,如何计算广义遗传力,本次博客计划系统的介绍一下。所谓系统,就是包括:数据,代码,结果解读和重演。确保看到即学到,学到能用到。 「系列内容:」
本次博文为第一篇,欢迎点赞,转发,发朋友圈! 1. 随机区组设计介绍
这种试验符合田间试验设计的基本原则:重复、随机、局部控制,应用广泛。 「数据格式:」 ❝ ![]() 2. 随机区组计算遗传力遗传力计算中,文献中有两种方法:
这里,我们使用第二种,即残差的方差组分不进行重复数的矫正。 3. 方差分析的方法计算遗传力![]() ![]() 「R代码:」
「方差分析表:」 ![]() MSv = 146.28 MSe = 13.8 「根据公式:」 Vg = (146.28-13.8)/4 = 33.12 Ve = Mse = 13.8 遗传力为:h2 = Vg/(Vg+Ve) = 33.12/(33.12+13.8) = 0.7058824 注意,这里的遗传力,为广义遗传力。 4. 混合线性模型计算遗传力混合线性模型,可以直接估算方差组分 「代码:」
「方差组分:」
「计算遗传力:」 asreml中,可以用
5. 使用Genstat软件计算遗传力5.1 方差分析「数据:」 「模型:」
5.2 混合线性模型模型: 5.3 更简单的方案使用半同胞模型(或者公畜模型),直接计算遗传力。
6. 总结单地点完全随机区组(RCBD)计算遗传力,可以通过方差分析,间接的计算方差组分,然后计算遗传力;也可以通过混合线性模型,将品种作为随机因子,直接计算方差组分,计算遗传力。 计算软件:R语言和Genstat。Genstat是窗口化软件,不用编程,通过鼠标点击的形式完成分析,学习成本较低。 ❝ 下一篇介绍一年多点数据,如何计算广义遗传力,欢迎继续关注。 分割线 大家好,我是邓飞,一个持续分享的农业数据分析师,这里我将自己公众号的干货内容挑重点罗列一下,方便大家阅读和使用。 1,GWAS学习教程(快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程),这个pdf是我将公众号的内容进行了汇总,更方便从头学习GWAS分析,里面配套了数据、代码和讲解,属于干货推荐的Number 1。 2,农学人如何入门数据分析资料汇总(飞哥汇总 | 入门数据分析资源推荐),里面推荐了免费的教程,包括编程、统计和专业书籍。 3,数量遗传学电子书下载(数量遗传学,分享几本书的电子版) 4,R语言电子书线上书籍推荐(学习R语言这几本电子书就够了!) 后面我不断整理干货内容,欢迎继续关注我的公众号: |
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