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还不会数据挖掘?超详细课程附代码,一次性搞定!

 科研情报站 2022-04-06

在这个人人都在写生信,人人都在冲SCI的年代,可以说不会数据挖掘的医生就不是一个合格的科研er。

对于从事肿瘤研究的临床医生或基础科研人员来说,从公共数据库中挖掘数据撰写并发表SCI可以说是最省时省力的办法了。今天就给大家介绍几个公用的数据吧!

TCGA(癌症基因组图谱)数据库包括常见癌症的基因组、转录组、蛋白组、表观遗传组数据和与其关联的临床数据,为挖掘有意义的组学变化和发现肿瘤发生、发展、转移等生物学机制提供了海量数据

GEO是当今最大、最全面的公共基因表达数据资源。适合研究方向:基本包括所有疾病,不是做肿瘤的小伙伴可以选这个。难易程度:数据下载,整理都比较简单,分析过程需要R编程,这里有点难度,总的来说难度一般。发文的高度:只做纯GEO数据挖掘的文章一般只能1-2分的文章,适用文章的分数偏低。

Oncomine拥有最全的癌症突变谱、基因表达数据以及相关的临床信息,可用于发现新的生物标记物或新的治疗靶点。Oncomine 整合了GEO、TCGA和已发表的文献来源的RNA和DNA-seq数据。通过Oncomine,可以进行差异表达分析,共表达分析,查找某种癌症中差异表达的基因,确定目的基因,确定研究方向。

今天小燕子给大家带来了超详细数据挖掘教程,包含有视频课程还有代码哦,大家一起来学习吧~

领取方式请见文末~

资源预览

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