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(1)从种子形态上区别 二倍体西瓜种子先端较尖、较长,种仁饱满,种壳薄而光滑;四倍体西瓜种子先端宽,形状介于椭圆和圆形之间,近于方形或长方形,种子较厚而饱满,种壳比二倍体西瓜的壳厚得多,而且多有裂纹和裂刻。三倍体西瓜种子与四倍体西瓜种子在外观上差别不大,形状更圆些,种子薄而且不饱满,种子表面有凹陷,手捏感觉较瘪,而四倍体的种子手捏时感觉鼓而饱满。剥去种壳会发现三倍体西瓜种子多为抱合子叶,或子叶有不同程度的缺刻,即使是发育较好的种胚也很不充实。 (2)从种子重量上区别 同一品种的二倍体种子粒重为37~47毫克,三倍体种子粒重为52~62毫克,四倍体种子粒重为62~77毫克。 (3)从瓜苗形态上区别 二倍体西瓜的子叶薄而平展,叶片较窄而且薄,裂片重叠少,色浅,有蜡粉,茎细且节间长;四倍体西瓜的子叶厚而上凸,叶子团而厚,色深,裂片重叠多,无蜡粉,茎粗且节间短;三倍体西瓜的瓜苗性状比较接近于四倍体西瓜,子叶薄,较平展,多呈“箭头”状畸形,叶子较团较厚,色较深,裂片有重叠,无蜡粉,节间较长，茎较粗。
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