医学图像的格式主要有六种格式--DICOM（医疗中的数字图像和通信），NIFTI（神经影像学信息技术计划），PAR/REC（飞利浦 MRI 扫描格式），ANALYZE（Mayo 医疗成像）以及 NRRD（近乎原始光栅数据）和 MNIC 格式。其中 DICOM 和 NIFTI 是最常用的格式。
DICOM属于最常见的格式之一，一个DICOM文件包含了基本的病人信息以及图像信息。DICOM 是由美国国家电气制造商协会（NEMA）制定的标准。它定义了医疗成像领域中关于信息处理、存储、打印以及传输的标准。这些都是你在扫描仪或者某家医院的图片归档和通信系统（PACS）能够立即得到的文件格式。它包括了文件格式和能够接收图像和 DICOM 格式的病人数据的实体之间使用 TCP/IP 进行通信的协议。一个 DICOM 文件包含文件头部和同文件名的*.dcm 图像数据。文件头部的大小取决于它所提供的信息的多少。文件头包含以下信息：病人的 ID，病人的姓名，图像的模态以及其他信息。它定义了帧的数量以及图像的精度。这些信息会被图像浏览器在显示图像时用到。对于一个单词采样，会有很多个 DICOM 文件。pydicom 是一个读取 DICOM 文件的 python 库。◢病人信息 · 病人ID · 姓名 · 检查日期 · ...... ◢图像数据 · 数据位数 · 符号位 · 宽高 · 最大最小值 · ...... Nifti 格式最初是为神经影像学发明的。神经影像信息学技术计划（NIFTI）将 NIfTI 格式预设为 ANALYZE7.5 格式的替代品。它最初的应用领域是神经影像，但是也被用在其他领域。这种格式的主要特点就是它包含两个能够将每个体素的索引（i,j,k）和它的空间位置（x,y,z）关联起来的仿射坐标。NIFTI格式主要是为了克服以前数据格式问题而引入的，先前格式的主要问题可能是缺乏有关空间方向的足够信息，以致于不能明确解释存储的数据。尽管该文件被许多不同的成像软件所使用，但是缺少足够的方向信息，某些（尤其是spm）必须为每个分析文件包括一个描述方向的随附文件，例如带有扩展名的文件.mat。为了保持与先前格式的兼容性，以nifti格式存储的数据还使用了一对文件.hdr/.img。注意，nifti格式的内部结构将与分析格式的结构基本兼容。与每个图像一样，使用一对文件.hdr/.img而不是仅一个，不仅带来不便，而且还容易出错，因为您可能会轻易忘记（或不知道）所关注的数据实际上被拆分为多个文件。为了解决这个问题，nifti格式还允许将其扩展名为，作为单个文件存储.nii。DICOM 和 NIfTI 这两种格式的主要区别是：NIfTI 中的图像原始数据被存储成了 3 维图像，而 DICOM 一些 2 维的图层。这就使得 NIFTI 更加适合那些应用在 DICOM 上的机器学习的方法，因为它是以 3D 图像建模的。处理一个单独的 NIFTI 文件要比处理成百上千个 DICOM 文件更加容易一些。与 DICOM 格式下的好多个文件相比，NIFTI 格式下，每个 3d 图像只有两个文件。.img/.hdrAnalyze软件, 梅奥临床医学中心 灵活的NRRD格式包含了一个单独的头文件和若干个可以被结合在一起或者分开的图像文件。NRRD头文件为科学可视化和图像处理准确地表征了N维光栅信息。NRRD格式表征扩散加权图像(DWI)体积和扩散张量图像(DTI)。为了目视确认张量的方向和期望的神经解剖学的结构一致，NRRD DWI 和 NRRD DTI 数据能够被读取为 3D 切片。MINC2 从 NetCDF变换成了HDF5,HDF5支持无限制多的数据类型，并且是为灵活高效的I/O和大容量的复杂数据而设计的，有助于MINC2处理大量的复杂数据集。
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