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我承认tidyverse已经脱离了R语言的范畴

 育种数据分析 2022-05-11

最近知乎热议:R和Python谁更优雅的问题,或者谁更适合数据分析的问题,各种讨论,非常值得一看:

https://www.zhihu.com/question/527922200

别点了,微信不支持超链接!!!

就我个人而言,Python更适合写流程,平时建模都是用R语言处理好数据,交予第三方软件,最后用Python串起来。不得不说,R语言的tidyverse是真的好,非常高效。从某种角度,只学R语言没有接触过tidyverse的用户,看到R的代码,觉得它已经脱离了R语言的范畴!!!

最近在学习tidyverse,批量方差分析之前都是用for循环,然后用formula处理模型,再把结果保存为list的形式,现在学习了tidyverse的操作,可以用pivot_longer将所有性状进行长数据转化,然后用group_by和nest变为列表,最后用map进行批量建模,用tidy进行结果的整理,更加行云流水。下面我们通过代码来看一下。

看一下我最终的代码:

fm1 = fm %>% pivot_longer(-c(1:5),names_to = "trait",values_to = "y")head(fm1)fm1 %>% group_by(trait) %>% nest %>%  mutate(model = map(data,~aov(y ~ Spacing + Rep, data=.))) %>%   mutate(result = map(model,~tidy(.))) %>%   unnest(result)

上面的代码,如果没有tidyverse的基础,是看不懂啥意思的,毕竟map,group_by,mutate,nest,unnest,tidy都是什么鬼是从来没见过的。

结果文件:


看一下需求:

> library(learnasreml)> data(fm)> str(fm)'data.frame':  827 obs. of  13 variables: $ TreeID : Factor w/ 827 levels "80001","80002",..: 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 ... $ Spacing: Factor w/ 2 levels "2","3": 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 ... $ Rep    : Factor w/ 5 levels "1","2","3","4",..: 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ... $ Fam    : Factor w/ 55 levels "70001","70002",..: 44 44 44 15 15 2 2 10 10 10 ... $ Plot   : Factor w/ 4 levels "1","2","3","4": 1 2 4 1 4 2 4 1 2 3 ... $ dj     : num  0.334 0.348 0.354 0.335 0.322 0.359 0.368 0.358 0.323 0.298 ... $ dm     : num  0.405 0.393 0.429 0.408 0.372 0.45 0.509 0.381 0.393 0.361 ... $ wd     : num  0.358 0.365 0.379 0.363 0.332 0.392 0.388 0.369 0.347 0.324 ... $ h1     : int  29 24 19 46 33 30 37 32 34 28 ... $ h2     : int  130 107 82 168 135 132 124 126 153 127 ... $ h3     : int  239 242 180 301 271 258 238 290 251 243 ... $ h4     : int  420 410 300 510 470 390 380 460 430 410 ... $ h5     : int  630 600 500 700 670 570 530 660 600 630 ...

数据共有827行数据,相对Fam进行方差分析。

比如对`dj`进行方差分析:可以看到Fam之间达到极显著水平。

问题来了,如果相对`dj`,`dm`……`h5`这些性状都进行方差分析,应该如何处理呢?当然可以一个性状做一个模型,我们更想批量处理一些。

首选当然是For循环:

# fornn = names(fm)[-c(1:5)]
re = NULLfor(i in seq_along(nn)){ # i = 1 mod = aov(formula(paste0(nn[i],"~Fam + Rep")),data=fm) re[[i]] = summary(mod)}names(re) = nnre

结果:

> re$dj# A tibble: 3 x 6  term         df  sumsq   meansq statistic   p.value  <chr>     <dbl>  <dbl>    <dbl>     <dbl>     <dbl>1 Fam          54 0.0912 0.00169       3.52  9.85e-152 Rep           4 0.0319 0.00797      16.6   4.60e-133 Residuals   767 0.368  0.000480     NA    NA       
$dm# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 0.214 0.00396 2.12 0.000009962 Rep 4 0.0279 0.00696 3.73 0.00515 3 Residuals 766 1.43 0.00187 NA NA
$wd# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 0.123 0.00227 3.86 3.83e-172 Rep 4 0.0469 0.0117 19.9 1.29e-153 Residuals 768 0.452 0.000588 NA NA
$h1# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 13444. 249. 4.71 4.35e-232 Rep 4 4623. 1156. 21.9 4.06e-173 Residuals 768 40572. 52.8 NA NA
$h2# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 82699. 1531. 2.05 2.31e- 52 Rep 4 65677. 16419. 22.0 3.11e-173 Residuals 768 572403. 745. NA NA
$h3# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 183935. 3406. 1.88 2.12e- 42 Rep 4 108005. 27001. 14.9 1.01e-113 Residuals 768 1393118. 1814. NA NA
$h4# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 382898. 7091. 1.17 1.97e- 12 Rep 4 454090. 113523. 18.7 1.12e-143 Residuals 765 4644446. 6071. NA NA
$h5# A tibble: 3 x 6 term df sumsq meansq statistic p.value <chr> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl> <dbl>1 Fam 54 676396. 12526. 1.58 5.79e- 32 Rep 4 682404. 170601. 21.6 7.01e-173 Residuals 765 6049952. 7908. NA NA

然后我们看tidyverse的解决方案:

head(fm)fm1 = fm %>% pivot_longer(-c(1:5),names_to = "trait",values_to = "y")head(fm1)fm1 %>% group_by(trait) %>% nest %>%  mutate(model = map(data,~aov(y ~ Spacing + Rep, data=.))) %>%   mutate(result = map(model,~tidy(.))) %>%   unnest(result)

第一步:将数据转化为长数据

第二步:将数据group_by,然后nest形成列表

第三步:使用map进行批量方差分析

第四步:使用map进行结果整理

结果:


一个字:绝

二个字:真绝

……



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