【原】GEO芯片数据下载以及 Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE") 报错

一般情况下，使用下面这行代码 (R) 就可以直接下载数据

gset <- getGEO("需要下载的数据", GSEMatrix =TRUE, getGPL=FALSE)

但是今天遇到了这个报错：

错误: The size of the connection buffer (131072) was not large enough to fit a complete line:

  * Increase it by setting `Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE")`

这是因为Rstido默认链接缓存为 131072 字节，即 131 KB 或者说 0.131 MB，而我们要下载的数据大小>131072字节，所以需要调整默认链接缓存。

解决方法如下：

Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=99999999)

总结：实际上报错后已经给出了解决方案，只不过没见过这行代码可能不清楚具体怎么操作，所以遇到报错不要烦，多尝试，平时也多积累、多记笔记。