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我们知道，分子文件的格式很多，比如mol，sdf等，但AutoDock这个软件不识别sdf这样的格式文件，而我们通常下载的文件就是sdf这个格式的文件。我们需要转换成mol2或者PDB格式的文件，才能被AutoDock这个软件所读入。当然，有一些分子我们是可以从一些数据库中直接下载mol2格式文件的。比如一些中药成分小分子，我们可以从TCMSP这个数据库下载(https:///)，比如:quercetin
然后点击图片，下载的就是mol2格式的分子文件。
还有一个数据库能下载mol2格式的文件。ZINC(http://zinc./)，这里就不介绍了，你要是能从上面的数据库下载到你配体小分子的mol2格式文件，就直接用，如果不能，那就是去PubChem数据库(https://pubchem.ncbi.nlm./)下载sdf文件，然后进行转换，这也是我这里要介绍的。 首先在PubChem数据库检索你的化合物，进入相应的页面，3D Conformer处点击下载，会有sdf格式文件的下载选项。
分子格式文件的转换，需要OpenBabel这个软件，这个软件能实现各种格式转换，用起来也挺简单的。 打开软件，左侧选择我们的输入文件，是什么格式的就选择什么格式的，右侧输入文件，要什么格式选择什么格式，最后点击中间的CONVERT,就会在输出路径的下产生相应的输出文件。我这里转换成了PDB，因为mol2格式的文件我们从TCMSP这个数据库下载了。
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