在介绍之前,先简单介绍一下这个软件,虽然前面我们简单的使用,但没有过多介绍,这里就简单介绍一下,具体细节上的东西,需要你不断使用,才能熟悉。下面是软件界面。 1.设定工作目录,打开文件打开PyMOL软件,设置我们的工作目录。 或者通过命令 导入刚才下载的复合物PDB文件(1e8y.pdb)。 注意:有两种方法导入文件,一种是鼠标点击菜单栏File -> Open…,另一种是通过命令行。通过 假设我们的工作目录为 如果是从PDB网站上下载蛋白,如 1e8y.pdb, 也可以直接通过PyMOL 下载蛋白,点击菜单栏中的 File->Get PDB,或者通过fetch 命令下载,这在前面有介绍。 2.对象属性操作介绍加载到蛋白后。
每个object 都有对应的A S H L C操作: A:代表Action ,主要包含了对object的常用操作的集合,如 复制、删除object,对object加氢,展示Object等, S:代表Show ,将object 渲染成cartoon 、line、stick lines sphere surface mesh dots ribbon 等模式 H:Hide 根据object的状态或者描述进行相应的掩藏 L:Label 显示object中残基、原子等名称或者属性 C:Color 对Object 进行着色 知道这些,里面的内容多试试几次就知道怎么回事啦。比如下面2种操作。
再如下面的一些操作介绍; L->residue 在α碳原子上标记其残基名字和编号 (常用) L->residue name 在所有原子上标记残基名字 (不常用) L->clear 删除该对象上所有的Label L->element symbol 显示对象上所有原子的元素名字 L->vdw radius 看原子的范德华半径 3.可视化窗口操作
多的不介绍了,B站有很多视频教程,这里我给大家找到了一个文本教程。http://pymol./ ,对作者的贡献表示感谢。 下面我们就简单处理一下我们前面对接的结果 4.对接结果简单处理演示我们前面对接的结果文件,result.pdbqt,我们同样用OpenBabel这个软件转换成pdb格式。 我们用pymol打开result.pdb文件,在右下角处Selecting 处点击切换到Chains,然后选中蛋白质,在左上角sele处选择A,然后选择rename selection,然后在左上角的窗口处会弹出一行,在:后面输入名称。我这里是protein。或者通过命令set_name sele,protein实现。 我下面通过命令 为了更好的区分受体和配体,我们通过C(color)来更改,根据自己喜好。 Selecting 处切换到残基。 然后选择小分子,右侧又多了一个sele,我们同样可以更改名字。 我这里把名称改成了ligand,我们选中小分子,按下图选择,让小分子显示氢键。 我们鼠标旋转,可以看见4个氢键。 接下来我们显示这4个氢键对接在氨基酸上的那几个残基上。首先,点击蛋白质(p)的S,点击sticks。 然后点击ligand的A,点击center,将配体小分子设置为中心。后面可以通过鼠标放大缩小旋转都以它为中心。 然后我们放大(长按鼠标右键拖动),旋转到合适角度,可以看见。 然后鼠标选中对接的残基 同样将残基改一个名字,我这里是rr。 在p中的H点击sticks,将蛋白的棍状结构隐藏起来。 然后是在rr中选择S里面的sticks,单独显示残基的棍状结构。 我们可以给残基换一个颜色(C)。 改变背景色,这里改为白色,同时我再把残基改成了蓝色。 可以保存文件编辑好的图片。 至于美化,这里远远不够,就得去自己好好研究这个软件怎么使用了,反正上面的教程也挺详细的,后续在介绍另外一个软件VMD。参考: http://pymol./ |
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