2022年5月12日，北京大学伊成器团队在Nature发表题为「Mitochondrial base editor induces substantial nuclear off-target mutations」的研究论文，该研究显示线粒体碱基编辑器在核基因组中诱导广泛的脱靶编辑。对其编辑组的全基因组、无偏分析揭示了数百个与 TALE 阵列序列 (TAS) 相关或独立的脱靶位点。
核 DNA (nDNA) 中依赖于 TAS 的脱靶位点通常仅由两个 TALE 重复序列中的一个指定，这挑战了 DdCBE 由靠近定位的配对 TALE 蛋白引导的原则。与 TAS 无关的 nDNA 脱靶位点经常在具有不同 TALE 阵列的 DdCBE 之间共享。值得注意的是，它们与 CTCF 结合位点强烈共定位，并且富含 TAD 边界。该研究还设计了 DdCBE 来减轻这种脱靶效应。总的来说，该研究结果对在基础研究和治疗应用中使用 DdCBE 有影响，并表明需要彻底定义和评估碱基编辑工具的脱靶效应。
2022年4月25日，韩国基础科学研究所Jin-Soo Kim（音译，金镇洙）团队在Cell在线发表题为「Targeted A-to-G base editing in human mitochondrial DNA with programmable deaminases」的研究论文，该研究该提出了可编程的 TALE 连接脱氨酶，由定制设计的 TALE 蛋白、分裂或催化缺陷的 DddA 变体和工程化的腺嘌呤脱氨酶组成，可诱导人线粒体中的靶向 A-to-G 编辑。定制设计的 TALED 在人体细胞中非常有效，可在各种线粒体基因的 17 个靶位点催化 A 到 G 的转换，编辑频率高达 49%。总的来说，在短期内，TALED 将有助于在细胞系和动物中产生 mtDNA 突变以创建疾病模型，这是药物开发的重要步骤。在 mitomap 中列出的 90 个已确认的致病性 mtDNA 点突变中，其中 42 个（=47%）可以使用 TALED 在人类细胞系或模型生物中产生，从而实现 A-to-G 转换，而只有 9 个（=10%）的 可以使用催化 TC 到 TT 转换的 DdCBE 来诱导突变。从长远来看，具有更高效率和特异性的 TALED 可以为纠正胚胎、胎儿、新生儿或成年患者中引起疾病的 mtDNA 突变铺平道路，预示着线粒体基因治疗的新时代。此外，正如最近 DdCBEs 所示，编码植物中数百个基因的叶绿体 DNA（其中许多基因对光合作用至关重要）可以用植物兼容的 TALED 进行编辑，从而开启植物遗传学和生物技术的新篇章。
2022年4月4日，博德研究所刘如谦团队在Nature Biotechnology发表题为「CRISPR-free base editors with enhanced activity and expanded targeting scope in mitochondrial and nuclear DNA」的研究论文，该研究为了提高编辑效率并克服 DddA 严格的 TC 序列约束，使用噬菌体辅助的非连续和持续进化来进化具有改进活性和扩大靶向范围的 DddA 变体。DddA6 和 DddA11 大大提高了全蛋白碱基编辑的有效性和适用性。
2022年3月18日，中国农业科学院深圳农业基因组研究所左二伟、中国科学院脑科学与智能技术卓越创新中心杨辉、上海脑科学与类脑研究中心/临港国家实验室胥春龙、上海交通大学章美玲共同通讯在 Cell Discovery （IF=11）发表题为「Mitochondrial base editor DdCBE cause substantial DNA off-target editing in nuclear genome of embryos」的研究论文，该研究使用 GOTI方法（点击阅读），以评估 DdCBE 对 mtDNA 和核 DNA 修饰的脱靶效应。该研究首次展示了 DdCBE 在整个核基因组中导致数千个脱靶 SNV，这些 SNV 富含 C-to-T/G-to-A 转换，这是低保真碱基编辑器 BE3 产生的 SNV 数的两倍。总之，该研究发现DdCBE 对核基因组具有广泛的脱靶效应，强烈需要优化 DdCBE 以在 mtDNA 上进行特定的碱基编辑，特别是在用于治疗线粒体疾病之前。
