【原】植物细胞器研究，我们是认真的

植物叶绿体 / 线粒体基因组研究

夏天已经悄然而至，在这个美好有生命力的季节，植物细胞器基因组研究的材料准备起来了吗？

今天就跟大家分享下细胞器基因组的研究关注点，希望这个夏天，你的小植物也能够跟上你的研究“燥”起来~

植物的小基因组研究，主要分为叶绿体基因组和线粒体基因组两类。而在实际取样过程中，我们得到的植物样本（叶片等）中，不仅有我们关注的细胞器基因组部分，还会有大量核基因组的干扰，这就很需要我们有针对性的准备样本啦。

首先我们就来看看植物样本开展细胞器基因组研究的材料准备：

叶绿体基因组自不必说，当然是需要大量的叶绿体富集。这就要求我们在准备样本的时候给予植株充足的日照，以确保足够的叶绿体生成。

所以一般建议大家在进行叶绿体样本取样的时候，将植株进行光照处理~6小时再进行绿色组织（如 叶片等）的取样。

植物的线粒体基因组研究则比较麻烦——由于植物细胞中除了核基因组的干扰，也会难免有叶绿体的存在，这样一来线粒体研究的干扰因素就更多了。那么如何处理线粒体基因组研究的植株呢？最好的材料，就是植物的愈伤组织了——愈伤组织中线粒体的丰度较高，非常活跃，拷贝数也很高，并且基本没有叶绿体的干扰，对研究是十分有利的。

如果没有条件进行愈伤组织的培养，要怎样处理我们研究的植株呢？根据实验室提取经验，建议送下图中的下胚轴部分，这里也是叶绿体含量极低，线粒体含量极高的哦~

这里还有一个略显凶残的手段，就是给植株“关小黑屋”，进行暗培养。

暗培养之后的植株，叶绿体含量会下降，一般暗培养约一周，我们就可以得到叶片白化的植株了——就是我们常说的白化苗。白化处理的植物，叶绿体的含量也会有效降低，就不会给后续的研究带来太多干扰了。

利用白化苗的叶片等低叶绿体含量组织，就可以开展植物的线粒体基因组研究了。

即便是这样，对植物细胞器基因组的研究仍不免核基因组的污染，富集和提高目标基因组的含量比例也就成为植物细胞器基因组研究的难点之一。没关系，凌恩生物自主研发的EnrichmentCP技术来帮忙。

在提取的总核酸中，目标基因组的含量一般非常低微，仅占到总核酸比例的1-5%,但在经过凌恩的富集处理之后，目标基因组的比例到达30-70%，可以实现高质量细胞器基因组的富集。

这时候再进行测序，得到的数据就可以有效利用在我们的分析研究中了。

得到测序数据后，我们就可以开展一系列的组装注释，获得目标基因组的基本信息了。在这个过程中，细胞器基因组的注释也是困扰很多老师的一大难点——基于目前的在线注释，很多情况下注释出来的结果准确性差，存在偏差，老师们在进行NCBI数据上传的时候也往往卡顿于此，无法满足研究的需要。这时候，您也需要凌恩。

在凌恩生物的细胞器基因组研究流程中，特别加入了人工基因注释矫正的环节，交付给您的结果都经过高质量的人工矫正，满足NCBI数据上传要求，可以帮助您高水平完成科研。

凌恩生物拥有丰富的植物细胞器基因组研究经验，已完成及在线的叶绿体&线粒体基因组项目逾千例，有超过98%的样本组装达到完成图水平。下面是部分我们开展过研究的植物物种~

此外，凌恩生物特有各色个性化分析服务推出，不少做植物小基因组研究的老师都是我们的回头客呐！