分享

如何运行plink软件--三种方法

 育种数据分析 2022-06-07 发布于河南

有小伙伴问我:

飞哥,plink的命令在哪里输入?

同样的问题还有:

  • 如何安装plink软件
  • plink软件的图标是什么
  • plink软件有没有快捷方式
  • ……

你以为plink软件像word或者Excel一样?

或者你以为plink软件像Python或者R语言一样?

不不不,它只是一个软件,一个只能在命令行添加参数的软件,没有图形界面,没有快捷方式,不能用鼠标点击的软件。

现在我提供三种方法,来运行plink软件。

首先是下载软件:https://www./plink/1.9/

下载到本地,解压即可。

比如windows系统,解压下如下:

第一种方法:直接调用

很多人都是先在windows键找到cmd,然后再进入相关文件夹,其实有个简单的方法:直接在文件夹路径中输入cmd回车:

上面黑黑的框,就是cmd的终端,在里面运行plink软件。

如果输入plink.exe,就会出现帮助文档:

将plink文件变为0-1-2的编码形式:、

>plink --file toy --recodeA --out a1

结果:

如果有自己的文件,可以按照这个方式,将plink.exe放到自己的文件夹中,然后按照这种方式执行命令即可。

2. 放到环境变量中

这是经典的一种方法,还记得配置java环境吗,就是加入到环境变量中。如果了解到Linux系统,它就像bin文件夹一样。它的好处是可以在其它文件夹中直接调用,就像你可以在任何文件夹中新建excel一样。

首先,复制这个路径:

然后,打开我的电脑,右键--属性--高级系统设置

直接在上面的2中双击也是比较简单的:点击新建,然后粘贴进去plink.exe的路径即可。测试:

随便进入一个路径,在目录下键入cmd,进入终端:

键入plink,就会出现帮助文档:

然后输入命令即可。

3. 使用git和bin模仿Linux系统

第三种,也是最简单的一种,安装git软件,然后右键打开git的终端:然后运行下面命令,将plink.exe放到bin文件夹下:

 mkdir ~/bin/; cp plink.exe ~/bin/

键入plink,就可以看到帮助文档,说明已经搞定了。

测试一下:

plink --file toy --recodeA --out a1

结果:

所以,你知道GCTA在windows是如何运行的吧?有三种方法……


分割线


大家好,我是邓飞,一个持续分享的农业数据分析师,这里我将自己公众号的干货内容挑重点罗列一下,方便大家阅读和使用。

1,GWAS学习教程(快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程),这个pdf是我将公众号的内容进行了汇总,更方便从头学习GWAS分析,里面配套了数据、代码和讲解,属于干货推荐的Number 1。

2,农学人如何入门数据分析资料汇总(飞哥汇总 | 入门数据分析资源推荐),里面推荐了免费的教程,包括编程、统计和专业书籍。

3,数量遗传学电子书下载(数量遗传学,分享几本书的电子版

4,R语言电子书线上书籍推荐(学习R语言这几本电子书就够了!

点赞超过50,我录制一个视频!!!走起。

    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多