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在之前的文章中，我们介绍了列线图的含义和构建方法，本文重点介绍下绘制列线图的代码，经典的列线图如下所示 
当我们构建好一个预后模型之后，可以通过列线图来可视化其公式，最常用的绘图方法是通过rms这个R包，以pbc这个生存分析的数据为例，展示下其基本用法 > library(rms)> pbc <- pbc[pbc$status %in% c(0, 1), ]> head(pbc) id time status trt age sex ascites hepato spiders edema bili chol2 2 4500 0 1 56.44627 f 0 1 1 0.0 1.1 3025 5 1504 1 2 38.10541 f 0 1 1 0.0 3.4 2797 7 1832 0 2 55.53457 f 0 1 0 0.0 1.0 32213 13 3577 0 2 45.68925 f 0 0 0 0.0 0.7 28116 16 3672 0 2 40.44353 f 0 0 0 0.0 0.7 20419 19 4232 0 1 49.56057 f 0 1 0 0.5 0.7 235 albumin copper alk.phos ast trig platelet protime stage2 4.14 54 7394.8 113.52 88 221 10.6 35 3.53 143 671.0 113.15 72 136 10.9 37 4.09 52 824.0 60.45 213 204 9.7 313 3.85 40 1181.0 88.35 130 244 10.6 316 3.66 28 685.0 72.85 58 198 10.8 319 3.56 39 1881.0 93.00 123 209 11.0 3> dd <- datadist(pbc)> options(datadist = "dd")# 生存模型> f <- psm(Surv(time,status) ~ age + sex, data = pbc, dist='lognormal')> nom <- nomogram(f)> plot(nom)
效果图如下 
和文献中的列线图相比，rms的默认输出结果中多出了Linear Predictor这个轴，如果想要去掉这个轴，可以通过如下方法 > f <- psm(Surv(time,status) ~ age + sex, data = pbc, dist='lognormal')> nom <- nomogram(f, lp = F)> plot(nom)
效果图如下 
可以看到，LInear Predictor这个轴就不显示了。对于生存模型，我们希望通过该模型预测患者的生存时间和生存概率，基础的列线图显然并没有这样的信息，为此，我们需要自己写函数来添加我们想要的轴，用法如下 > f <- psm(Surv(time,status) ~ age + sex, data = pbc, dist='lognormal')> # 计算中位生存时间> med <- Quantile(f)> # 构建生存概率> surv <- Survival(f)> nom <- nomogram(f,+ fun = list(function(x) med(lp = x, q = 0.5),+ function(x) surv(365, x),+ function(x) surv(365 * 3, x),+ function(x) surv(365 * 5, x)),+ funlabel = c("Median Survival Time",+ "1-year Survival Probability",+ "3-year Survival Probability",+ "5-year Survival Probability"),+ lp = F)> plot(nom)
效果图如下 
由于该数据中的生存时间time是以天为单位就算的，因此在计算年的时候进行了转换。虽然加上了我们想要的信息，但是发现坐标轴的标签重叠了，此时有几种方法可以解决这个问题 1. 增加画布的宽度，将宽度加大之后绘图区域变宽，标签间的距离变大，重叠情况会减少 2. 设置标签的文字大小，在plot函数中通过cex.axis参数设置大小 3. 重新设置坐标轴的间隔，通过fun.at参数，用法如下 > nom <- nomogram(f,+ fun = list(function(x) med(lp = x),+ function(x) surv(365, x),+ function(x) surv(365 * 3, x),+ function(x) surv(365 * 5, x)),+ funlabel = c("Median Survival Time",+ "1-year Survival Probability",+ "3-year Survival Probability",+ "5-year Survival Probability"),+ fun.at = list(c(10000, 20000, 30000, 40000, 60000, 90000),+ c(0.96, 0.97, 0.98, 0.99, 0.995),+ c(0.90, 0.92, 0.94, 0.96, 0.98),+ c(0.6, 0.8, 0.9, 0.95)), + lp = F)> plot(nom)
效果图如下 
综合使用以上3种方案，就可以得到一个文字标签不会重叠的列线图啦。
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