该模块用于探索TCGA中基因表达与肿瘤特征之间关系。
Gene_DE:分析肿瘤组与正常组之间的差异基因表达。模块输入基因信息,TIMER2.0将显示所有癌症类型中肿瘤与正常组织中基因表达分布的箱形图;
Gene_Outcome:分析基因表达与临床结果之间的关联。TIMER2.0会绘制一个热图表,其中包含Cox模型中输入基因表达的标准化系数,点击热图表中的数据条目,即可得到生存曲线图;
Gene_Mutation:分析基因突变状态之间的差异基因表达。当用户选择一个重复突变的基因X并在表达查询中输入基因Y时,TIMER2.0会显示具有X基因突变的肿瘤和无基因突变的肿瘤之间Y基因表达的对数倍变化的热图。用户可以单击表格中的条目以查看突变体与野生型肿瘤中基因表达分布的详细小提琴图;
Gene_Corr:分析基因之间的相关性。给定一个感兴趣的初始基因X和多达20个其他基因,TIMER2.0会生成一个关于基因X和其他输入基因之间Spearman基因表达相关性的热图表,可以点击热图上的一个条目,查看两个基因表达相关性的散点图。