有个问题,不知当问不当问 CNGBdb Question Time Q A Dr.羊 科研达人 听课君 科研小助手 中国移动 01:35 100% 微信(135) 大佬Dr.羊 君君,代谢组和宏基因组的数据可以同时保存在CNSA吗? 嗯嗯,当然可以,CNSA提交入口:实验/测序板块可以提交宏基因测序数据;代谢板块可以提交代谢组数据。 我的代谢组数据是用NMR技术做的,符合存储要求吗? 符合,CNSA可以存储气相色谱-质谱(GC_MS)、液相色谱-质谱(LC-MS)、核磁共振(NMR)技术检测的代谢组数据。 点击阅读原文,提交数据吧! #如何在CNGBdb存储代谢组数据?# 2020年7月31日,国家基因库序列归档系统(CNSA)新增代谢组学数据的归档功能,包括代谢组学研究的设计、方案、试验、样本等元数据和原始数据文件。 # 代谢组数据递交流程:在提交代谢组数据之前,请先创建项目和样本 01 代谢组递交入口 在提交入口页点击“代谢”进入提交流程。 02 提交代谢组数据文件 CNSA接收多种格式的数据文件,例如RAW、ZIP、JDX、CDF、WIFF、JCAMP、TXT等。根据数据文件格式要求和数据上传方式上传数据文件。 03 提交代谢组元数据 代谢元数据包括描述信息和试验信息。 3.1 提交描述信息 描述信息是对研究的设计、因素、方案等信息的描述,可通过模板进行提交。 操作指引:下载描述信息模板(Template_Metabolism_Descriptions_MS_NMR.xlsx)→ 填写 → 上传。注意:描述信息必须提交。 系统将依次校验提交文件中的每个表,如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。 3.2 提交试验信息 试验信息是对研究代谢物和试验仪器参数等信息的描述。目前CNSA可以提交使用质谱和核磁共振技术的试验信息,提交模板有以下三种:
操作指引:描述信息上传之后才可以新建试验。点击“增加试验”创建一个试验 → 选择/下载相应试验模板 → 填写 → 上传。 如果字段校验不通过,请根据弹框提示的校验规则和错误行号进行修改,然后重新上传。注意:需要至少创建并提交一个试验。 04 数据文件MD5值校验 元数据校验通过后,系统将对数据文件进行MD5值校验。可在”数据文件状态”模块查看数据文件状态,如果有未通过校验的文件,请点击“查看”并根据弹框中的提示信息做相应处理。 05 个人中心查看递交结果 当数据文件的状态为“校验完成”时,请点击“提交”,系统会自动分配代谢编号(METMXXXXXXX),并在10秒后跳转到“我的提交-代谢”,可在此页面“元数据状态”列查看代谢数据编号或下载元数据文件。 CNGBdb-Question Time是国家基因库大数据平台公众号全新策划的栏目,用提问的方式告你CNGBdb的正确使用方式,每周三更新。欢迎大家通过推文留言区、公众号后台、听课君微信告诉小编,你对CNGBdb的任何疑问,你的提问留言将在此栏目做解答哟! 本期供稿:CNGBdb 郭学芹 Dr.羊&听课君图片原创:CNGBdb 魏晓锋 编辑:尐尐呅 |
|