【原】低通量全基因组测序技术检测拷贝数变异

Copy-Number Variants Detection by Low-Pass Whole-Genome Sequencing

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|核心内容：

最近涌现的研究表明，与染色体微阵列分析(chromosomal microarray analysis，CMA)相比，全基因组测序(whole-genome sequencing，WGS)是检测拷贝数变异(copy-number variants，CNV)更有效的工具，特别是在探针匮乏的基因组区域。

然而，测试成本超出了常规使用的经济范围，而且漫长的试验周期对于临床实施来说并不理想。此外，对计算分析系统硬件资源的要求也让很多实验室不能与临床相结合来分析。

在此，我们描述了一种可以在临床实验室环境中进行低通量的全基因组测序(0.25×)来检测CNV的方案。每个样本的成本降低到200美元以下，实验周期在可接受的临床可行的时间框架内(7天)。

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DNA 拷贝数变异(CNVs)导致剂量敏感基因的缺失或增加，进而引起各种人类疾病。染色体微阵列分析作为第一层基因分析技术来检测个体发育迟缓或先天性异常，其敏感性取决于目标区域内的探针密度。最近几年研究表明下一代测序(next-generation sequencing, NGS)可作为替代的最先进的技术来检测临床样本中的染色体异常。

基于 NGS 数据检测 CNV 主要有两种方法: 

(1) 计算目标区域和侧翼区域之间序列片段深度的差异。

(2) 识别支持两个非嵌合的 DNA 片段之间的连接的成对序列。

基于低通全基因组测序的 CNV 检测流程

工作流程包括四个步骤:

(1) DNA 制备和文库构建;

(2) PCR 扩增和文库质控;

(3)质控分析；

(4) CNV 检测。

（详细的程序在每个方块中都有描述）

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参考文献：Dong, Z., Xie, W., Chen, H., Xu, J., Wang, H., Li, Y., Wang, J., Chen, F., Choy, K. W., & Jiang, H. (2017). Copy-number variants detection by low-pass whole-genome sequencing. Current Protocols in Human Genetics, 94, 8.17.1–8.17.16. doi: 10.1002/cphg.43