正当朱以海一行在浙东沿海一筹莫展之时，事情却有了转机。原来，隆武政权覆灭，郑芝龙降清，唐王在汀州死难；郑氏集团一时群龙无首，分崩离析，各自寻找出路。郑芝龙的老部将林察在福州即将失守时，率兵保护续封唐王朱聿粤，乘船逃往广州，成为绍武政权的主要军事支柱，苏观生被任命为大学士、内阁首辅，也就有了后来的名不径传却儿戏般灭亡的绍武朝。
郑芝龙的弟弟郑鸿逵、长子郑成功当时实力和地盘都很小，却志不稍减，致力于招兵置船，恢复海上雄风，他们打的旗号是业已被清军俘杀的隆武帝。据说当时郑成功料理完母亲丧事以后，携所著衣巾，焚于南安文庙，仰天欷嘘，叹曰：“昔为孺子，今为孤臣，谨谢儒服，惟先师昭鉴！”再拜而去。随后便与所善陈辉、洪旭等九十余人，计赚南澳，得兵数千人。
郑氏旁系势力，据守金门、厦门一带的永胜伯郑彩、郑联、杨耿、周瑞等把目光转向浙江的鲁王。于这年的九月带领舟师四百艘来到舟山，见朱以海处境困难，决定把他迎往福建。
郑彩，字羽长。福建同安县安仁里高浦人。天启五年（1625）从郑芝龙下海经商，后随郑芝龙受明廷招抚，官总兵，南明时诏守京口。隆武时，他封为永胜伯，奉命出师江西，先以畴饷逡巡不前，后又数败退，又好掠，时议多获罪，唐王削其爵，令戴罪图功。清兵入关，他迎鲁王监军入闽，被封建国公，永历元年（1647）挟鲁王退守厦门，以擅权自重。四年（1650）中秋，郑成功计杀郑彩弟郑联后，他引“舟师百余艘，逃于广东南海之间”，最后仍被郑成功收编。不久即病死于厦门家中。
黄斌卿因兵力不敌郑彩，故而闭门不出。当时对于监国的去向，众臣也曾有廷议，一部份人认为；这是千载难逢的机会，不仅脱离了现在这种尴尬局面，还能东山再起，何乐而不为。也有一部份人则认为；唐王前车之鉴不远，寄人檐下，保不定又会演一出“挟帝皇以令诸侯”的故技。最后还是鲁王自己拍板定调，遂于这年十月二十五日从舟山出发，十一月二十四日到达厦门。
这时，郑芝龙已经由安海赴福州博洛军前投降，派人通知郑彩献出鲁监国向清廷请赏。郑彩不愿降清，他担心鲁监国的安全，就把朱以海藏起来，另找一个相貌类似的人充当替身，叮嘱部将如果郑芝龙命人来抓鲁监国，就把这冒充的人缢死，蒙混过去。
幸好，郑芝龙到福州后很快就被清军胁迫北上，顾不上捉拿鲁监国，朱以海才得以躲过一劫。痛定思痛，鲁王追思自己以前的种种荒唐行径，不免痛心疾首，思今抚昔，表示仍要以抗清为己任。
此时清军主力博洛班师北京，东南兵力单薄。留守清军以征服者自居，推行一系列暴政，福建，浙江的百姓纷纷起兵反抗。鲁王以为时机大好，于是羽檄四出，重整军政，准备着手收复失地，以“代唐恢复”相号召，继续抗清。于是郑彩由厦门改次长垣，弃唐而拥鲁，改明年为监国二年。
虽然东南沿海抗清武装中还有郑鸿逵、郑成功、黄斌卿等人，他们仍旧尊奉业已不存在的隆武朝为名，拒不接受朱以海的领导。但大多数文官武将和浙江、福建绅民都以他作为抗清复明的旗帜。
1647年正月，鲁监国在长垣誓师，提督杨耿、总兵郑联皆以兵来会。鲁王进封郑彩为建国公、张名振为定西侯，封杨耿为同安伯、郑联为定远伯、周瑞为闽安伯、周鹤芝为平虏伯、阮进为荡虏伯、阮骏为英义伯。加东阁大学士熊汝霖太子太傅，总领军机。进封马思理为大学士加东阁首辅，进封郑遵谦、沈宸荃为大学士、右佥都御使，刘沂春为吏部尚书，林正享为户部尚书，吴钟峦为礼部尚书兼通政使，余扬为左都御使，以原佥事林汝翥为兵部右侍郎。张煌言时在舟山，仍为翰林编修加右佥都御使。隆武朝兵部尚书卢若腾、侍郎李向中、朱永佑等也络绎来归，二朝故臣、旧部渐集，朱以海打出旗号是代唐恢复。
马思理，（1579—1647），字达生，号还初。长乐（今福建长乐县）人。天启壬戌（1622）进士。先是在浙江省乌程当知县，秉公执法，断案如神。后提拔为兵科给事中、六科给事中。京官任内，马思理不畏权势，竭忠尽智。崇祯初，奉旨巡视太仓，他不谋私利，清钱粮数十万贯、升，为此得罪了权贵。后来因草厂失火落职下狱。平反后复职，官拜尚宝少卿，晋太仆少卿，又转右通政司。不料因救黄道周再次入狱，被流放到云南，很久才被赦放。弘光朝拟起复旧职，隆武时为通政使，后晋升为礼部侍郎、礼部尚书。鲁王监国，进东阁大学士。垂老以国难蹈海死。
就在鲁王一行到达厦门的同时，发生在汀州的隆武朝大学士傅冠和黄道周死节一事及得一提。
傅冠(1595—1646)，名元范，号寄庵，江西进贤县城人。万历三十四年（1606）乡试第二名中举。天启二年殿试榜眼及第，授翰林院编修。曾充经筵讲官，掌翰林院事。屡有建言：“保元气，辨人才，正纪纲，修诏令”，受到皇帝的褒奖。崇祯十年(1637)，升礼部尚书兼东阁大学士，入阁参政。崇祯十一年，因误批奏章引罪归乡。隆武时以尚书兼大学士身份督师江西。
当隆武政权覆灭时，傅冠督师兵败后适在乡下避难，被他的门人江养源父子告密，引清军来抓。他慨然道：“一死报国，吾事已毕，鼠子啮肉，所得几何？”当即投缳准备自尽，江氏父子为了献俘邀赏，竟然横加阻止，说：“公不生见大兵者，江氏百口立碎矣！”又唆使庄客道：“吾此族何辜，令为血池乎？”在江氏父子指挥下，傅冠求死不得，被捆绑押往清将李成栋处献功。
傅冠为天启二年榜眼，历任礼部尚书、文渊阁大学士，名望很高。江亨龙攀龙附凤，执贽为门人；一旦局势翻转，立即卖师求荣。当傅冠来到李成栋军营后，成栋执礼甚恭，他说：“公大臣也，释、留当取令旨，非成栋所专。顾国法剃发令特严，异令以逆论。倘委曲相从者，成栋保公无他，此后攀鳞、曳尾，惟公之便。”
傅冠坚决拒绝剃发，厉声曰：“汝知千古有文文山乎（即南宋右丞相文天祥，号文山，江西吉安人），我乡先进也。吾乡无叩头宰相，但有断头宰相耳！”。不久，李成栋奉命领兵入粤，傅冠由汀州镇将李发管押。隆武二年（1646）十一月二十一日在汀州遇难。临死留一诗；
愤血已成空，往事徒回首。
国难与家仇，永诀一杯酒。
又题一首:
幻影落红尘，倏忽成今古；
名望重如山，此身弃如土！
因不愿剃发，而宁丢性命。其题壁诗曰：
白发萧萧已数茎，孽冤何必苦相寻？
拼将一副头颅骨，留取千秋不贰心。
吏部尚书黄道周于十二月廿四日被俘后押往南京，洪承畴尊重他的名气，以同乡的身份亲自到关押的地方去看望他，一进门，见桌上写有一副对联，上联是“史笔留芳，虽未成名终可法”，下联是“洪恩浩荡，不能报国反成仇”。一看便知道是讽刺诗，贬他洪承畴而褒扬史可法。他笑了笑，就婉转地劝他要以生命为重，不要意气用事，我洪承畴是非常敬重你的人品。黄道周厉声喝断：“哪来的无耻狂徒，竟敢冒充先帝的勋臣。”洪承畴自计没趣，但还是试着再劝和救他。黄道周在狱中吟咏如故，曾作诗云：
六十年来事已非，翻翻复复少生机。
老臣挤尽一腔血，会看中原万里归。
在关押的一段时间里，其妻蔡氏来信：“忠臣有国无家，勿内顾”。黄道周于是绝食，十二天未死。这天，狱卒给他送来了最后的断头餐，有鱼有肉有酒；他神情木然，望着远处的钟山和孝陵，想起自己一生的种种遭遇，先帝的刚愎，弘光的荒诞，隆武的软弱，大明气数已尽，我辈夫子生不逢时，园孔方枘，合当饮恨。虽然感慨万千，但死不失为一种解脱。既然谋国不成，那就死节成仁。隆武二年（1646）三月初五日，押往刑场时，过东华门，他忽坐地不起，曰：“此与高皇帝陵寝近，可死矣。”临刑前他又扯破衣襟，给家人留下血诗:
纲常万古，节义千秋。
天地知我，家人无忧。
最后行刑时他又大呼：“天下岂有畏死黄道周哉?”头已断而身“兀立不仆”。死后，人们从他的衣服里发现“大明孤臣黄道周”七个大字。
明末知识分子民族气节如此 “愚忠”，不惜以头颅换取一时清名，坚守“不贰”的底线。而另一部分“顺民”却不惜以卖主求荣，更为可笑的是率先拥戴朱聿键在福建称帝而位至太师平国公的郑芝龙，竟然不顾廉耻又向新朝示好。他在给清廷的题本中这样说：“臣闻皇上入主中原，挥戈南下，夙怀归顺之心。惟山川阻隔，又得知大兵已到，臣即先撤各地驻兵，又晓谕各府、州积贮草秣，以迎大军。”换马跳槽，商人的投机嘴脸暴露无遗，不惜以“卖国”换取新宠。
而那些一贯标榜忠孝礼义的仕大夫们在形势复转时也纷纷折节蜕变，改换门庭如同市侩谋利；甲申以来，不管是崇祯朝、南京的弘光朝、还是福建的隆武朝、浙江的鲁监国部下，在形势逆转时，不少官吏纷纷改头换面，少廉寡耻地在新朝谋取一官半职以为荣耀。更为可恶的是，他们不但助纣为虐，还献计献策，为攻灭南明残余势力以为能事。
这时，鲁王一行虽在厦门立脚，但明军控制的区域仅限厦门、金澳等少数地方，福建大部份地区仍控制在清廷手里，反清复明，重建宏业仍是任重道远。
张煌言时仍留舟山，虽然处境极为困难，但他却在为鲁监国分忧排难，为联络黄斌卿而努力。他见郑彩排却异己，决其无成，于是书邀张名振潜回昌国，另谋再举。大学士熊汝霖也认为；舟山连接吴淞，控制长江，地位重要，非名振不可，于是名振返还舟山，回到原驻地象山石浦，另谋再举，以图恢复。
