一说起日本人的起源，大多数人首先会想到徐福东渡的故事。
传说在秦朝时期，徐福带着三千童男童女东渡蓬莱岛为秦始皇求长生不老药，结果因为各种原因，徐福最终没有回去，而是带着船队一路向东到了日本，于是形成了最早的日本人。
那么日本人的祖先，到底是不是中国人呢？
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说起这个问题，我们不得不感谢一项学科门类，那就是分子遗传学。
以前我们判断一项物种的起源，都是从全球别的地方找的别的物种，然后比对这两个物种的相似之处，并判断它们的承接关系。
但生物学领域有一个概念叫趋同进化，指生活在同一环境中的两个不同物种可能会进化得非常相似，于是用以前的方法就会搞出很多错误。
所以通过分子遗传学，我们能直接从基因层面研究一个物种的起源，而通过分子遗传学，现代人列出了一个相当清晰的日本人发展脉络。
目前可以确定的是，在大约3万年前，日本四岛上就有人类活动了，当时生活在日本境内的人被现代人称为绳文人，而绳文人的祖先可能出自亚洲的北部地区。
这一理论的依据来自于一位生活在3960—3550年前北海道的女性。
根据对她的基因测序，科学家发现她的基因中有一种能帮助她迅速分解高脂肪食物的基因，而生活在北极的因纽特人中有70%的人具备这种基因。
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因此这能证明绳文人可能和生活在北极的因纽特人有着同样的祖先，而因纽特人是典型的蒙古人种，根据大量基因测序，也能推断出他们是一群来自亚洲北方（最有可能是现在的蒙古一代）的人。
所以日本人最早的祖先，可能就是一群从亚洲北方东渡到日本的“暴走族”，这一时间段大概是1.8~3万年前。
在地理学上，也能印证这一说法。因为在这个时间段地球上很多地方都处于冰冻期，大量水结成冰使得海平面下降。于是渤海、黄海、东海在当时是大平原，海南省是大陆的一部分，日本和亚洲大陆之间是连通的。
白令海峡在当时也是大陆桥，有很多的黄种人通过白令海峡到达美洲，成为了现在的美洲原住民。
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等到大冰期结束，全球海平面上升，这些绳文人也就成为了孤岛居民。不过绳文人并不是现代日本人的全部祖先。
根据科学家对现代日本人（主要是大和族）和绳文人的基因比对，发现现代日本人只继承了绳文人12%的基因，现代日本人的绝大部分基因来自于渡来系弥生人，而渡来系弥生人的基因就和中国人非常相似了。
根据科学家对渡来系弥生人和亚洲大陆居民的基因比对，发现渡来系弥生人和中国北方居民以及其他一些少数民族的基因高度重合，基本可以确定渡来系弥生人和现在的北方中国人有着同样的祖先。
据科学家推测，渡来系弥生人可能来自胶东、辽东一代。
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这在中国的史书记载上也能印证，像《三国志》就记载：陈胜等起，天下叛秦，燕、齐、赵民避地朝鲜数万口。
所以有很多科学家推测，从中国的东周时期开始到后来差不多汉朝时期，有大量辽东、胶东的居民因为逃难到达朝鲜半岛，随后有些人坐船前往了日本。
然后这些人拿着更厉害的武器和当地的原住民绳文人竞争，逐渐挤占了绳文人的生存空间，然后演化出了现代日本人12%的血统来自于绳文人，大部分血统来自于渡来系弥生人的状况。
根据对绳文人的考古，的确能发现从中国东周时期到秦汉时期，日本本土的绳文人在锐减。
在距今3200—2000年前，当地绳文人的数量差不多从26万减少到了8万人。
所以我们能得出结论，现代日本人来自于两批“中国人”，一批来源于差不多1.8~3万年前，这时候整个中原大地上都还没形成成熟的文明，而过去的“中国人”也像是一群白纸。
再加上当地贫瘠的地理资源以及当时还未形成农耕文明，所以这群人没有发展的基础。
第二批就是来自于东周到秦汉时期的中国和朝鲜地区的人了，这批人带去了农耕文明，带去了青铜器具，对上当初过去的“中国人”就是碾压，于是逐渐成为了当地的主体。
而两拨人逐渐融合，就形成了现代的大和民族。
