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@Jasper，LFQ和iBAQ是两种不同的定量方法，分别适用于样品和样品内分析。 LFQ假设样品之间的条件是相当恒定的，因此大多数蛋白质的浓度是相同的。然后，它根据该假设计算归一化的权重，以便评估例如不同处理之间的上下调。您的是下拉数据，这可能不适用，因为下拉后条件可能不具有可比性（除非所有数据集都来自相同的下拉方法，在这种情况下，它可能会给出估计值）。 iBAQ使用胰蛋白酶肽的理论数量来使同一样品中的每种蛋白质正常化。这意味着，通过对所有iBAQ的总和进行归一化（在去除污染物和反向命中后），您可以估计样品中蛋白质的相对摩尔分布。 但是，由于您只有下拉数据，并且由于条件可能无法视为可比性（因为您无法归一化下拉效率等），因此可能很难进行定量比较，因为您描述的定量比较没有定量标准蛋白的加峰。
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