南瓜有雄花和雌花。雄花首先出现，雌花可能会在雄花开放两周后出现。雄花有五个花药，通常比雌花更多，花药的位置靠近中央圆柱。雌花很容易识别，花基处有一个明显的大圆形子房。雌花内部是三裂的柱头。雌花、雄花通常只开放一天，一天后，雄花和授粉不足的雌花就会掉落。
南瓜属于葫芦科，葫芦科的的同类成员，比如西瓜、葫芦、笋瓜等都可以依靠蜜蜂进行授粉。南瓜藤上首先开雄花，是诱使蜜蜂授粉的一种措施。如果季节初天气过于炎热和潮湿，南瓜会推迟雌花的开放。如果南瓜延迟了雌花开花，晚结果的南瓜通常没有足够的时间在不适天气来临之前成熟。而且，土壤中的氮过多会导致南瓜藤上主要是雄性开花或南瓜藤郁郁葱葱，但没有花或不结果。蜜蜂等昆虫需要转移大量的花粉，才能使雌花中的许多胚珠受精。传粉媒介活跃的时间是早晨，这个时间南瓜花粉释放的也最多。大多数品种的花在早上开放，在傍晚关闭，再次打开和关闭的时间会受到天气条件的影响。南瓜的雌花比雄花产生更多的花蜜。但是，雄花的花蜜含糖量较高。雌雄花的比例受温度、日长、已结实的果实比例和季节的影响。南瓜花粉粒又大又粘，通常通过昆虫而不是风来转移的。蜜蜂拜访南瓜花，会收集花粉和花蜜。当花蜜围绕花的基部时，蜜蜂必须完全爬到花的基部，并经过柱头或花药才能收集花蜜。异花授粉还可以产生更大的单个果实。授粉通常是蜜蜂拜访的结果，果实的种子数量也随着蜜蜂访问次数的增加而增加。为了提高结实率和果实品质，关于南瓜田中蜜蜂放养率的建议约是：每公顷介于1到8个标准授粉蜂群（3脾/群）之间。
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