1948年底，傅作义将军息兵，共产党军政人员开始入驻北平

1948年底，傅作义将军息兵，共产党军政人员开始入驻北平。

梅贻琦和当时许多大知识分子一样，面临着走还是留的选择。周恩来和吴晗都曾表示希望他留下来，但梅贻琦还是选择了“走”，他对同在清华任教的吴泽霖教授说：“我一定走，我的走是为了保护清华的基金。假使我不走，这个基金我就没有办法保护起来。”后来，国民党政府再三邀请梅贻琦入阁，他维持了一贯的中间立场，他对新闻记者说：“不出来对南方朋友过意不去，来了就做官，对北方朋友不能交代。”最终婉言谢绝。

1955年，梅贻琦开始用清华基金会利息筹办“清华原子科学研究所”，也就是台湾新竹清华大学的前身，诺贝尔奖获得者李远哲曾在这里就读。梅贻琦因为一手奠定了台湾的清华基础，被称为“两岸清华校长”。

1962年5月19日，梅贻琦病逝于台大医院。他逝世两个星期后，人们打开他生前随身携带的手提包，里面不是什么金银珠宝，而是清华基金的账目，一笔笔非常清楚。

梅贻琦葬于新竹清华大学校园内，取名为“梅园”；大陆有校友集资栽种的花木，叫“梅林”。梅贻琦纪念奖章被台湾新竹清华大学毕业生视为最高荣誉。

“生斯长斯，吾爱吾庐”，梅贻琦用这八个字概括了他与清华的不解之缘。由生到死，梅贻琦一生只干好这一件事：

奠定了清华的校格，
提升了清华的声望。