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当R语言遇到plink,就在R中运行plink吧

 育种数据分析 2022-07-12 发布于河南

大家好,我是飞哥。

R语言和plink软件都是常用的软件,随着对软件的熟悉,就不用自己写代码了,直接改代码了,既然改代码,就在一个环境下运行就行了,不想来回切换R和Bash。问题来了:如何在R语言中运行plink软件。

Linux系统下,将plink放到bin文件夹下,直接调用就行,用R语言的system直接调用就行。

Windows系统下,需要一些设置,今天介绍一下。

1,下载plink软件

2,下载R语言

3,将plink.exe文件,放到R语言的bin文件夹下

4,将R语言的路径放到环境变量中

然后就可以在R中调用plink软件了,而且代码放到Linux系统下,也可以直接运行,岂一个爽字了得!

1,下载plink软件

网址:https://www./plink/

然后解压,进入文件夹,找到plink.exe文件。

2,下载安装R语言

网址:https://cran./bin/windows/base/

3,将plink文件放到R中的bin文件夹

默认的安装路径是:C:\Program Files\R\R-4.1.2\bin\x64

将plink.exe文件,放到这里:

4,将R路径放到环境变量里面

找到我的电脑,右键,属性:

找到系统信息,高级系统设置:

找到环境变量

找到Path,双击进入,点击新建,将R中的bin路径放进去:

C:\Program Files\R\R-4.1.2\bin\x64

点击确定即可。

5,测试是否成功

打开Rstudio,新建一个R脚本:

# test plinksystem("plink")

运行:

搞定!

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