LncRNA数据库合集

0.http://rtools./LncRRIsearch/ （RNA-RNA碱基配对

1. 数据库名称：TANRIC数据库

网址：http://bioinformatics.mdanderson.org/main/TANRIC:Overview种属信息：人类功能：TANRIC是独立验证候选 lncRNA 的一大神器，是癌症非编码RNA的地图集。除了包括TCGA的数据外，还对 Cancer Cell Line Encyclopedia（CCLE）里各种细胞系的数据进行了深度的分析和整合。一共包括20种癌症，超过8000个样品。TANRIC是一个交互式的数据分析和可视化平台，含有三大类的数据，包括lncRNA注释信息，RNA-Seq数据以及profiling数据。TANRIC有两大功能查询和分析 lncRNA。提供每个样品的表达量信息，包括正常的组织和癌组织；计算 lncRNA 表达量与哪些临床指标相关、预后相关性；计算候选lncRNA 和每个编码基因、microRNA之间的相关系数；还提供不同肿瘤表达水平的 Heatmap 图展示功能。

2. 数据库名称：LNCediting

网址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/LNCediting/种属信息：人、猴、鼠、果蝇功能：RNA编辑是一种广泛的转录后机制，可以对RNA转录本中的特定核苷酸序列进行离散的改变。RNA编辑事件可导致mRNA的误义密码子改变，mRNA中选择性剪接的调节，或在小的非编码RNA（如miRNA）中调控RNA及其结合位点的修改。最近的研究开发了计算方法，可以从不同物种的下一代测序数据中准确检测出200多万份A-to-I RNA编辑。然而，绝大多数这些RNA位点位于基因组的非编码区，具有未知的功能相关性。LNCediting为长链非编码RNA (lncRNAs)的RNA编辑功能预测提供了全面的资源。

3. starbase 数据库

网址：http://starbase.sysu.edu.cn/种属信息：包括多个物种，可选择人类信息功能：多种功能且操作简便易懂。由中山大学团队开发，用来研究由大规模 CLIP-Seq (HITS-CLIP, PAR-CLIP, iCLIP, CLASH) 产生的lncRNA, miRNA, ceRNA, RNA-bingding protein 和mRNA互作网络的数据库，其中的数据包含了14中tumor samples，超过了6000个样本，可以选择多个数据库进行协同预测，可以选择CLIP-Seq数据的等级。starBase可以用来研究protein-lncRNA, miRNA-lncRNA, ceRNA networks等。某些时候可能会显示无法登陆数据库，需要中山大学ID之类的，但是隔一段时间又可以登陆（能否登上需查看近期运势）

4. 数据库名称：LncRBase

网址：http://bicresources.jcbose.ac.in/zhumur/lncrbase/种属信息：人和小鼠主要功能：该数据库目前共有216562个lncRNA转录本条目，包含lncRNA转录本基本特征、基因组位置，与lncRNA相关的重复元件、印迹基因、启动子信息等。可以搜索映射到特定lncRNA的微阵列探针以及相关的疾病信息，也可以搜索组织中的lncRNA表达。

5. 数据库名称：lncipedia数据库

网址：https://lncipedia.org/种属信息：人类。主要功能：能够对目前大部分已知的lncRNA进行相关查询。对于一个只知道名字的lncRNA通过这个数据库能够知道它的序列信息、转录本信息、同源性、具体的位点/编码蛋白的可能性、目前相关的文章、以及它的在不同数据的不同的名字。

6. 数据库名称：LncRNASNP

网址：http://bioinfo.life.hust.edu.cn/lncRNASNP#!/种属信息：人、小鼠功能：长链非编码RNA（lncRNAs）正在成为调控各种细胞过程和疾病的关键因素。LncRNASNP是一个提供人/小鼠lncRNAs单核苷酸多态性（SNPs）综合资源的数据库。它包含lncRNA中的SNP，SNP对lncRNA结构的影响，lncRNA的突变和lncRNA:miRNA结合。

7. 数据库名称：lnCAR

网址：https://lncar.renlab.org/explorer种属信息：人和小鼠功能：中山大学肿瘤防治中心的任间教授和左志向副研究员合作在2019年Cancer Research发表的，这个数据库主要是整理来自GEO数据库中的10大类癌症大概60000个样本的芯片表达数据以及13000个样本的临床资料，可以使得科学家快速查阅感兴趣lncRNA在不同癌症、不同条件的差异表达情况以及生存预后信息。数据网站可视化很好，结果可下载，维护的很好，是一个很值得用的网站。

8. 数据库名称：LncRNome

网址：http://genome.igib.res.in/lncRNome种属信息：人类功能：超过18000转录本目前已作为lncRNA标注，覆盖先前注释非编码转录本，包括大型基因间非编码RNA，反义RNA和加工的假基因。但在提供稳定的注释，交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。由印度CSIR基因组和整合生物学研究所开发的lncRNome，旨在填补这一空白，他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。

9. 数据库名称：Cancer LncRNA Census

网址：https://www.gold-lab.org/clc种属信息：人Cancer LncRNA Census是一项持续的工作，旨在鉴定和分类与癌症有关的lncRNA基因。包含在CLC中的lncRNA必须（1）与癌症有因果关系，并且（2）必须由GENCODE注释。CLC不仅包括来自文献资源的lncRNA，而且还包括来自诱变和CRISPRi筛选的候选癌症lncRNA。CLC提供了高可信度癌症lncRNA的数据集， 诱变图谱是鉴定lncRNA在肿瘤发生中深层保守作用的新颖手段。

10. 数据库名称：lncLocator

网址：http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/lncLocator/种属信息：人、鼠功能：lncLocator用于预测lncRNA亚细胞定位。为了充分利用lncRNA序列信息，开发者同时采用无监督深度模型生成的k-mer特征和高级抽象特征，将这两种特征分别输入支持向量机（SVM）和随机森林（RF），构造了四个分类器。然后采用堆叠集成策略对四个分类器进行组合，得到最终的预测结果。目前的lncLocator可以预测5个lncRNA的亚细胞定位，包括细胞质、细胞核、细胞质、核糖体和外泌体，在构建的基准数据集上的总体准确率为0.61。

11. 数据库名称：LncRMap

网址：http://lncrnamap.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php种属信息：人类功能：首先鉴定了lncRNAs并提供了lncRNAs及其同源蛋白编码基因的表达谱。其次，提供了lncRNAs的miRNA调节因子及其同源基因。第三，检测了lncRNA衍生的内源性siRNAs（esiRNAs），并在人类基因组中构建了lncRNA衍生esiRNAs及其相互作用的基因靶点。最后，介绍了lncRNAs之间的邻近基因。

12. oncolnc 数据库

网址：http://starbase.sysu.edu.cn/种属信息：人功能：原始数据来源于TCGA数据库的23种肿瘤，主要用于检索lncRNA的表达情况，尤其是直接给出目的lncRNA的cox 回归结果，包含cox相关系数，P值，表达中位数、平均值，还可绘制生存曲线，尤其可通过选择表达的百分位数来进行。并且，分析结果的生存数据也可下载excel，来进一步进行自己绘制生存曲线图。

13. 数据库名称：ChIPBase

网址：https://www.chipbase.co.za/种属信息：人类功能：提供长链非编码RNA的表达图谱和转录调控的全面鉴定和注释。整合了高通量的RNA-seq鉴定的lncRNA及其表达图谱和ChIP-Seq实验技术鉴定的转录因子结合位点。这个数据库主要是对于一些lncRNA的表达及lncRNA与转录因子之间的关系的一个注释数据库。主要可以了解与转录因子相关的lncRNA的结合情况。需要注意的是，这个网站只能输入GeneSymbol，其实是lncRNA的转录名，一般是“RP11-XXXX”。

14. 数据库名称：LncBook

网址：http://bigd.big.ac.cn/lncbook/index种属信息：人类功能：该数据库中包含以下8种lncRNA相关信息：LncRNAs、Featured LncRNAs、Function、Diseases、Expression、Methylation、Variation、Interaction。①LncRNAs提供lncRNA的ID，染色体位置，长度，外显子个数，类型等基本信息；②Featured LncRNAs只包含来自lncRNAWiki数据库中的有功能注释和文献支持的lncRNA；③Function给出lncRNA的生物学功能注释和参与的生物学过程；④Diseases给出lncRNA相关的疾病信息，包括实验验证和预测两种；⑤Expression通过分析HPA和GTEx两个公共项目的转录组数据，给出lncRNA在各个组织中的FPKM表达值；⑥Methylation通过分析TCGA和ENCODE数据库的数据，给出lncRNA相关的甲基化信息；⑦Variation将dbSNP数据库中的SNP位点映射到lncRNA上，同时提供来自COSMIC和ClinVar数据库的注释信息，以及1000G中的频率信息；⑧Interaction采用targetScan和miRanda两款软件预测lncRNA与miRNA的相互作用，取交集作为最终的结果，实验证据主要来自starbase数据库。

15. 数据库名称：Lnc2Meth

网址：http://bio-bigdata.hrbmu.edu.cn/Lnc2Meth/index.jsp种属信息：Human功能：主要研究lncRNA上的DNA甲基化位点，提供疾病为主和转录为主的两种检索模式；可区分不同甲基化，高甲基化、低甲基化、甲基化和去甲基化六种模式。对于lncRNA上DNA甲基化模式分为三种：Cis-methylated lncRNA，Trans-Methylation Due to LncRNAs(TMDL)和Trans-Methylation Regulated LncRNA(TMRL)彩蛋功能：对450芯片进行重注释。

16. 数据库名称：LncRNADisease v2.0

网址：http://www.rnanut.net/lncrnadisease/种属信息：人、小鼠、大鼠主要功能：LncRNADisease v2.0基于文献与相关数据库，整合和收集了有实验和/或计算支持的lncRNA-疾病的关联信息，利用各种证据资源来评估特定lncRNA-疾病关联的可靠性，并提供每个lncRNA-疾病关联的置信度得分。数据库记录了超过20万个lncRNA-疾病关联，是研究lncRNA潜在临床应用的宝贵资源。该数据库还提供lncRNA，mRNA和miRNA之间的转录调控关系。

17. 数据库名称：lncACTdb

网址：http://www.bio-bigdata.net/LncACTdb/index.html 种属信息：人在内20多个物种功能：LncACTdb2.0是一个更新和显著扩展的数据库,提供了不同物种和疾病相关 ceRNA的综合信 息,成为研究 ceRNAs的重要网络资源。具体包括:(1)从超过5000篇已发表文献中人工筛选 到2663篇具有实验 ce数据支持的 RNA信息(2)将数据库的范围扩大到23个物种和213种疾 病/表型;(3)纳入更多的RNA类型,如环状RNA和假基因;(4)从TCGA数据中鉴定出33种 症类型的候选 IncRNAceRNA相关的互作关系并对其评分;(5)为ceRNA提供存活率、互作网 络和癌症标志的图解信息。

18. 数据库名称：NONCODE

网址：http://www.noncode.org/index.php种属信息：人类功能：提供了文献报道的疾病相关的长链非编码RNA的注释。可以输入NCBI的lncRNA名称或者ID，由于这个网站对lncRNA的命名方法是他们网站内部命名的系统，也可以通过lncRNA序列利用Blast的系统，找到lncRNA对应的编号。

19. 数据库名称：DIANA tools

网址：http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools种属信息：人类功能：DIANA实验室的重点是在系统分析框架内开发用于解释和归档基因组数据的算法、数据库和工具。目前的重点是对miRNA、lncRNA和蛋白质编码基因的分析及综合模型工作，并整合不同层次的生物学细节数据。DIANA实验室的活动范围包括从深层测序数据分析RNA之间、RNA与蛋白间表达调控，对RNA调控元件和靶点的注释，到对RNA在各种疾病中的作用的解释。

20. 数据库名称：GTRD

网址：http://gtrd.biouml.org种属：人、小鼠、大鼠、斑马鱼、秀丽隐杆线虫、果蝇、和拟南芥。功能：主要用作lncRNA转录因子关联分析，通过ChIP-seq 数据库实验鉴定的转录因子结合位点（TFBSs）和转录共激活蛋白。可利用GTRD[7]数据库提供的基因-转录因子关系对以及lncRNA-mRNA的共表达可以构建lncRNA-TF-mRNA的3元调控网络。

21. 数据库名称：Lnc2Cancer v2.0

网址：http://www.bio-bigdata.net/lnc2cancer种属信息：人和小鼠功能：科学家们越来越重视LncRNA与疾病之间的关联了，Lnc2Cancerv2.0是一个人工整理的专门的关于cirRNA，lcnrna和疾病的数据库，这个数据库包含1.346条记录，包含226种肿瘤亚型，2775条人类的lncrna和743个circrna,这些数据来自超过15000篇发表的文献。这网站也提供了关于一些调控数据的信息，包括mircnra, 转录因子，甲基化信息，增强子等，数据网站可视化很好，结果可下载，维护的很好，是一个很值得用的网站。

22. 数据库名称：catRAPID

网址：http://s.tartaglialab.com/page/catrapid_group种属：主要基于fasta序列，没区分种属功能：用来计算蛋白和RNA结合特性的工具，通过整合二级结构、氢键和 范德华力来预测蛋白和RNA的结合可能性。该网站主要有“fragments”、 strength”、“catRAPID omics”、“catRAPID express”、“catRAPID signature”、“catRAPID interactions with large RNAs”，等分析模块。其中，catRAPID omics用于预测某一RNA（或蛋白）的结合蛋白（或RNA），可预测出大量候选

23. 数据库名称：LnCeVar

网址：http://www.bio-bigdata.net/LnCeVar/index.jsp种属信息：人类功能：这个数据库的来源主要是通过人工整理已经发表的文献或者数据库的高通量测序数据。可以直接检索目的基因，结果包括snp、cnv、manual、somatic-mutation四个部分。此外还支持高级检索，可以看我们研究的lncrna、mrna、mirna、mutaion是否可以形成一个网络，是一个非常高逼格的ceRNA相关的数据库

24. 数据库名称：LncRNA2Target

网址：http://123.59.132.21/lncrna2target/index.jsp种属信息：人、鼠功能：提供从低通量实验或lncRNA敲除或过表达实验后再进行微阵列/ RNA-seq推断的lncRNA-靶标关系的综合资源。用户可以通过该数据库通过搜索lncRNA基因ID或符号来获得lncRNA调控的靶基因，或者通过搜索目标基因ID或符号来获得特定目标基因的调控lncRNA。对于高通量数据，还给出了对应的GEO编号，表达谱数据和差异分析的结果

25. 数据库名称：LongTarget

网址：http://lncrna.smu.edu.cn/show/DNATriplex种属信息：人和小鼠功能：该数据库可以预测lncRNA的DNA binding motifs和结合位点。研究人员利用该数据库分析了多个lncRNA，得到了与实验观察和表观遗传标记一致的结果，并且预测结果具有很好的的敏感性和特异性，表明了在全基因组范围内预测多个lncRNA DNA结合motif和位点的可行性。此外，利用该数据库，研究人员还发现lncRNA不仅可以结合启动子区域和CpG位点，还可以结合许多转座因子。是研究lncRNA调控关系的很好的平台

26. 数据库名称：LNCat

网址：http://biocc.hrbmu.edu.cn/LNCat/种属信息：人功能：一个基于RNA测序数据集的人类细胞lncRNA定位综合资源。功能如下：（1）LNCat提供了搜索功能，可从13种lncRNA注释资源中浏览lncRNA结构，通过按基因名称，ID或基因组坐标搜索lncRNA来实现所有外显子结构的可视化，从而有助于在这些注释中发现常见（或唯一）外显子结构资源。（2）可视化，从多个角度展示了不同资源之间的比较分析结果，包括基因组信息（外显子数量，基因长度，基因组覆盖率，lncRNA的类别，基因组距离，保守和重复元件），表达，组织特异性，染色质签名和功能。（3）下载。LNCat允许用户以可用的任何注释级别（包括基因级别，转录级别和区域级别）下载每种资源的所有lncRNA注释

27. 数据库名称：ExoBCD数据库

网址：http://www.cuilab.cn/lncrnadisease种属信息：人功能：数据库乳腺癌乳腺癌外泌体研究相关的信息。数据库总结了文献数据以及Cancer RNA-Seq Nexus，GEO，ArrayExpress，Expression Atlas， cBioPortal 等多个数据库数据。目前一共有306（49PBs和257BIMs）个乳腺癌外泌体相关分子，包括lncRNA，miR和mRNA。含有乳腺癌外泌体相关基因功能富集结果及靶标，相关miRNA-mRNA互作网络，文献信息，生存预后，基因列表和功能注释信息

28. 数据库名称LncRNome

网站:http://genome.igib.res.in/lncRNome种属信息：人类功能:超过18000转录本目前已作为lncRNA标注，覆盖先前注释非编码转录本，包括大型基因间非编码RNA，反义RNA和加工的假基因。但在提供稳定的注释，交叉引用和生物相关的信息资源方面有显著的差距。由印度CSIR基因组和整合生物学研究所开发的lncRNome，旨在填补这一空白，他们通过把生物显著性的各种各样的信息注释整合到一个全面的知识库。

29. 数据库名称：RNALocate

网址：http://www.rna-society.org/rnalocate/种属信息：人和小鼠功能：RNALocate旨在为RNA亚细胞定位的有效操作、浏览和分析提供一个资源。它提供了一个方便的用户友好界面来查询、浏览和可视化这些RNA亚细胞地位的详细信息。RNALocate将有助于阐明整个rna相关亚细胞定位，并发展新的预测方法。目前版本包括了19万多个与RNA相关的亚细胞定位条目，并有实验和预测证据，涉及65个物种的10.5万多个RNA和44个亚细胞定位，主要包括智人、小鼠等。

30. 数据库名称：AnnoLnc2

网址：http://annolnc.gao-lab.org/index.php种属信息：人、鼠功能：该数据库提供丰富的lncRNA的注释功能，注释内容涵盖了序列和结构、表达和调控、功能和相互作用、以及演化和遗传关联，为研究长非编码RNA的功能及其作用机制提供了高效、全面的分析平台，并为后续的生物学研究提供了重要的线索。例如，演化模块的注释结果可以揭示长非编码RNA是否具有保守的功能；亚细胞定位模块的注释结果可以揭示它们在何处发挥功能；功能富集模块的注释结果可以揭示它们发挥怎样的功能；miRNA调控和蛋白相互作用模块的注释结果可以揭示潜在的功能机制等。