【原】一条代码完成多组火山图：展示微生物或者基因差异

写在前面

这个图形好多人都重复过了，但是对于微生物数据来说也是合适的，我这里正好封装了几个函数，大家可以用几行代码完成这个图形的绘制。我测试过有大几十个分组的也可以流畅出图哦：

多个分组的火山图

代码文件：https://github.com/taowenmicro/Rcoding

实战

导入R包和函数

library(ggClusterNet)
library(tidyverse)
library(phyloseq)
data(ps)

# 准备脚本
source("./EdgerSuper.R")
source("./EdgerSuper2.R")
source("./Mui.cluster-group.volcano.R")

单组差异分析聚类模块展示

group1 = c("OE","WT")
b= data.frame(group1)
diffpath.1 = "./"

res = EdgerSuper(ps = ps,group  = "Group",artGroup =b,
                   j = "OTU",
                   path = diffpath.1
)

head(res)

result = Mui.cluster.volcano(res = res)
p = result[[1]]
p

p = result[[2]]
p

ggsave("cs.pdf",p,width = 8,height = 6)

多组差异分析展示

diffpath.1 = "./result_cs"
dir.create(diffpath.1)
res = EdgerSuper2 (ps = ps,group  = "Group",artGroup =NULL,
                   j = "OTU",
                   path = diffpath.1
)

head(res)
result = Mui.Group.volcano (res = res)
p = result[[1]]
p

ggsave("cs4.pdf",p5,width = 12,height = 6,limitsize = FALSE)

根际互作生物学研究室 简介