|
病原学的精准诊断对于感染性疾病的诊断和治疗具有重要意义。传统的病原学诊断高度依赖于临床医师的经验，通常根据患者的临床表现做出病原体的鉴别诊断，针对可疑的病原体进行检测，逐一排查；因传统检测方法的局限性往往无法兼顾罕见致病病原体和混合感染等情况，而宏基因组第二代测序(metagenomics next generation sequencing，简称mNGS)技术可以快速、无偏倚地同时检测多种病原体。 mNGS正愈加普遍地应用于临床感染性疾病病原检测，成为助力疑难、危重感染诊断的好帮手，但是很多临床医生对报告单的结果解释有所疑惑，因此本文针对目前本中心提供的病原微生物宏基因检测项目报告单的结果部分做出一些说明。 病原微生物宏基因检测结果包括如下几个部分： 1.细菌列表； 2.真菌列表； 3.病毒列表； 4.寄生虫列表； 5.1 结核分枝杆菌复合群列表； 5.2 非结核分枝杆菌（NTM）列表； 5.3 支原体/衣原体列表； 6.耐药基因列表； 7.疑似背景列表。 列表中会报告检测到微生物所属的属的中文名、拉丁文名、序列数和相对丰度以及种的中文名、拉丁文名、序列数、相对丰度和基因组覆盖度，针对细菌和病毒还会提供其所属类型，如革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌、DNA病毒、RNA病毒等。其中，序列数是指能够特异性比对到该病原体的碱基序列数目，宏基因技术是把微生物的核酸打断成核酸片段后进行测序，换句话说，序列数就是检测到多少个核酸片段属于该微生物，因此序列数往往与该病原体的载量正相关。相对丰度是指该病原体在检测到的同类微生物中的序列占比，由于细菌、真菌、病毒和寄生虫的微生态特征、临床意义不同，它们是独立计算相对丰度的，例如，某个细菌的相对丰度是该细菌在该样本所有检出细菌中所占的百分比。因此相对丰度越高，表示该病原体在标本中的占比越高，但不同大类间的微生物相对丰度无法互相比较。基因组覆盖度是指该微生物核酸序列覆盖到该微生物整个基因序列的比值，基因组覆盖度与序列数有关，序列数越多，核酸越高，表示该病原体在标本中真实存在的可性能越高。 举例说明，下图中金黄色葡萄球菌，能够比对到葡萄球菌属的核酸序列有95条，这95条序列在该样本所有细菌序列中的占比为0.656%，其中有78条能够特异性比对到金黄色葡萄球菌，因为该样本葡萄球菌属中只检测到了金黄色葡萄球菌，所有它的相对丰度等于葡萄球菌属的相对丰度（另外17条序列比对到葡萄球菌属的共有序列，无法特异性比对到某种葡萄球菌）。这些能够比对到金黄色葡萄球菌的序列总共有6636个碱基，覆盖到了该物种总基因组长度（2821361个碱基）的0.2352%。
除疑似背景列表外，其他列表视为报告的正文。正文列表中的病原微生物符合宏基因技术判读指标，包括序列的数量、特异性和相似度等指标合格。疑似背景列表中的微生物是从技术指标上无法明确判定是否为导致患者病情的主要致病微生物，它们在样本中真实存在，但可能是定植于病人特定身体部位的微生物（如经皮穿刺采取的样本会引入皮肤上的定植微生物，经支气管镜采取的标本会引入口腔和上呼吸道的定植微生物），或是偶然从外界环境中引入的污染，也可能是造成真正感染的病原微生物，但可靠性较低，介于阳性和阴性判定的灰区，需结合临床情况综合考量。 mNGS结果应结合患者临床表现及其它实验室检查结果进行解读。在缺少患者临床信息时，检测结果往往仅能基于mNGS技术指标进行判定，呈现在正文部分中的微生物并不一定就是致病菌，需要结合患者取样部位微生态及是否有污染的可能性；背景中的微生物也并不一定就能被排除，需要结合患者免疫状态排查条件致病菌及是否用药导致致病菌序列数降低；临床高度怀疑但没检测出的微生物也需要考虑是否存在低于检测下限的可能性以及所取样本类型是否为感染灶部位的样本。宏基因目前作为研究报告而非诊断报告，仍需要其它检查结果加以验证，以保证诊断的准确性。 参考文献： [1] 《中华传染病杂志》编辑委员会. 中国宏基因组学第二代测序技术检测感染病原体的临床应用专家共识[J].中华传染病杂志，2020,38(11):681-689. [2] 中华医学会检验医学分会临床微生物学组,中华医学会微生物学与免疫学分会临床微生物学组,中国医疗保健国际交流促进会临床微生物与感染分会. 宏基因组高通量测序技术应用于感染性疾病病原检测中国专家共识[J].中华检验医学杂志,2021,44(2):107-120. 文章来源：张猛飞 |
|
|
