一、航空管制：“天高任鸟飞”只是理想
全国约有上百个空中管制区
中国大陆及临海上空划分为11个飞行情报区，总面积约1081万平方公里。除台北和香港两个飞行情报区外，目前全国划设19个高空管制区，28个中低空管制区，25个进近管制区，1个终端管制区；军方划设了2个空中禁区、66个空中危险区、199个空中限制区，以及若干个军事训练空域。
总航线中仅有38%为国内航班的固定航线
目前中国的航路航线总距离约16.4万公里，其中国际航路航线约占46.2%，临时航线约占16.2%。近五年来，全国航路航线总距离年均增长约2.6%，远远低于我国航空运输总周转量年均两位数的增长。全国临时航线总数达到77条，总距离达2.67万公里。2010年约21.5万架次航班使用临时航线。
中国大约80%的空域不能为民用航空使用
目前，中国空域管理与使用处于一种“分离状况”：空域管理权疏于空军，民航总局只能在空军允许范围内使用空域，要随时接受空军的管理。中国大约80%的领空处于军方的直接管制之下，而民航能够利用的空域只有不到20%比例，这20%还得再军方的严厉管控下方可使用。相比之下，美国逾90%的领空留作民用。中国空军在主要城市上空强制设置了禁飞区。在军事意义不大的偏远地区，政府划定了禁飞区，因为雷达系统和其它基础设施不足，无法保障安全。
当某片空域要进行军事活动，或者有空军的飞机活动时，就会下达通知周边所有机场此处空域演习，所有民用航班要进行管控。空中演习由于属于国家机密，管控区域等都属于军事机密，无法透露给普通乘客，这也是航空公司往往对航班延误无法作出明确解释的原因之一。
二、航线航路：空中塞车并非奇谈
飞机只能在宽20公里，高0-14000米的航路上飞
“很多旅客觉得天空那么大，怎么会像地面道路一样发生堵塞，完全可以随便飞嘛。”实际上不是这样的。飞机也要按既定的航路飞行，当航路无法容纳不断增长的航班时，一样会发生拥挤。例如京广航路，就是一条宽20公里、高度从0至14000米的空中通道。飞机只能在这一航路上飞行，不能有任何偏离。京广间的所有航班，以及从郑州、武汉、长沙等地至北京、广州方向的航班，都要在这一航路上飞行。在这种情况下，随着民航运量的不断增加，特别是京广以及京广以东的航路，航路拥堵带来的流量控制成为必然。
进出港线路少且固定，极易造成拥堵
每座机场都有固定的进出港航路，所有飞机都必须按照固定航路飞行，不能乱飞。以广州新白云机场为例，该机场一共只有三个出口，北出口在韶关，东边的出口在龙门，西出口在南宁。每个进出口到机场上空的距离约两三百公里，这段路程被称为空中走廊。白云机场每天进出港的近千架飞机，在进入机场的管制区后，都只能通过这三个出口起降。
一航路多航线公用，“车多路少”只能排队飞
目前，中国大部分航路已实现了雷达管制。在此之前采用程序控制，同一高度上每架飞机之间要相隔150公里。雷达管制后这一距离很快缩短至75公里。现在东部地区一些航路上，飞机间隔已缩至20公里。据介绍，现在北京、上海、广州三个最繁忙区域正在争取到年底把距离从20公里缩至10公里，这样也会减少流量控制发生的几率。与水平距离相对应，飞机飞行也需要相应的垂直距离相隔，也就是垂直面上的平行飞。此前，民航科技理论上在垂直距离每间隔600米可以有一架飞机飞行。2007年11月后，华东地区航路的垂直间隔飞行高度层由600米调整到了300米，使得在8400米到12500米的垂直空域中飞行高度层由过去的7个增加到13个。这也意味着此航路变成了水平方向一“车道”，垂直方向13“车道”的大“马路”。虽然实现了航路的扩宽，但相比增速更快的客流量，塞飞机的现象还是没有好转。
三、天气原因：不只是托词
眼前天气晴朗，但飞机不一定能起飞
目前，天气原因是造成航班延误的主要原因。但从乘客的角度来说，天气恶劣就是出发地和目的地的天气是好是坏，但这只是天气原因中的一个。一般民航服务人员往往和旅客一样不了解具体是什么恶劣天气影响航班的。“天气原因”简单的四个字事迹包含了很多种情况：除了出发地机场天气状况不宜起飞；目的地机场天气状况不宜降落以外，还有其他更多更重要的原因。由于航线航路上空的天气问题难以解释，飞机又不能绕道走，所以航空公司通常用“天气原因”四个字来解释，就极易造成乘客误解。
最重要的因素：全程航路上气象状况不宜飞越
事实上，一旦在狭窄的航路上出现雷雨区等状况，某些条件下可采取绕过雷雨区的方式通过，但出于飞行安全和军方空管需要，民航航路是严格受限的，可绕飞、回旋的余地很小，异常气象区较大时，此方法就行不通了。特别在长途飞行中，航线长并且窄，在漫长的航线上只要有任意一个区域天气状况不适合飞行，就有可能造成航班延误。
不同机型和不同机组对天气的要求不一样
航班延误过程中，往往同样是飞往某地的航班，有些能走，有些却被告知因天气原因走不了？出现这种情况的可能性很多，首先要明确的是飞机起降的标准与飞机机型有关，同样的机型在各航空公司定的具体安全标准也可能有差异，机长对当前气象及趋势作出决策也会有所不同。取决于机长对飞机状态、机场、气象等判断后的决定。民航法规定，“机长发现民用航空器、机场、气象条件不符合规定，不能保证飞行安全的，有权拒绝飞行”。
四、旅客原因：飞机其实很脆弱
乘客晚到舱门不能正点关上，无法申请排队起飞
乘客也是飞行安全和效率的组成部分之一，乘客的配合程度与飞机正点与否密切相关。在乘客登机这一环节，开放登机口后，航空公司总会劝说旅客尽快登机。当所有旅客上机，舱门关闭那一刻非常重要，关舱门时飞行员就申请航班（所以通常说的航班时刻其实是关舱门的时刻，关上舱门后最终的起飞时间就交给塔台了）。白云机场的航班密度非常大，航班时刻很紧张，旺季两三分钟就起飞一架，飞行员延误一分钟申请航班，就要给后面所有正点申请的航班让路。有时候甚至要让过后面十几班航班才能起飞。所以一旦乘客由于种种原因导致飞机没有在正点关上舱门并报备申请飞行，需要重新排队，甚至还会影响到其他正点飞机的飞行。
三个以上的乘客位置重量变化飞机将重新报备
每架飞机起飞前，都会在所有乘客落座后，打印出舱单，根据旅客的位置和重量，通过电脑计算，制作飞机平衡图。737这样的大飞机，因为载重平衡点比较宽，可以容忍1到3个乘客的变动。也就是说，3个以内的乘客发生变动，飞行员还可以用手工方式修改平衡图。如果是不到100座的小飞机，一个乘客的位置变化都可能导致飞机的平衡中心发生变化，都需要飞行员重新制作舱单和平衡图，重新回电脑进行验证。一旦有乘客不遵守安全规则导致飞机不能正点报备，延误就成为必然。
五、飞机调配原因：晚点一架，牵出一串
400架飞机跑上千条航线，前一航班晚点会引起连环晚点
南航现有的403架飞机，平均每架飞机的飞行时间要达到10小时/天，相当于每架飞机每天要承担3-4趟航班，再加上飞机在地面上下客、清洁、装卸货、例行检查等过站时间，一般每天运行16小时左右。从经营角度考虑，这种尽量增加飞机运营时间的策略并没有错。但一旦出现大面积航班延误，就容易出现飞机周转困难——航空公司并没有不可能有充足的备份飞机来代替未按时到岗的飞机。每架飞机的航班计划都预先排好，周旋余地不是太大。前一航班出现任何疏漏都可能引发后续航班的连锁反应，往往越到后面延误时间越长。
准备大量备用飞机成本高昂
按照运营常规，每家航空公司都要留出一定量的飞机作为备份，一旦发生飞机延误，不能按时到岗时，备份飞机可以执行航班任务。但专门准备大量备用飞机是不可能的，这将会大大增加公司运营成本。航空公司的大部分飞机都是租赁的，如果停在机场不动，每小时的停机费约7万元，这是一笔极其高昂额费用。
