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哈佛中国博后围绕进化上高度保守的内质网,通过重塑非折叠蛋白反应信号,促进肥胖症和2型糖尿病的葡萄糖稳...

 江海博览 2022-08-17 发布于浙江

“此次研究是以肥胖及糖尿病为疾病模型,有望给治疗这类疾病带来帮助。从衔接程度上来讲,我比较看好核因子红细胞 2 相关因子(2NRF2,Nuclear factor erythroid 2-related factor 2)的激动剂、以及 NRF2 基因的有效提送,其有望给糖尿病患者的糖稳态带来可预见的改善。

间接来说,这次成果是否能拓展到慢性内质网应激的疾病,仍需进一步挖掘。另外,FKBP11(FK506 结合蛋白 11,一种 201 氨基酸的单次通过膜蛋白)作为滞留在内质网上的关键酶,我们也在尝试它本身的诱导剂、以及新的递送方式。

同时,关于内质网平台式的建设,我们也期待迎来更多惊喜。”哈佛医学院博士后关东铣表示。

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图 | 关东铣(来源:关东铣

前不久,他和合作者围绕内质网的应激,开展了一项工作。作为进化上高度保守的一个细胞器,内质网在整个细胞的生命过程中、以及以细胞为构架的多细胞高等生物中,都是非常关键的存在。

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(来源:Cell Metabolism

首先,它是一大类蛋白质翻译和折叠的核心场所,这些蛋白质的流动、归宿、分发和定位等,都在内质网上贴好了“标签”。其次,它是生物大分子脂类成分的生发中心,这关系到整个生物膜系统的储备和流动。

另外,内质网还是一系列活性物质与离子的重要存储基地,比如非常有名的钙离子等。人们常讲生命在于运动,这个动往往有一个附加的元素,即信息的流动和交换。

这时,内质网好比一个平台,几乎所有信息都从这而过,尤其是事关细胞与外界发生联系的各种“对话”。然而,一旦平台消极罢工或是超负荷运转状态,就会产生信息紊乱,各种疾病可能也会接踵而来。

好在人体包含一套有效的监督系统,姑且称之为内质网应激系统,即未折叠蛋白反应(UPR,Unfolded Protein Response)信号感应通路。其包括 IRE1/xbp1 通路、PERK/elf2/ATF4 通路和 ATF6 剪切转位通路。

其中:

  • lIRE1(Endoplasmic reticulum(ER)to nucleus signalling 1)是一种内质网跨膜传感器,可通过激活未折叠蛋白反应,从而维持内质网和细胞的功能;
  • lxbp1 则指的是 X- 框结合蛋白 1(X-Box Binding Protein 1);
  • lPERK 指的是蛋白激酶 R 样内质网激酶(Protein kinase R(PKR)-like endoplasmic reticulum kinase);
  • lelf2 则指 E74 样因子 2(E74-like factor 2 (ets domain transcription factor);
  • lATF4 指的是转录激活因子 4 重组蛋白(Recombinant Activating Transcription Factor 4);
  • lATF6 则指的是转录激活因子 6 重组蛋白(Recombinant Activating Transcription Factor 6)。

据介绍,xbp1 支路的一个重要功能是入核启动一系列的分子伴侣及相应的蛋白,进而扩大内质网的容量和工作效率。

同时,PERK 分支会尽量压缩蛋白质的翻译,以期达到缓解内质网工作负荷的效果。实在无法缓解时,则会启动细胞凋亡通路。

起初,关东铣所在的实验室发现,内质网应激与肥胖及 2 型糖尿病直接相关。通过进一步的机制探索,该团队发现原来 xbp1 虽然被内质网应激所激活,但是却不能够有效入核,从而被阻隔在外围、而不能完成组织交给的任务。这样一来,长期处于失控状态的 UPR 信号,就会无法阻止背后的疾病进程。

基于此,课题组最初提出的一个科研问题是:既然 xbp1 不能顺利完成工作,那么如果搞定其下游的某些关键接力者和对应的工作机制,似乎可以绕过 xbp1,直接来个弯道超车。

于是,他们开始挖掘 xbp1 下游的靶基因。同时,其也在肥胖及 2 型糖尿病小鼠模型中发现,排在很靠前的靶基因 list 中 FKBP11 的表达严重缺失,进而将 FKBP11 进行锁定。

由于 KFBP11 在肥胖与糖尿病模型中处于缺失状态,所以该团队试着重新回补 FKBP11 到正常剂量。结果发现,疾病模型小鼠中紊乱的糖代谢被显著地改善,而其他比如体重、摄食等常规代谢指标保持不变。这个特异的表型,让研究人员感到非常意外。

在进一步探索机制时,最初该团队对 FKBP11 的估计并未跳出常规思路,认为它可能还是在缓解内质网应激的某个环节,扮演着独特的角色。

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“直奔”内质网应激

于是,研究人员“直奔”内质网应激。结果却发现,回补 FKBP11 在改善糖代谢的时候,IRE1 的活性依然是满负荷地工作,PERK 的磷酸化程度甚至出现升高。这些直接说明内质网应激并没有得到一定程度的缓解。同时,这也是第二个让课题组感到意外的实验现象。

为进一步弄清其中缘由,该团队借助全基因转录组学和匹配,启动了子区域活性转录因子的大数据分析。随后发现,NRF2 被 FKBP11 的回补效应高度富集,这进一步证实 NRF2 的蛋白水平和活性的确有被 FKBP11 升高。

而后续对 NRF2 的操控,果真影响了 FKBP11 回补所带来的糖稳态改善。可以说,NRF2 对 FKBP11 的转接,是第三个让课题组感到意外的地方。

据悉,NRF2 曾被认为是 PERK 激酶的靶分子,结合前面观察到 PERK 的磷酸化升高,该团队“水到渠成”地认为,FKBP11 可能直接参与了对 PERK 的调控,进而转接到 NRF2。

尤其是 FKBP11 还能直接和 PERK 相互作用,这进一步强化了上述假设。在工作原理的解释上,由于 FKBP11 是一个顺反异构酶。因此,课题组认为 FKBP11 可能对 PERK 的顺反异构有所调节。

但在回补 FKBP11 时,却几乎没有看到 PERK 本身在顺反异构上有所反应。但是,这一次意外却让有待完善的假设得到判定。整体来说,此次研究是一个不断修正假设、和拓展认知的过程。

近日,相关论文以《FKBP11 重新连接 UPR 信号以促进 2 型糖尿病和肥胖症的葡萄糖稳态》(FKBP11 rewires UPR signaling to promote glucose homeostasis in type 2 diabetes and obesity)为题发表在 Cell Metabolism 上 [1]。

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图 | 相关论文(来源:Cell Metabolism

关东铣、荷兰阿姆斯特丹大学医学中心助理教授希尔德 ·埃雷玛(Hilde Herrema)担任共同第一作者,希尔德 ·埃雷玛和哈佛医学院教授乌穆特· 奥兹坎(Umut Ozcan)担任共同通讯作者。

审稿人一致认为,该研究发现了由 XBP1 转录调节的 FKBP11 在肥胖小鼠肝脏中的严重降低,而恢复 FKBP11 的表达则启动了非经典的 UPR 信号,诱使 PERK 从 elf2/ATF4 转向到 NRF2 上来。

这能在不改变内质网应激、摄食及体重的情况下,建立葡萄糖稳态的新平衡。这些发现非常新颖,也让人感到意外,并有望为治疗内质网应激为特征的疾病开辟新思路。

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纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行

如前所述,该团队最初的主要目标是奔着缓解内质网应激去的,所以结合肥胖糖尿病小鼠模型,其试图挖掘一些 xbp1 的靶基因。

在靶基因的选择上,他们面临着机遇和风险高度并存的局面。靠前的靶基因有很多,但要么是新颖性较低,要么在疾病模型中没有差异。综合两方面的因素,他们最终选定了 FKBP11。

接下来,课题组首先关心的就是 FKBP11 在疾病发生或者发展中的功能,这也是此次项目的核心意义所在。

期间,研究人员也曾纠结过。比如,他们在疾病模型中发现的功能,在正常小鼠中几乎没有。所以,内质网应激的长期存在是个大前提。

同时,该问题的存在有利也有弊。如果从研究出发点来看,在正常小鼠上的表型缺失,会影响到研究对象的科学重要性。但是,对疾病模型反应的特异性,又会给未来的疾病治疗带来一定优势。很明显,此次的发现显然属于后者。

而在回补 FKBP11 的实验上,剂量是个关键因素。高中低的剂量研究人员都做过,但是结果差很多。而当回补到正常剂量的时候,表型最为明显。这让关东铣不得不又一次感叹大自然进化力量的鬼斧神工,多一分少一毫都不是恰到好处。

还有一个值得说道的便是对照实验,做实验时对照组设计得不好,结果将会非常糟糕。此次研究涉及到的 FKBP11,是一个滞留内质网的蛋白,在找对照的时候课题组也犯过嘀咕。

如果随便找个常用的、比如绿色荧光蛋白作对照,那它肯定不在内质网滞留。而他们研究的对象正是内质网应激。

而要是在细胞质中通过表达绿色荧光蛋白来对照,就会严重影响到对内质网应激程度的评判。因此,对于研究内质网应激来说,合理的定位、合适的剂量万分重要。而这些往往是通过阅读文献所难以学到的。这也充分说明,实践才能检验出真理。

后续,就和本次研究直接衔接的机制,该团队希望能有进一步的突破。比如,XBP1 为什么不能顺利入核?一旦搞清楚将有望从源头上解决问题。

其次,FKBP11 的酶活到底重不重要?回补 FKBP11 的获益,到底跟酶活有多大关系?FKBP11 是怎样让 PERK 不走寻常路,即从经典的 elf2/ATF4 转变到 NRF2 上来的? 这些都是课题组后续要挖掘的问题。

关东铣说:“事实上,我们已经让一个全新的科学问题得以暴露出来。蛋白质顺反异构的形式可能和多种疾病相关。比如在应激关键蛋白 PERK 在肥胖糖尿病模型中,内质网大量采用顺式结构,而在正常条件下则以反式结构居多。

此外在神经疾病中,Tau 蛋白(microtubule-associated protein tau)的顺式结构也被认为是致病的关键原因;朊病毒的结构也更是类似。”

基于此,蛋白质顺反异构的感应系统的工作机制,将是课题组的又一研究对象。“同时,这也将是非常有吸引力的研究领域。”关东铣最后说道。

参考资料:

1.Herrema, H., Guan, D., Choi, J. W., Feng, X., Hernandez, M. A. S., Faruk, F., ... & Ozcan, U. (2022). FKBP11 rewires UPR signaling to promote glucose homeostasis in type 2 diabetes and obesity. Cell Metabolism, 34(7), 1004-1022.

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