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R语言:作出与《新英格兰医学杂志》论文中类似的生存曲线?难吗?

 木匾 2022-08-17 发布于山东

哈喽,我是牧边学长,今日就教你们怎么使用R语言。学长作为纯粹的统计学专业着,学会R语言是必修课,今天学长叫你学习小技巧,一键掌握R。

作出与《新英格兰医学杂志》论文中类似的生存曲线?难吗?

上一期学长给你们介绍了《R语言:{TSstudio}:宝藏R包!轻松将时间序列数据可视化!》,这一期学长给你们介绍如何与顶级医学期刊《NEMJ》上论文中类似的生存曲线,在R中怎么画呢?

其实内容很简单,用到R语言里面的R包即可,具体操作如下喔。

第一步:安装与载入用到的R包。

本次时间强调是作图能力,加上没有原论文的数据,因此本次使用了{survival}中的数据"lung"。为了简化数据,我们只提取其中第2、3、5个变量出来:

另外我们需要自制数据中也有一个分类变量group,包含两个组别:"Omicron variant", "Delta variant"。增加新分类变量的具体代码如下:

之后使用mydata中的变量time、status和group三个变量进行模拟我们的模型。以及还有我们使用ggsurvplot()函数将模型作图(Kaplan-Meier曲线)!具体操作如下,与作图结果。

结果图出来之后,为了要我们的图与论文中更加贴近,我们接下来需要在作图代码中添加区间。

运行结果如上,已有大概模型

进一步的修饰的话,可以需使用{ggplot2}中对图片进行深度修饰先作一个时间序列图。代码如下:

效果会更加明显:如下所示。

其他内容同学们可以自行继续研究喔。所以如果感兴趣的同学可以自行动手操作一下,这样的印象会更加清晰。

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