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旧版本的R3.6安装最新版的ggplot2

 育种数据分析 2022-08-24 发布于河南

本来我这个段位,就不应该为安装包发愁了,毕竟统计学不会可以理解,编程学不好忍忍就过去了,但是说安装包出错,是可忍孰不可忍?

统计编程我惹不起就算了,你一个安装包我还搞不定了???

事实证明,包还是非常难安装的,一边安装,一边想着,一些收费的软件是有原因的……

目录:

  • 1. ggplot2包安装报错

  • 2,安装rlange1.0.0

  • 3. 安装Rtools3.6

  • 4. 重新安装ggplot2

  • 5. 安装ellipsis包

  • 6. 安装pillar包

  • 7. 重新安装ggplot2

  • 8. 测试成功安装ggplot2

现在最新的R版本是4.2.1,因为有些包只能运行在3.6版本中,因此我需要安装3.6,这里安装常用的ggplot2时报错了,总结一下问题解决的方法。

1. ggplot2包安装报错

本来,我安装R3.6,然后直接运行install.packages("ggplot2"),报错如下:

** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  namespace 'rlang' 0.4.11 is already loaded, but >
1.0.2 is required
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> loadNamespace -> namespaceImport -> loadNamespace
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'pillar'
* removing 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/pillar'
Warning in install.packages :
  installation of package 'pillar’ had non-zero exit status
* installing *source* package 'scales' ...
** 成功将'scales'程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** R
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  namespace 'rlang' 0.4.11 is being loaded, but >
1.0.0 is required
Calls: <Anonymous> ... withCallingHandlers -> loadNamespace -> namespaceImport -> loadNamespace
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'scales'
* removing 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/scales'
Warning in install.packages :
  installation of package 'scales’ had non-zero exit status
ERROR: dependency 'scales' is not available for package 'ggplot2'
* removing 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/ggplot2'
Warning in install.packages :
  installation of package 'ggplot2’ had non-zero exit status

The downloaded source packages are in
 'C:\Users\dave\AppData\Local\Temp\Rtmpg3apRU\downloaded_packages’

看起来,主要是因为rlange这个包版本太低,应该是大于1.0.0,现在是0.4.11。问题来了,我有两个选择:

第一个:下载旧版本的ggplot2,它支持rlang0.4.11版本,但是很多更新的函数我无法使用了。测试了一下,可以实现。但我要用第二个。

第二个:下载rlang1.0,然后安装最新版的ggplot2,这条路很曲折,但是解决好之后就可以用最新的版本了,也算物有所值了。

用第二个,搞起!

2,安装rlange1.0.0

如果现在网上搜索R包的地址,包括其不同的版本,可以键入: 

https://cran./src/contrib/Archive/

如果知道包的名称,比如ggplot2,键入:

https://cran./src/contrib/Archive/ggplot2

可以看到,旧版本的ggplot2,下载到本地,然后安装就可以了。这里我们不用这种方法,我们要安装最新版的。

在这里插入图片描述

找到rlang包的链接:https://cran./src/contrib/Archive/rlang/rlang_1.0.1.tar.gz

然后复制包的链接,运行下面命令:

install.packages("https://cran./src/contrib/Archive/rlang/rlang_1.0.1.tar.gz", repo=NULL, type="source")

相当于将包下载到本地安装,这里报错了,显示我没有make命令。

所以,我要安装编译的工具Rtools。

* installing *source* package 'rlang' ...
** 成功将'rlang'程序包解包并MD5和检查
** using staged installation
** libs
Warning in system(cmd) : 'make' not found
ERROR: compilation failed for package 'rlang'
* removing 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/rlang'
* restoring previous 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/rlang'
Warning in install.packages :
  installation of package 'C:/Users/dave/AppData/Local/Temp/Rtmpg3apRU/downloaded_packages/rlang_1.0.1.tar.gz’ had non-zero exit status

3. 安装Rtools3.6

安装Rtools3.6,然后加入到环境变量中,重启R语言,然后键入:

install.packages("https://cran./src/contrib/Archive/rlang/rlang_1.0.1.tar.gz", repo=NULL, type="source")

成功,可以看到rlang1.0安装好了,重新本地编译安装是可以解决问题的。

    vector-construction                     html  
    vector-old-ctors                        html  
    with_env                                html  
    with_handlers                           html  
    wref_key                                html  
    zap                                     html  
    zap_srcref                              html  
*** copying figures
** building package indices
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
DONE (rlang)

测试:

> library(rlang)
> sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936 
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936
[4] LC_NUMERIC=C                              
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] rlang_1.0.1

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.3 cli_2.5.0      tools_3.6.3  

可以看到,上面的R版本是3.6.3,rlang的版本是1.0.1,搞定。

4. 重新安装ggplot2

install.packages("ggplot2")

安装ggplot2,还是报错:

** data
*** moving datasets to lazyload DB
** inst
** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(i, c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[i]]) : 
  there is no package called 'ellipsis'
Calls: <Anonymous> ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'ggplot2'
* removing 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/ggplot2'
Warning in install.packages :
  installation of package 'ggplot2’ had non-zero exit status

从日志可以看到,是因为没有ellipsis这个包,那就单独安装试试。

5. 安装ellipsis包

install.packages("ellipsis")

安装成功:

> install.packages("ellipsis")
Installing package into 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6
(as 'lib’ is unspecified)
trying URL 'https://mirrors.tuna./CRAN/bin/windows/contrib/3.6/ellipsis_0.3.2.zip'
Content type 'application/zip' length 49192 bytes (48 KB)
downloaded 48 KB

package 'ellipsis’ successfully unpacked and MD5 sums checked

The downloaded binary packages are in
 C:\Users\dave\AppData\Local\Temp\RtmpWqZTPD\downloaded_packages

再重新安装ggplot2:

install.packages("ggplot2")

还是报错,显示pillar包没有安装好,那就继续单独安装。

** byte-compile and prepare package for lazy loading
Error in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]) : 
  there is no package called 'pillar'
Calls: <Anonymous> ... loadNamespace -> withRestarts -> withOneRestart -> doWithOneRestart
停止执行
ERROR: lazy loading failed for package 'ggplot2'
* removing 'C:/Users/dave/Documents/R/win-library/3.6/ggplot2'
Warning in install.packages :
  installation of package 'ggplot2’ had non-zero exit status

6. 安装pillar包

继续安装pillar,编译安装,安装成功后,继续安装ggplot2,如果哪个包报错,就安装哪个包。

安装好之后,再安装ggplot2,如果还有包报错,就单独安装。

一路走来,哪里报错安哪里,本来自动化安装依赖的R语言让我整成了手动。

7. 重新安装ggplot2

安装成功,终于安装成功了:

*** copying figures
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
** testing if installed package can be loaded from final location
** testing if installed package keeps a record of temporary installation path
DONE (ggplot2)

The downloaded source packages are in
 'C:\Users\dave\AppData\Local\Temp\RtmpMhrQc1\downloaded_packages’

8. 测试成功安装ggplot2

测试,载入,然后看一下R的版本和ggplot2的版本:

> library(ggplot2)
> sessionInfo()
R version 3.6.3 (2020-02-29)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 22000)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=Chinese (Simplified)_China.936 
[2] LC_CTYPE=Chinese (Simplified)_China.936   
[3] LC_MONETARY=Chinese (Simplified)_China.936
[4] LC_NUMERIC=C                              
[5] LC_TIME=Chinese (Simplified)_China.936    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] ggplot2_3.3.6

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] fansi_0.4.2      withr_2.5.0      utf8_1.2.1       grid_3.6.3      
 [5] R6_2.5.1         lifecycle_1.0.1  gtable_0.3.0     magrittr_2.0.1  
 [9] scales_1.2.1     pillar_1.8.1     rlang_1.0.4      cli_2.5.0       
[13] vctrs_0.3.8      ellipsis_0.3.2   tools_3.6.3      glue_1.4.2      
[17] munsell_0.5.0    compiler_3.6.3   pkgconfig_2.0.3  colorspace_2.0-1
[21] tibble_3.1.1 

可以看到,我的R版本是3.6.3,ggplot2的版本是3.3.6,搞定!

这种方法可以推广到R3.5,R4.0,R4.1,windows系统安装Rtools就是为了防止本地编译时出错,里面有C,C++,Fortran等各种编译器,一篮子满满的。有了它,就不怕R包安装了。

原则上来说,所有的包都可以被成功安装,多尝试几次就行了。

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