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洪武元年（1368年），朱元璋建立明朝，定都南京，改称京师应天府，严格说这是最后一个定都南京的大一统封建王朝。 
朱棣的大本营是北平，因此他在靖难成功之后，就有心把国都迁往北平，毕竟在南京他是客场作战，为了防着建文旧臣，不得不创立了东厂到处侦查。永乐五年（1407年），徐达的女儿、朱棣的皇后徐皇后去世，朱棣一反常态的拒绝了工部在明孝陵附近选择吉地的提议，而是在北平选择了合适的地址。按照大明制度，帝后都要合葬，徐皇后安葬在北京，几乎是朱棣明着向天下人说他要迁都北京了。实际上早在永乐四年（1406年），朱棣就下诏在北平兴建皇城、宫苑，改北平为顺天府，成为陪都，对外称行在，这个名词是因为南宋而被我们熟悉，杭州就是南宋的行在，就是皇帝离开国都后的临时落脚地。北平作为元大都故地，元朝的大内还是保留的，按照《明史》记载，朱棣当燕王的时候，他的王府就是在原元大内的太子府。但是现在也有一种说法是这是朱棣靖难之后给自己增加的“天命所归”的人为修改，他可能并没有居住在原元大内，毕竟此地过于敏感。继续回到朱棣想要迁都的故事，这其实是明朝的都城第二次在南京和北京之间摇摆，第一次发生在洪武二年（1369年），朱元璋曾经考虑过要迁都北京，当时的理由是元大都的宫室都完备，只不过当时这种声音极其微弱，很快就被继续留在南京的呼声中被淹没了。到了朱棣这里，他的想法遭到了除了靖难功臣以外的全部朝臣的反对，这当然很好理解，他们都是建文旧臣，早就在南京安家，如果要千里迢迢的搬家到北京，就是放到现在也没几个人乐意的。永乐十四年（1416年），朱棣站稳了脚跟，然后开始以强硬的手段推动迁都，他把对迁都提出异议的臣子一一革职或者降级，亲自策划这件事，到了永乐十八年（1420年），顺天府的皇宫和一切配套工程建成，朱棣下诏正式迁都，改应天府为南京，升顺天府为京师，顺天府不再使用行在的称号，全部国家机关一起迁往北京。为了保持国家稳定，不因迁都而导致国事出现混乱，朱棣在永乐十九年（1421年）正月正式迁都后，还在南京保留了一整套行政班子，留守官员可以处理过度时期的政务，留守官署之前都加上“南京”二字以示和北京的区别，这套班子，在明中叶以后逐渐成为权力斗争失败者的集中营，所有在北京的政治失意者，都是被打到南京去养老，是荣誉常委的意思，但也成为历史的一种猜测的话题产生地，因为南京这班人都是失意者，是被踢出权力中枢的，如果崇祯朝崇祯皇帝可以迁都南京，那么他们必然抱紧皇帝大腿，甩掉了江北的烂摊子，才是晚明逆转的唯一机会。就好像是上天的玩笑一样，永乐十九年（1421年）正月正式迁都，到了五月，皇宫三大殿就被雷劈了，有官员认为这是上天示警，是因为迁都后隔绝了皇脉和孝陵，朱棣大怒，处死了这个官员，坚决不返回南京。永乐二十二年（1424年）七月，北伐回师途中，朱棣驾崩，太子朱高炽顺利接班，他主持仪式，将父亲安葬在早已建好的皇陵，和母亲合葬，这就是十三陵中的长陵。
朱高炽这个人，虽然出生在北京，有北京户口本，但是他本人在朱标死后曾经遵循爷爷朱元璋的要求，和所有成年皇孙一起去南京读书，其实是有着南京生活经验的，靖难后又是长期居住在南京，因此对于南京有着很深的感情，表面上他当然不敢反对本来看他就不顺眼的朱棣的安排，但是心里对于朱棣迁都很是不以为然。朱棣活着的时候，最喜欢的儿子是二儿子汉王朱高煦，朱高煦也争气，靖难时跟随朱棣南征北战，和军中打成一片，可以说朱高煦其实和朱棣一样，都是以北京为大本营的。现在朱高炽登基了，弟弟的威胁始终存在，朱高炽因此想迁回南京，将朝廷远离朱高煦的阵营，有利于维护皇权稳定。
永乐二十二年（1424年）九月，朱高炽刚刚登基两个月，就下诏要求南京工部和南京五军都督府修葺应天府的皇宫和官衙，准备随时迁都，同时，他还重新铸造了印信，北京的六部印信全部加上了行在二字，而南京六部的印信上的南京二字则被除掉。但是，朱高炽实在是太短命了，他在位仅十个月，甚至自己的年号的元年还没过完，就在洪熙元年（1425年）五月突然驾崩了。皇太子朱瞻基当时在凤阳和南京祭拜各种陵，得到急报后，千里奔袭，星夜返回北京，有惊无险的登基。
朱瞻基就是一个彻头彻尾的北京人了，他不想迁都，将父亲安葬在爷爷朱棣的长陵旁边，是为十三陵中的献陵。但是朱瞻基并没有更改朱高炽对六部印信的更改，北京的六部印信依然有行在，南京的六部印信依然没有南京，以致于很长一段时间内，大明朝的正式国都究竟在哪里其实是一本糊涂账。朱瞻基在位期间，是妥妥的太平天子，虽然有二叔朱高煦的造反，但形同儿戏，当时当面骂的朱高煦灰头土脸的就是日后成为大明朝中流砥柱的于谦。朱瞻基平定了各种威胁，自然也就没有了迁都的必要。但是真正确定北京为国都，让天下臣民都不再犹豫的，是朱瞻基的倒霉儿子朱祁镇，他在正统六年（1441年）冬至，当朝廷彻底完工三大殿的重修工程后，正式宣布恢复北京的京师地位，印信上去掉行在，南京的那边厢加上南京，以后成为定制，此后直到崇祯十七年（1644年），大明朝的京师为北京顺天府，南京应天府为陪都。
只是这时距离正统十四年（1449年）那场改变朱祁镇命运的军事失利，也已经不远了。
最后再说说大明的皇陵。不算十三陵，明朝一共三处皇陵。在朱元璋还是吴王没有称帝时，他在元至正二十六年（1366年），在自己的家乡凤阳为已经去世二十多年的父母、兄嫂等亲属修建陵寝，到了洪武二年（1369年）大体完工，朱元璋举行了隆重的仪式，把父亲、母亲、三位兄长和其中已经去世两位嫂子、还有去世的侄子的梓宫或衣冠安葬其中，朱元璋赐名英陵，后来改为皇陵。
同年，朱元璋将凤阳改为中都，提升了其政治地位，又因明朝的口号是“驱逐鞑虏，恢复中原”，因此本想将北宋的故都开封改为“北京”，但因开封经过金朝末年的战乱早已残破不堪，十年后朱元璋就放弃了“北京”的称号。洪武十九年（1386年），朱元璋为他的高祖父、曾祖父和祖父以及他们的皇后修建陵寝，但是因为年代久远，高祖父和曾祖父的葬地早就无迹可寻了，只有祖父的实际葬地还能找到，位于今江苏盱眙北的杨家墩。朱元璋不敢轻易移动祖父母的遗体，害怕破坏了风水，不得不让朱标带领工部官员在杨家墩附近的宽阔处为三祖建造衣冠陵。这个陵寝的地面建筑直到永乐十一年（1413年）才得以完工，朱棣赐名祖陵。
洪武十四年（1381年），朱元璋考虑自己的身后事，中军都督府在南京紫金山南寻到一块风水宝地，朱元璋下令建造陵寝，第二年（1382年），马皇后去世，被葬在这里的地宫，因为马皇后的谥号是孝慈皇后，所以这处陵寝被叫做孝陵。
洪武三十一年（1398年），朱元璋驾崩，和马皇后合葬，成为明朝皇帝中唯一一个葬在南京的。建文四年（1402年），金川门之变，朱棣进入南京，他在杨荣的指点下先去孝陵哭陵，等待皇宫的大火，为自己的靖难，画上了一个符合伦理的句号。
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