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唐朝人李山甫曾经写下一首《上元怀古诗》：“南朝天子爱风流，尽守江山不到头。总为战争收拾得，却因歌舞破除体。尧将道德终无敌，秦把金汤可自由。试问繁华何处在，雨花烟草石城秋。”作为布衣天子的朱元璋将这首诗写在了屏风上，并且经常吟诵。朱元璋读阅史书，往往从中吸取兴亡成败的教训。如何才能让明朝长久治安，朱元璋试图从政治制度着手，建立一套绝对的君主集权体制，以控制天下。 
一．丞相制度的废除自从秦朝建立以来，宰相也就是皇权的最大威胁。历朝历代的君主无不担心相权过大，因此想尽办法来限制宰相。从汉朝到宋朝，中央机构不断革新，宰相一职从秦汉的丞相演变为尚书令、又演变为了平章政事。而原本的丞相则沦为了虚职。元朝建立后，将宋朝的三省合并为中书省，以丞相为长官。机构的合并导致了宰相权力的膨胀，以至于元朝宰相弄权的局面时常发生。
明朝建立后，初步沿袭了元朝的制度，设中书省和丞相。但是朱元璋对这个制度是不满意的。他说“自古三公论道，六卿分职，并不曾设立丞相。自秦始置丞相，不旋踵而亡。汉唐宋因之，虽有贤相，然其间所用者多有小人”。也就是朱元璋甚至把一些朝代的灭亡都归结于宰相了，他认为元朝灭亡的一个重要原因就是“委任权臣，上下蒙蔽故也”。在废除丞相之前，朱元璋就已经着手限制中书省的权力。1377年，朱元璋下令李善长与李文忠“总中书省、大都督府、御史台，同议军国重事”，借元勋重臣压制中书省；1378年，朱元璋下令“命奏事毋关白中书省”，也就是大臣的奏章可以绕过中书省到达皇帝这里。对于朱元璋来说，废除宰相制度是早有的想法，只是等待一个时机罢了。
在明朝，有李善长、徐达、汪广洋、胡惟庸四人担任过丞相一职，并且四人均被杀害。洪武十三年（1380年），朱元璋以谋反罪杀了胡惟庸，受到牵连的达到了3万多人，史称“胡惟庸案”。此后，在朝廷上，朱元璋只要对谁不满意，就可以将之列为“胡党”以铲除。可以说，胡惟庸案成为了朱元璋废除宰相制度的一个时机。随后，朱元璋乘机废除中书省和丞相，由皇帝直辖六部。从此，在中国历史上沿袭了1000多年的宰相制度遭到废除，皇权开始走上了历史的巅峰。
丞相制度废除后，大量的奏章需要朱元璋亲自处理。据史料记载，朱元璋曾经在八天内，平均每天批阅二百多件奏章，处理国事四百多件。这使得他深感“人主以一人御天下，不可无辅臣，于是朱元璋开始启用一些殿阁大学士来帮助自己处理政务，这为后来内阁制度的形成奠定了基础。另外，没有了丞相，朱元璋必须依靠宦官来帮助自己，这也为明朝后期宦官主权埋下了隐患。二，监察机构的强化宋元时期，中央设立的监察机构为御史台。明初，也沿袭宋元的制度，设御史台。为了适应加强君权的趋势，朱元璋对其进行了改革。1382年，朱元璋改御史台为都察院，长官为左右都御史，并扩充其机构，增加其职权。都御史的职能在于“纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。督察院的分支机构遍布全国各地，每个省设置有一道监察御史，共13道，110人。他们的职责在于巡查京城和地方百官，代天子巡视，“大事奏裁，小事立断”。监察御史的官品只是七品，相当于知县，但是其权利却很大，是朱元璋以小制大、钳制权臣的重要力量。
朱元璋还在中央设立大理寺，长官为大理寺卿。凡是刑部、都察院、五军断事官的狱讼事件，都移交案牍给大理寺审查，“凡狱既具，未经本寺评允，诸司毋得发遣。误则纠之”。因此，该机构在司法领域中占据着重要的地位，与刑部、都察院合称“三法司”。朱元璋设立大理寺，使得司法部分相互牵制，也加强了君权。
洪武十年，朱元璋设立了一个新的机构——通政使司。该机构主要职责是检查奏章和收集地方申诉文书，“凡四方陈情建言、申诉冤滞、或告不法等事，于底簿内誊写诉告缘由，呈状以闻。”“通达下情，关防诸司出入公文，奏报四方章奏，实封建言，陈情伸诉及军情声息灾异等事”。通过这个机构，朱元璋可以了解一些民生疾苦，民间冤情等，对百官有很大的监视作用。在创建这个机构时，朱元璋对通政使曾秉正和刘仁说:“政犹水也，欲其常通，故以通政名官。卿其审命令以正百官达幽隐以通庶务。当执奏者勿忌避，当驳正者勿阿随，当敷陈者勿隐避，当引见者勿留难。”可见朱元璋对这个机构的十分重视。
朱元璋设立的另外一个著名的监察机构就是锦衣卫了。朱元璋经常派遣一些特务去侦查大臣的言行举止，比较出名的特务有高见贤、夏煜、杨宪和凌说，史称“四人以伺察搏击为事”“专主察听在京大小衙门官吏，不公不法及风闻之事，无不奏闻”。朱元璋也说，这些人“譬如恶犬，则人怕。”史载当时一个较为著名的例子：钱宰被征编《孟子节文》，回家后吟诗一首:“四鼓鼕鼕起着衣，午门朝见尚嫌迟。何时得遂田园乐，睡到人间饭熟时。”第二天上朝，朱元璋就质问道“昨天做的好诗，但我并没有嫌你啊，何不用'忧’字”。钱宰听后只得磕头谢罪。到了后来，这种特务行为就朝着制度化方向发展了。1382年，朱元璋正式设立了锦衣卫，下设镇抚司，有监狱和法庭，从事侦察、逮捕、审问、判刑等活动，称为“诏狱”。
三，分化地方的权力元朝时期，在地方设立了行中书省，简称行省，行省拥有军事、经济、行政大权。明朝建立后，初期也同样在地方设立行省。不过朱元璋同样不希望地方行省拥有较大权力的。1376年，朱元璋下令，将行省拆分为了承宣布政使司、提刑按察司、都指挥使司三个机构，分别掌握地方的行政、刑法和军事，并称“三司”。三司长官互不相属，各自直属中央，使得三者互相牵制。凡遇军国大事，就要由都、布、按三司会议上报给中央的部院。
承宣布政使司一般也可以成为行省，俗称省。全国有十三个布政使司和一个直辖区，其中十三布政使司为浙江江西、福建、北平、广西、四川、山东、广东、河南、陕西、湖广、山西、云南，直辖区为南京。布政使司之下，设立府（直隶厅）、州（县）二级机构，把元朝的路、府、州、县减少了一级，有利于加快行政效率。
在明朝初期，全国军事由大都督府统领，朱元璋任命其亲侄子朱文正为都督，节制中外诸军事。在废除丞相制度后，大都督府被废除，分设中、左、右、前、后五军都督府，五军都督府在京城都驻扎有卫所，在地方则统领省级军事机构—都指挥使司（都司）。朱元璋时期，全国设有17个都司，一个留守司，分别隶属于五郡都督府统领。都督府只有统兵权而无调兵权，每逢战时，由皇帝亲自委派专人担任总兵官，统率卫所军队出征。
卫所是明朝在地方设置的基本军事机构，重要的地方设置卫，次要的地方设置所。大概5600人为一卫，长官为指挥使，管辖五个千户所。每个千户所额定1120人，长官为千户。千户所下分十个百户所，一个百户所额定112人，长官为百户。百户所设总旗二，每个总旗下设五个小旗，每个小旗额定十人。卫直接受到都司的控制。
通过分化事权的方式，朱元璋将地方和军事权力分散了，从而使得中央可以层层控制地方。
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