Oligo

Oligo 7 使用教程 本人根据自己的使用情况进行了一下总结，由于该软件是新 近使用，故有什么不对的地方还望各位专家谅解并进行补 充，只希望能对大家有一点帮助。 另附 Oligo7 软件的下载地址 首先， 同 Oligo 6 一样， File 菜单下， 选择 New sequence , 打开窗口将目的序列粘贴进来，或是选择 Open 定位到目的 cDNA 序列（在 primer 中，该序列已经被保存为 Seq 文件） ， 这是最初打开时的界面 然后就是进行引物的设计了。Search 菜单下，选择 for primes probes ,即出现引物搜寻窗口 根据自己的实际情况选择Parameters 或Ranges设置引 物的相关参数和范围。然后选择 Search 即开始进行引物的 搜索，之后会出现软件所列出的依据得分（Score）高低排 列设计的引物。 双击每一行所列出的引物会弹出该对引物的具体信息， 以及软件对该对引物的相关评价。 双击之后在最初的 Sequence 窗口中就会出现下面的窗 口 点击绿色方形图标前面的 i 标志可了解对应的具体信 息。 之后便是对该引物的具体分析了，这部分的分析同 Oligo 6 基本上是一样的。 选择 Analyze 菜单，如下图 （1）Analyze 中，第一项为 Key info，点击 Selected primers，会给出两条引物的概括性信息，其中包括引物的 Tm 值，此值 Oligo 是采用 nearest neighbor 计算， 会比 Primer5 中引物的 Tm 值略高，此窗口中还给出引物的 Delta G 和 3’端的 Delta G.3’端的 Delta G 过高，会在错 配位点形成双链结构并引起 DNA 聚合反应，因此此项绝对值 应该小一些，最好不要超过 9。 （2）Analyze 中第二项为 Duplex ation，即二聚 体形成分析，可以选择上游引物或下游引物，分析上游引物 间二聚体形成情况和下游引物间的二聚体情况，还可以选择 Upper/Lower ，即上下游引物之间的二聚体形成情况。引物 二聚体是影响 PCR 反应异常的重要因素，因此应该避免设计 的引物存在二聚体，至少也要使设计的引物形成的二聚体是 不稳定的，即其 Delta G 值应该偏低，一般不要使其超过 4.5kcal/mol，结合碱基对不要超过 3 个。Oligo 此项的分析 窗口中分别给出了 3’ 端和整个引物的二聚体图示和 Delta G 值。 （3）Analyze 中第三项为 Hairpin ation，即发夹 结构分析。可以选择上游或者下游引物，同样，Delta G 值 不要超过 4.5kcal/mol，碱基对不要超过 3 个。 （4）Analyze 中第四项为 Composition and Tm，会给 出上游引物、下游引物和产物的各个碱基的组成比例和 Tm 值。上下游引物的 GC％需要控制在 40％～60％，而且上下 游引物之间的 GC％ 不要相差太大。Tm 值共有 3 个，分别采 用三种方法计算出来，包括 nearest neighbor 、％ GC 和 2A＋T＋4G＋C，最后一种应该是 Primer5 所采用的方法，Tm 值可以控制在 50～70 度之间。 （5）第五项为 False Priming Sites，即错误引发位点， 在 Primer5 中虽然也有 False priming 分析，但不如 oligo 详细，并且 oligo 会给我正确引发效率和错误引发效率，一 般的原则要使误引发效率在 100 以下，当然有时候正确位点 的引发效率很高的话，比如达到 400～500，错误引发效率超 过 100 幅度若不大的话，也可以接受。 （6）Analyze 中，有参考价值的最后一项是“PCR” ，在 此窗口中，是基于此对引物的 PCR 反应 Summary，并且给出 了此反应的最佳退火温度，另外，提供了对于此对引物的简 短评价。若该引物有不利于 PCR 反应的二级结构存在，并且 Delta G 值偏大的话，Oligo 在最后的评价中会注明，若没 有注明此项，表明二级结构能值较小，基本可以接受。 7另外，Internal stability 也很重要，最好是中间 高两边低的弧形。 以上是我个人进行的总结，其它的一些功能大家只要 自己去摸索一下也很简单的，有不对的地方望大家指出。