这里有前沿组学研究技术介绍 这里有优秀的研究案例分享 这里有创新科研思路讲解 …… 来源:生信人,感谢支持! Gasdermin D是一种被广泛研究的焦亡的关键效应物,其调控机制主要集中在影响其早期裂解的上游因素上,包括发挥促炎或抗炎作用的焦亡相关复合物。mTORC1-Ragulator-rag通路在膜孔的形成中发挥重要作用,其中它促进活性氧(ROS)的产生,从而调节GSDMD的寡聚化和膜孔的形成。 科学家们还发现转运必需内体分选复合物(endosomal sorting complex required for transport,ESCRT)系统可以修复下游焦亡过程中的膜孔,这一过程不影响GSDMD的激活,从而减轻焦亡,抑制钙内流促进IL-1β的释放,从而防止细胞死亡。ELANE介导的GSDMD裂解产生一种活性的GSDMD-ent,可导致焦亡。最后,IRF7可以与GSDMDNT发生物理作用,导致焦亡(图1)。 图1 NLRP3和gasdermins D的新调控机制 Gasdermins是一个保守的蛋白家族,含有A、B、C、D、E和DFNB59,其中大多数最近被证实与孔隙形成有关。除GSDMD外,最近还有许多关于Gasdermins的高温机制的研究。一直以来科学家们认为焦亡只被半胱天冬酶家族激活,但最近的研究结果并不与这一概念相同。颗粒酶a是一种由细胞毒性淋巴细胞产生的丝氨酸蛋白酶。颗粒酶A可以通过穿孔素进入靶细胞,并可以水解gasdermins B(可以被干扰素-γ上调)进而触发焦亡。与大多数gasdermins家族成员不同,GSDMB直接表现出抗菌活性,其中它可以识别革兰氏阴性菌细胞膜上的磷脂。福氏志贺氏菌分泌的IpaH7.8效应物使GSDMB降解26 S蛋白酶体,以抑制颗粒酶A介导的GSDMB激活。 另一种颗粒酶,颗粒酶B也可以诱导caspase-3成熟,切割GSDME,使细胞死亡的机制从凋亡转变为焦亡。最近的研究主要集中在肿瘤焦亡的调控机制上,科学家们发现肿瘤细胞的焦亡通路与巨噬细胞完全不同。在缺氧条件下,PD-L1与p-Stat3-Y705相互作用,促进GSDMC诱导的焦亡触发,这是由TNFα和CHX促进的,但这一过程可以被Stat3阻断。TNF-α激活caspase-8来切割GSDMC,从而避免激活caspase-3诱导的焦亡。另外与GSDMs的其他蛋白家族不同,活化GSDMA的蛋白酶最近才被发现,其在宿主免疫中的生理和病理作用已经被揭示:活化的GAS半胱氨酸蛋白酶SpeB在Gln246位点134后通过直接蛋白水解切割GSDMA,并在宿主细胞膜上形成GSDMA孔,促进感染细胞焦亡,最终导致局部炎症和病原体清除(图2)。 图3 细菌会影响免疫反应来调节焦亡 最近的研究已经证明了焦亡作为抗肿瘤免疫机制的可行性和临床潜力,许多研究者正试图将焦亡与其他肿瘤治疗结合,通过调节焦亡可以抑制肿瘤细胞的增殖、迁移和侵袭来治疗癌症。化疗仍然是最常见的癌症治疗方式,因为化疗可以通过触发焦亡引起肿瘤细胞死亡。此外,最近还有一些新的靶点和传递方法,如嵌合抗原受体工程T细胞(CAR-T)、嵌合共刺激转换受体(CCCR)、免疫刺激、生物正交化学领域和表观遗传学方法,这些方法都能有效诱导肿瘤细胞焦亡(图5)。 图5 抗癌治疗中利用焦亡的治疗前景 非编码RNA(ncRNA)是一种不编码蛋白质的RNA,如rRNA、tRNA、siRNA、piRNA、snRNA、microRNA或lncRNA,ncRNA在疾病中的作用及其分子机制越来越受到人们的关注。当然ncRNA与焦亡关系密切。因为越来越多的证据表明,ncRNA 可以通过参与细胞焦亡来介导相关基因的转录或转录后调控。了解这些细胞焦亡相关的ncRNA对于疾病的发病机制、预防和治疗提供新的靶点和思路具有重要意义。 在下文的研究中2,作者通过 Pearson 相关分析从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中获得了焦亡相关的lncRNA。接下来,作者使用LASSO 回归分析和多因素Cox回归分析构建了一个由 19 个焦亡相关lncRNA组成的signature。最后,作者进一步还评估了signature的预后价值以及与肿瘤微环境、免疫细胞浸润以及免疫疗法和化疗疗效的相关性,以期在临床上为头颈鳞癌患者的预后预测和治疗提供指导与帮助(图6)。 细胞焦亡是程序性死亡(PCD)的一种,PCD是多种生理环境中必不可少的生物过程,包括胚胎发育、组织稳态的维持和宿主对病原体的免疫防御。与损伤后未编程的细胞破裂和裂解相反,PCD 由不同的分子信号通路控制,其参与机体中不需要的细胞或因感染或转化而受损的细胞的去除。研究发现,不同形式PCD具有不同的分子机制和死亡方式,各种形式的PCD之间又存在着相互作用和影响。 越来越多的证据表明,铁死亡和焦亡在低级别胶质瘤(LGG)的肿瘤发生中起着关键作用。在下文的研究中3,作者对LGG的分子亚型进行分类,并基于铁死亡和焦亡相关基因(FPRGs)来鉴定和验证一种新的LGG多基因特征。小编觉得比较有趣的是,作者是从TCGA数据库和我们的“国库”中国胶质瘤基因组图谱数据库(Chinese Glioma Genome Atlas databases)下载的LGG样本的原始测序数据及相应的临床数据。作者用预后相关的FPRGs对LGG患者的分子亚型进行分类,并利用FPRG特征来预测LGG患者免疫治疗的生存和获益。总之,FPRG特征可作为LGG患者预后预测和免疫治疗反应的有效指标(图7)。 图7 本研究的工作流程 预后模型侧重于研究疾病在特定时间段内复发、死亡、伤残和并发症等结果发生的概率。这种模型在研究中非常常见。比如说,我们都知道对于恶性肿瘤,TNM分期系统是最具代表性的预测模型。TNM分期的最大优势在于它简单快捷,但最大的问题是预测不够准确,这与临床医生的期望值相差甚远。所以我们仍需要建立新的模型来指导病人的健康教育,预后管理,生活方式干预。另外预后模型还可以作为临床研究的替代结局指标。 在下面这项研究中4,作者根据预后相关的焦亡相关基因(PRG)将TCGA中的PAAD(胰腺癌)患者区分为四种亚型(使用共识聚类的方法)。并且构建了细胞焦亡评分(PP-score)来评估个体PAAD患者的细胞焦亡水平。此外,作者还开发了一个预后风险模型,该模型使用PRG来反映焦亡风险。总之,作者研究了细胞焦亡相关基因的预后价值以及细胞焦亡在肿瘤免疫微环境中的重要作用(图8)。 图8 PAAD中PRGs的拷贝数变化 |
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