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9月29日，国家器审中心公众号发布原创文章：《当前关于病原体宏基因组高通量测序产品的几点考虑》，非常的专业，内容详实，可以非常直观的看出现在一些病原体mNGS公司们的产品不足，以及器审中心对病原体mNGS产品的审评态度。 一：mNGS不是一个普适性技术，只在特定的临床应用场景下，有临床意义。 近年来新兴的病原体宏基因组高通量测序（metagenomic next-generation sequencing，mNGS）技术，是指采用高通量测序技术对特定临床样本中所有核酸进行测序，并通过生物信息学分析判断样本中是否存在病原体的检测方法。与传统基于分离培养的病原体检测技术相比，该技术从理论上讲能够无偏倚的检测各类微生物（如：病毒、细菌、真菌、寄生虫等），包括难以培养的病原体以及新发病原体。mNGS技术是一个开放的分析和诊断系统，对于mNGS技术所检测的病原体数量未有明确规定，根据不完全统计，开展相关检测服务的机构已纳入的病原体有近万种，包括细菌、病毒、真菌和寄生虫等，为疑难危重症及罕见病原体感染的诊断提供了有效的技术手段。在特定的临床应用场景下，具有临床意义。 二：mNGS不建议作为一线检测方法，而且不能单独作为诊断依据。 基于mNGS技术的产品与常规的病原体检测产品相比，具有检测过程较为复杂、易受到人源基因的干扰、检测时间较长、结果解读专业要求高、检测成本高等特点，一般用于传统检验方法未能给出明确病原学结果从而影响患者准确诊疗的感染性疾病、新发突发传染病、危急重症或排除其他发热疾病。推荐临床通过拟诊先行传统微生物检验及常规分子生物学产品检测常见病原体，不盲目使用mNGS技术。在必要或紧急情况下，如危急重症、群体性感染事件等，可考虑与常规方法同步进行检测。对常规微生物学检查容易明确的病原体不建议进行mNGS检测。从临床角度，mNGS结果不能单独作为病原学确诊或排除的证据。 三：mNGS注册难度显著增大：检测范围要求扩大，极大提高技术难度和临床试验难度。 mNGS产品检测原理为对临床样本中存在的病原体核酸进行无偏倚的检测，从产品检测的技术角度考虑，除新发病原体外，产品的检测范围不应局限为某一种或某几种常见病原微生物，应为产品适应证、适用样本中所有可报告的病原微生物。产品所检测的病原微生物受几个方面的影响，一是产品配套使用的参考数据库及生信分析过程涵盖的病原体种类，如数据库中未涵盖某种病原体基因组参考序列，则该类病原体不在该产品的检测范围之内；二是检测样本类型、核酸提取等会直接影响产品病原体的检测种类，不同的样本类型可能检出的病原体会存在差别，如脑脊液样本检出的病原体主要以中枢神经系统感染的病原体为主，而粪便样本检出病原体主要为消化系统感染的病原体。不同的核酸提取方式对病原体的检出种类也会产生影响，如核酸提取过程未考虑破壁，则产品可能不适用于具有厚细胞壁的病原体检测；三是产品检测的目标物是否包括不同类型的核酸靶标，如产品检测的靶标仅为DNA，则RNA病毒不在该产品的检测范围之内。相关产品的申请人应依据产品设计、适用的样本类型、适应证等多个方面综合考虑产品预期用途，确定合理的病原体检测范围。 四：极大的提高了数据库的标准和要求，增加了注册难度。 mNGS产品检测结果，除了产生可用于比对的微生物短片段序列外，还存在大量人源、环境微生物、试剂含有的微生物等背景核酸序列，必须依靠生物信息学手段对其进行筛选、过滤、比对，最终给出微生物物种注释。结果分析过程中，数据库的使用是必需的，而且是影响mNGS产品检测结果准确性的重要因素。目前相关产品在选择配套使用的数据库时，一般会存在两种情况，一种为直接选择公共数据库，如：NCBI nr/nt database、NCBI RefSeq database等；另一种为自建数据库，对公开数据库中基因组序列进行挑选、整理、分类，然后通过程序软件将收集到的基因组序列整理成适用于本产品的微生物及人源序列比对数据库。针对成熟的产品，建议根据产品特点及临床需要，使用临床应用级的自建数据库。在数据库的构建、使用和管理方面应注意以下问题：1/2/3/4/5/6/7条（详细内容略）。 五、mNGS的测序报告内容要求提高，而且要求保留原始数据。 用于临床辅助诊断的mNGS报告应包括测序总序列数、检测病原微生物列表、检出病原特异序列数量、检测病原范围、覆盖度、测序深度、检测方法及检测技术说明。需要注意的是，检测结果仅代表临床样本中检出或未检出某微生物的核酸片段，不能明确该物种与感染的关系，即使阴性结果也需结合临床表现及其他检查结果进行综合判断。 对于胞内菌和厚壁微生物的检测，因技术原因存在一定的偏倚，如对于胞内感染菌因释放到体液中含量较少而导致检测敏感性偏低，对具有较厚细胞壁的病原微生物如真菌感染，可能由于核酸提取效率较低，相对检出率低，导致临床检出率和敏感性较低。因此即使在检测结果中某种胞内菌/厚壁菌检出序列数不高，也要考虑其为致病病原体的可能。mNGS信息量大，临床应用过程中，检验机构依据检测结果出具检验报告时，有些情况下不可能在结果中列举出所有检测到的病原体，对于罕见病原体、胞内菌等，可能因检出序列数少、微生物丰度低，在报告中未能列举，如果临床有疑似特殊病原体的感染，应该可以追溯原始数据库进行查询。 六、mNGS的产品验证和临床试验应该有更精准的要求。 基于mNGS技术的产品，因其预期用途涵盖的病原体的种类非常广，产品验证与临床试验应对检测范围内的病原体进行有充分覆盖度、有充分代表性的性能评价。产品临床试验在入组人群上，应与产品临床适用人群一致。在对比方法选择上，应选择临床参考方法作为对比方法，临床参考方法应综合病原体分离培养、患者的影像学检查结果、基于宿主反应的检测结果等。同时，由mNGS获得致病病原体后，临床上会针对病原体进行精准治疗，治疗后患者的临床表现和治疗效果的随访结果也可以作为临床试验对比方法的证据。 临床试验过程中，应关注试验体外诊断试剂对一些对于胞内感染菌、具有较厚细胞壁的病原微生物等的临床性能研究。 七：对测序数据和阳性值判断做了一些建议。 个人点评： 开篇前二条，就像一盆冰水浇在了病原体测序赛道头顶，寒意凛然。 非一线诊断方法，不能单独诊断，特定的临床应用场景。都在强调一个事情：病原体mNGS的市场规模急剧缩小。 其他内容也都是在规范产品，规范临床试验，规范适应症。极大的提高了产品的研发门槛和注册门槛。 就病原体检测来说，mNGS毫无疑问是非常重要的一个工具，比如新冠最早的诊断，就是依靠mNGS方法确诊的。 NGS的优势在于信息大而全，可以在一团迷雾中寻找有用的线索。 但是NGS的缺点也很明显，价格贵，时间长，技术壁垒高，对样本要求高，解读结果不一定完全准确。 所以新冠开始，还非常依赖NGS，但到了后面，大部们就是PCR、抗原抗体法等，后者最大的优势就是快速、便捷、便宜。 就像打仗一样，需要不同的武器，最实用的的应该是手枪、步枪、冲锋枪，手榴弹这些，使用方便，价格便宜量又足，性价比极高。 很少使用无差别的导弹覆盖式轰炸，也很少使用地毯式轰炸。这种武器，效果是很好，但这玩意真的太烧钱了，一旦失误，还炸的是自己人。 所以对于病原学检测来讲，肯定是首选传统微生物检验及常规分子生物学产品检测。 就像如果发现可疑的敌人，要先用机枪和手榴弹覆盖一下，大部分敌人就已经很容易解决了。 只有碰到实在庞大的、难缠的敌人，才需要使用饱和轰炸和地毯式轰炸（mNGS）。 而且随着常规分子生物学技术的丰富和进步，将来mNGS的用武之地会越来越少。 之前，药审中心就果断发声，对新冠药物发出样警告，《药审中心官宣，新冠药物赛道彻底凉了》 现在，器审中心果断发声，对病原体mNGS发出更高要求。为器审中心的专业性点赞，也为器审中心敢于制定标准，敢于对产品的临床使用制定标准点赞。 这种寒意，传导的非常有意义。帮助行业驱除劣币，只留下最优秀的一批企业。 所有的临床产品，还是必须回归到临床价值上来。不能被资本和企业推动，扭曲临床的真实供需。 不是任何疾病都需要非常精准的去诊断，还必须要考虑诊疗的性价比。这也是本轮医改，各个监管付费部门正在努力推进的方向。 |
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