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PMseq报告中相对丰度是什么指标,应该怎么看?

 火炎森林 2022-10-30 发布于湖北

什么是相对丰度?

PMseq报告中,相对丰度指检测出列的最低层级的微生物,在同类微生物(细菌/真菌/病毒/寄生虫)中所占百分比。相对丰度是一个相对指标,数值越大表示该微生物含量越高,对临床病原微生物判断具有一定的指导意义。

检出微生物的相对丰度与其检出序列数和基因组大小相关;序列数越高,基因组越小,相对丰度越高。同时也会受标本中背景微生物丰度影响,需综合进行判断。

PMseq报告中同类微生物范围指什么?

细菌大类:含细菌、结核分枝杆菌复合群、支原体/衣原体/立克次体和疑似背景微生物中的细菌;

真菌大类:含真菌和疑似背景微生物中的真菌;

病毒大类:含DNA和RNA病毒(注:DR共检产品中DNA和RNA病毒为分别单独统计);

寄生虫大类:含寄生虫。

报告相对丰度可能检出情况

1

同类检出病原体列表中,相对丰度加和为100%,表示检出的病原体即为所有同类病原,且均符合解读出列规则(见报告1 病毒大类检出相对丰度)。

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报告1

2

同类检出病原体列表中,相对丰度加和小于100%,表示检出很多病原,但是符合解读出列规则的只有列出的部分病原体(见报告2 细菌大类检出相对丰度)。

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报告2

3

同类检出病原体列表中,相对丰度高,但检出序列数少,是因为相对丰度除了跟检出序列数相关外,还与病原基因组大小有关。检出序列少,基因组小的物种相对丰度,可能比检出序列数高,基因组大的物种相对丰度高(见报告3 DNA病毒检出相对丰度)。

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报告3

4

同类检出病原体列表中,疑似背景微生物相对丰度高于正式检出,可能与标本采集有关,不排除背景微生物引起感染的可能(见报告4 细菌大类检出相对丰度)。

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报告4

5

同类检出病原体列表中,PMseq DR共检的DNA和RNA病毒为分别单独统计相对丰度(见报告5  PMseq DR共检病毒检出相对丰度)。

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报告5

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