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一、申报领域问题
1、企业选择申报的技术领域与企业主营业务不对应。在选择技术领域时企业的主营业务(产品)不属于《重点支持的高新技术领域》。
2、《高新技术企业认定管理工作指引》:重点支持的八大高新技术领域:电子信息、生物与新医药、航空航天、新材料、高技术服务、新能源与节能、资源与环境、先进制造与自动化。
二、知识产权问题
1、知识产权模块只有申报当年授权的二类知识产权((实用新型专利、软件著作权)或集中大批量申请知识产权，特别是II类知识产权都是软件著作权，这类支撑力度小，会被质疑真实性,专家评审时可能不会认可。
2、知识产权经过授权之后，缺乏研发过程文件的支撑，直接应用于生产或者形成销售合同，技术的先进性程度会被质疑，认为不能支撑申报.上一年度的高新技术产品(服务)收入。
二、企业人员问题
1、科技人员学历在专科以下，会对企业研发能力产生质疑;科技人员工作时间难确定，缴纳社保人员小于5人。
2、企业中有兼职和临聘科技人员，难判断人员能否符合工作183天的时间要求。企业职工总数包括企业在职、兼职和临时聘用人员。在职人员可以通过企业是否签订了劳动合同或缴纳社会保险费来鉴别;兼职、临时聘用人员全年须在企业累计工作183天以上。
三、高新收入占比问题
1、有收入明显为贸易部分或者工程施工款的部分会被剔除，剔除后导致高新收入占比不够；
2、有简单的加工组装产品，技术含量低，不符合重点支持领域，剔除后导致高新收入占比不够;
3、产品归集收入范围大，高新收入应该是发票的一部分，企业在归集后将全部金额计入，剔除后导致高新收入占比不够;
4、产品的证明材料不足，检测报告不能支撑产品的技术性、创新性，不能被专家认可，剔除后导致高新收入占比不够。
五、主要产品收入占比不够
高新技术产品收入是指企业通过研发和相关技术创新活动，取得的产品收入与技术性收入的总和。在高新技术产品(服务)中，有产品没有对应的知识产权，或者对应的关联性不大，专家不认可后剔除，导致占比不满50%，不符合申报条件。
六、缺乏佐证企业实际情况的材料
组织管理制度没有根据企业的实际情况去制定文件，直接套模板，会被认为这部分材料不真实,从而评分偏低，大大拉低总分。未提供相关制度执行的佐证材料，比如研发人员绩效奖金发放银行流水/记账证明、科技成果转化奖励发放证明等。
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