【原】谁给你的勇气删除全部的核糖体线粒体基因

隔三差五就有人在各种单细胞相关交流群问到这个核糖体线粒体基因成为了数据分析的结果，可能是因为任性吧对方就是不想看到这样的核糖体线粒体基因出现，就问能不能直接从源头删除他们：

从源头删除他们

恰好最近看到了张泽民的最新nature单细胞文章：《Liver tumour immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity》，就是删除全部的核糖体线粒体基因：

To avoid unex- pected noise and expression artefacts by dissociation, a total of 1,514 genes associated with mitochondria (50 genes), heat-shock protein (178 genes), ribosome (1,253 genes) and dissociation (33 genes) were excluded (Supplementary Table 1).

这样，你就有足够的勇气了吧，毕竟是张泽民的最新nature单细胞文章，他们都删除全部的核糖体线粒体基因， 你还怕什么呢？

张泽民的最新nature单细胞文章做的是肝癌相关研究，所以第一层次降维聚类分群是：

• CD3D, CD8A, CD4, FOXP3, TRDC, NKG7, CD79A and MS4A1 for lymphoid lineage (CD8+ T, conventional CD4+ T, T regulatory, γδT, natural killer and B cells);
• CD14, CD16, CD68, CD163, CD1C, LAMP3, TPSAB1, CSF3R and S100A8 for myeloid lineage (monocytes, macrophages, dendritic cells, mast cells and neutrophils);
• VWF and COL1A1 for stromal cells (endothelial cells and fibroblasts);
• ALB and EPCAM for epithelial cells. Epithelial cells, composed of hepatocytes, cholangiocytes and progenitor cells,

如下所示：

第一层次降维聚类分群

跟我们一直推广的一致：通常我们拿到了肿瘤相关的单细胞转录组的表达量矩阵后的第一层次降维聚类分群通常是：

• immune (CD45+,PTPRC),
• epithelial/cancer (EpCAM+,EPCAM),
• stromal (CD10+,MME,fibro or CD31+,PECAM1,endo)

参考我前面介绍过 CNS图表复现08—肿瘤单细胞数据第一次分群通用规则，这3大单细胞亚群构成了肿瘤免疫微环境的复杂。绝大部分文章都是抓住免疫细胞亚群进行细分，包括淋巴系（T,B,NK细胞）和髓系（单核，树突，巨噬，粒细胞）的两大类作为第二次细分亚群。但是也有不少文章是抓住stromal 里面的 fibro 和endo进行细分，并且编造生物学故事的。

写在文末

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We thank Dr.Jianming Zeng(University of Macau), and all the members of his bioinformatics team, biotrainee, for generously sharing their experience and codes.

十年后我环游世界各地的高校以及科研院所（当然包括中国大陆）的时候，如果有这样的情谊，我会优先见你。